HsaINT0071937 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121957 | GPSM2
Description
G-protein signaling modulator 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29501]
Coordinates
chr1:108876737-108885578:+
Coord C1 exon
chr1:108876737-108877228
Coord A exon
chr1:108877229-108885274
Coord C2 exon
chr1:108885275-108885578
Length
8046 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
ATCTTGTATTCCTTTTGCAGAAA
3' ss Score
10.02
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTCTGAAGAAGAAAGAAGAGGACAGGAAAGAAACTTCAGTCTGAGGGTTGAGGACACGTCCCGGAGCAGAGGAGGACCAAGCTCCCAAGCCCCCTGTCACCTTGACACGCAGACGGTTCCCCAGGACTGCGAAGAGGGGGGCAACCAGCGCCCCGCCCCGCCCCGCTGCGCCGCCCGCCATTGGCCGGTCCGAAAGACGCGGGGCGTTGTCGGTTTGAATGAGAGCGCCTGGAGCCGGGGCGCAGGCGCAGAGGAGGGCGGTGTTGAGACCGGCGGAGCGGCGGGACCCCTAGGTGGCGGAGGGACGCTCCGGGAAAGCGAGGGGCGCTACGAGCTCTGGCCCACGTGACCTGCCGGGGGCGGGAGCAGGGGGCGCGCCGGCCTCCTGCGGTGCCCCTGCCTTGGGGAGGGGCCGTGACCACCCGTCTGTCGCCCGAGGCGGCCGCCGCTGCACCTTCACCGCGTACCCGGGACCCGCCCGCCCGCGGGAG
Seq A exon
GTGAGCGCTTCCGCGACGCGGGTTCTGAGGCGTTTGAGGGGCTCTCGGAGGGAGGTGACAGGGAGGGGTGCGTGTGCGTGCGTGTGGGGCTTCTGTGTCCAGAGGTCTGGGGGTGACGTCCTTTGTTTTGGGCAGGAGGCGGGCTGGGGGCTTGCGGGACCTGTGGGCGCTGCGGGGACGCGGCGTCGATGCTCAAGAAACCAGAAACTCGGCTTGAGGAGTTGCTGCTTTTTTGTCGGAAGGTCTTCAAATGAGAGTAAAGCGTTAAGAGCCTCACTCCTGAGTCTTTTTTTTTTTTTAAGATAAAAACTATACTAGAGTCCAGCGACTTCTTACCACTCTGAATGTGAGTAACAAATTGTGAATCAAAGCCCGAATCCCCGTGGAATTCATTCCGAGGCTGATTGCAATCACTTGGAGTCGGGCGCGTCCTACCTAAACCAGGCAGTTTATGGCAAATACCTGCCTTGACCGTGCTTAAATTAGTGAACTTTTGGGCACCAACTGGTCGATTTACCATAGAAATTGGTAGTTGCTGCAAAAAGAGTAAGTAAACATAAAACGTTAAGAAAACTCTTTCCTGAAATCTATAGAATACCTTCGAATAAAAAAAAATCTGTAATTTCCTTGTTTTAATAGTAACCAGTTAGAGCATTTGAACTAGTAGCATTTGAACTCTGTTAAAGAAAACGAGTAAGGATGGAAATTTTATTGGCCTTAATGCATAATTTAACCACACCGTAGAATTAAACGAAGTAGGTTCTTGGCTTTCCTTTCTATCGGGTTTGCATTGGAGCGTTCGTGGGGTGTGTTGGAAGTCAGCAGGACCAACAGAGCTGAGTTTTCAAGCTGCCACTTTAGAAGGGTGTACCGAAGATTTCTGGCCTGATAATAGCCGGTGTGATTGCTTCTGATAAATACCACTTTTGATTGGGTTCTCACTATTCAGGAGCAGCTTTAGTTGATTGTTTAGAAGTGAATAAACAACATTAAAAAGGGTAGATCACTGTTGGTTGACATGGTGTGTGTAAGGAGAGGGGGGCCTCAGGGATTAGGGGTGGTCTCACACCTACTTCTCTTTACAACTACCACGGAGTCGTTTTCGCAAGCTATTTCCCAGGCTATTACTTATAATTTAAGTATTGGAGCGGTTTCAAAGTAAAAAGTTGTGTGATGTTGTTGTAGAGGCATGTCTCCAAAATCCTCTCTGGCCAGATAAGCAGTTTAATTGTATTTTCTTACATTCTTAAATCAGATATTCGGTGTTACAAACATATTTTAATATAGATCTGAGACTTGCTTACTAGACTAATTAAAACAGTGATAAGATATAGTAGTTTTAAAAATGACCTTTTCATAAACATAAAATATTTCTAAGATCTATCTTTAGAAATTTGTAATTAGTTCTCTGGAATTTTAAAATGGAAAATCTGACATAGATTTAGGTTATTCTAAATTTATTTGAATATATATTAAATATGTCTATTTTATAATAACAGTTACTGTTATTACTACAGCACTATGTTGAGTACTTTTGTTATGTATCAGAGCCAGGTGCTGGGTCAGGTGCTTTATAAATCATGTCTGTAATTATCACAGCACATTTTAGGTAAGTGTCATTATGCCCACACCAACTGAGAGTTTAGCGTAAGATCATATAACTAATAAGTCACTGTGCCGAGATTCAAATCATGGCCTGATCCCAAAGCACATGCTGTATTGCTTCTGTGTGTCTGTTTAAATCTCTGCTGTGTCTCTGGATTCCATTTGTAGGGACAAGTTCTACTTTAAAGATGCCTTTAGGTGCTGTGTTTTGTTGTAGCTTCGCAGAAATATTTCAATCTTTCTGTTGGAACTATCTTGCTTCATTATTTTATAAATCATCTTATAAATCACATTATATTTTCAATATCTTCTTAATCATCTTTATACAAAACATAAGTGAAGAGTAAGACTTTTCTGAGTTTCTTACATAAATATGAATAGAATCTTTACTGTGGAGAAGAAATGTATTACAGTCCGGTTTTCTCACTATTGTAGGATTCTTTGGCCTCGTCATAATTCCTGTCTTCTTCCCAGGGAAGAAATTAAAGTTTGTTGGGCCTCTCTTATGTGCAAAGCAATGTCGTTGGTGTTGTGAGATGACAAGAAAATGCTTCCTATTCAGTAGTTGTTTCTGGAGTTTTTGTAGTATTTTTCTTTTCTCCCCATTCCTGCCTTATATGTTGCTGCTGGTTTATCTTCCTAGCAGAGATCCAACTTGGCTATTCCTTTGTGGGGAAAAAATACCAGCAAGGTTCCCCATTGTGTAAATAAAAGGCTGAGGCCGGGTACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTCAACACCAGCCTGACCAACGTGGTGAAACCCCGTCTGTACTAAAAATACAATAGTTAGCCCAGTGTGGTGGCACACGCCTGTAATCCAAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCCGGGTGACAGATCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAGGGGGGGCTGAATATGAATATATGCTTCTGCCACATGTTCAGAGTCCCTCACAGTTTGTTACTGTTCTACCTTCTCAGCCTTCTCTTTCACTACTCTGAATACTGTGTGCTTATCCTGGAACACATTCTGTGCATTTCTACCCTCCCTTTTTCTTGAGCCATTCTTTTCCCTTGACTGGAATGCCTTTCCTTCATTTGGCTAATAAGATCTACCCATCCTTCAAGGTGCTGTACAAAATTCCTTGCTTCCAAAAAGTTTTCCCTGGTCCTTTTCAGTTAGAATTATTATTCCCATATTATCACAAAACATTATTGAATAGAAACATTTATTTTCCCACAGAATGGTGATAACTTTTGGGAAGAGAAGACAAAATCATGTTTAATATATTTTCCTATGGAGAATTCTAAACTCAAACTCTCTAGGGACCCTTTCTAAGCATTTATAATATTTCTGCATTTGGGATTTATTTCTGCTTTAAAATGTGTTTGGGTCAGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGAGGGGCCCAGGTGGGCGGATCACTTGAGACCAGGAGTCGAGACCAGCCTGCCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTGATAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGCTGGGCACCTGTGGGAGGCTGAGAGAGGAGAATCACTTGAACCCAGGACGTGGAGGTTACAGTGAGCCAAGATGGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAACAATGCTTAGTGGAAAGGACCATTTCTTTTCTATTTCACTATTGAGCTTTAAAATTATGTATATGTATTAATTGATTGAAGCTGATGACTGGACCATCGTTGGTAATAATAAATGGCTATGCTTACCAAAAAGGTTTATATATAGTTCAGATGATCTAACCTGGTGGCAAGAAAAGTAAATTATATTTATTGTCTGATGAATGTTACCAGTTTGTGTAGATCCATGGATGGAAGAAACAGACCAAAAACAAACAAAGAAACAGACCAAAAGTTATTGGCATTTAAGTGGCAGTCAGGATCAGATAGTTTAGATAAATTCGAAGAAGCACAAAATGTAACCTGGTTTGCAAACTTTTTACTGCCAGTGGAGTAAAGCAGGGCTAGGATTTCTTTGATAAAGAGCTAGCCTTTCTTGTCTGCTCTGATTGCATACCTTGGACAGTGCCTGGAAGTCCACCTAGCTGTCTAAAGGGAGTCTGTCTATTTTGACTTCCTAATCAGATAATTAAATGTGAGGCAGTTAGAGTTATGTACTAGTTGATCTTTCTATATGTCTCTGTCAATTCCCGGGATATGGAAAAAATGATTGCCTTTTCTTTATGGTTAGATGCCGTGATCTAGCAATTTTGTTAATTTTGAGGTTTTTGGAGCATTGCTTGGAAGATGCTATTAAGAGACAGATTTGTTCCTTGCAGATTGTTAGTTGTAAATAGTAGTGGAGGTTGGAGGTTGAACTTGATGACTTCTCAATATCCTTTCAAACCTACAAATTATTTTCCAGTTCTTCGTCCTGTGATTAAATTTTCTTATCCTAATGATCAAATTTGTAATTTAATATTTGTTGCAAATTTTACTAGTCTTACACTATATACACACACATTGTATCTAGGAAGTAGGTTTGTTAACTCCATGTAATGAGGAACATGAGTGAACACATTATTGCTAAATTGGCTAGAGAGTTCTTAAAACATGAATCATGAATCAAGAATTGCTTGTTTGTTCAGTGAATATTTTTTTGTGTGAAGTGCTACCTAATTGTTATGGAGATTGTAATGTAAGAGGCACTTTTAAAGATATTCTTCCCTTGAGAATAGTAAGACTATATTATAAATTGCTCTTATTGAAATAGTGAATAGCATTCTGTCTTCTTGCTTATTTTAATGGTCTTAGAAATGGTTCTTTCTACATGCAGTTTTCATCAAGTAAAATATTTTGCAACTTTATTTATATTCATTTACTTATTCGTTAATTTGTGAAACATGTAAATGCTACATGTTTACATCTTAAGGAGTATGAAATTAACATTTTATAATTGCAAAATTTAGAATTTCATTAAGAACTCATGGATGAGAACAATATTTTGTTTTATTTTTTTAGAGACAGGGTCTCACTCTGTGGCCCAGACTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATCGATTACTATAACCTCCAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAGTAGCTGGGGCTATAGTCACAGGCCACCACACCTGGCTGATTTTTCAATTTTTTGTAGAAACGGGGTCTTGTACGTTGCCTGGGCTGGTCTTGAACTGTTGGTCTCAAGTGATCCTTCCACCTTGGTCTCCCAAAGCACTGGGATTACAG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Seq C2 exon
AAATGTTGCTGAAGTGCTGCTGAAAGGGCCAGAGATGCAAGGATTTGGGATACATTTTGAACCTTTAAGCTGTCTGACATTGACCTCCTTTCATTATTAATAAAGAAGAATCAGGAGCTTAGGATGTATTAACACCAACTCATTAATATACTAACCGGACAATGTTCTACAAACAATTCTACATTGTAAAGGACTGGATTGGCACAAAATAAAATAATTTTATTTTATTCAGCTTATAATATGACTCGATGGAGGAAAATTTGATAAGCATGAGAGAAGACCATTCTTTTCATGTTCGTTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121957:ENST00000406462:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development