HsaINT0061140 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000189319 | FAM53B
Description
family with sequence similarity 53 member B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28968]
Coordinates
chr10:124706636-124744050:-
Coord C1 exon
chr10:124744013-124744050
Coord A exon
chr10:124706888-124744012
Coord C2 exon
chr10:124706636-124706887
Length
37125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGC
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
CTTTTCTTTTGTCTTTCCAGGGA
3' ss Score
12.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGCGGGGTCCGCGCCCGGAGCGCCCCGCCGCGCACA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAGTTGACCACATTTGGCCATTTCCCAGAAGGGCCCCACCCCAAGGGTGAGTGGCCAATGGGGAGCTGTTTCTGCTGACATCAATTCCCCAGGAGGTACTCACCCCAAGTCTGCCCAAGTGAAGATGGCTGATACCCACCCTGGGATGGAGCCCAGCGCCTGAGGCCCTTATCATGGTGATGGTCCTAAGTGAAAGCCTCAGCACCCGGGGAGCTGACTCCATTGCATGTGGGACCTTCAGCCGTGAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000189319:ENST00000337318:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF152421=FAM53=PU(32.1=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains