RnoINT0067128 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012149 | Gpsm2
Description
G-protein signaling modulator 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1560967]
Coordinates
chr2:211519667-211527919:-
Coord C1 exon
chr2:211527818-211527919
Coord A exon
chr2:211519971-211527817
Coord C2 exon
chr2:211519667-211519970
Length
7847 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TCTTGTATTCCTTTTTGCAGAAA
3' ss Score
9.79
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGGGACCAGCCTTGGGGAAGCGCGGCGATCCCCAGTCTGCGGTCGGAGGCGCTCATCCCTGAAGCGGCTCCGCGTTCCCAGGAGCCTCCCGCCGGAGGGAG
Seq A exon
GTGAGCGGAGCCTGAGGGGTGACCCAGAGGGTCGTGTGGAGGCGTGTGGCGGGGTCTCGGGACCACGGAGGCTCCACGGGCTCCGGTGACGCTGGGACCCCGGGGCTCCGCAGGGGGCTTCGCACCAGCGCTCGGCTGTGGTCCTCTAAGTGAGGGGAAACTGGGCATCGGGGTTCTGCAGACCTTGGAAATATTTGCTGGGATGCAGCGACTTCACGCGTTTTCCGAGCGTAACAGACAGTGGATAAAGCGGAATCCCAGGCAGGTCGTTGGTCCCGGGTCTCCAAACCAGACAGTTTTGTCAAATCACATTTAAACTCCTGAACTTTTCGGAGCCCAGACATCGTTTTTATACTGGCAGGCGAAATCGATAGGTCTTTGCAACCAGTTTTAAAGCAAGAGTAAACTGTTGAGACCTTACCCCTAAAGCTATAAACTTAATCTTCAAAAGTGGAAAACTTAATTTCCTTGTTTTTTAGTAGTAAACAACTAGGTAGCGGTTAACTAGTATCATTTGAACTCTGTTGAAACGAGTAATGATGGAAAATTTTATTTGCCTTAATGCATAATTTAAAAGCACTGTAGAATTAGAAGAGGTGAGTTCTTGACTTTCCTCGCGGTGTTGTGTGTTGATTGGAGTGCTGTGTGTTTTGTGTTGTAAGTTTTTATCACCAACGGAGCAGAGTTTTCAGACTACCTCTGTGGAAGGCTAAACTGAAGATTTTTCCGGCTTGTTAGTAACCATCGTGATTGCTTCTGGTAAAGAGCACTTTTGCCTGGGGTTTCTATATACTAGAGAAGCGATTCTTTATGCAGAAGTACAAAAGCAAAGGTCGCTGTCGTTTGGTGTGAGGAGGGGGACTCGGATGCCTGGCCAGTTCTAGGCATTCATAGGCCCCTCTTGCAAACCTATTTCTAACCTATAATTCAGTGATTGGCCTGGTTATGAACTTAGGGAGTGTGGGCTGTTGGGGAAGCATGTCCCACAGAAAAGTAGTTTAACTGAATTTTCATTACGTCAGGCATACAATATTACAAGTATGTTTTAAATGTAAACCTGAGATTTAATTGTAGGCTAATTACAAAAGTAATGGAATATAGTGGGGCTCCCACACCTCACCGCCTCTATATATGAATCTGAACCCTGAGCCATGCGAACACTAAGCCAAGAGTTCTATCACTGAGGTAATTCCAGATCATCTATTTATTTGAGACCTAGTGTTGCTAAGGTTTTAGGGCTGGCGTGGAACTTGGAATCCTCCTGTCTCAGCCCAGTAGCAGGGATTACAGATGTGCACAAATACCACCTGCTATGAAATGGCTGGCTGACTTTATTTTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCCTCCCCCTCCGCGCCTGCGGGGAGGTGGGGGCTGCGCGGGGGCCTCGGGCGCTCCCTGGGGCTGGGAGGGGGTCTCAGATAGCTCAGTTTGGCCTTGAACTCTTTGATACTCATTTCTCCACCTTCCCAGTGCTGTGATTACAGGTATGCACCATCCATGCTTAGGGTCAAATCCAGGGCAGGTGCATGCTAAGCAGAAGCAAATCACATCCTCAGCCATTACCTTTCTTATCCATAAAATACTTCAAGATTTATCTAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAGAAACAAACAGAGCCCCCCCAGCTGTGGGCATTTTTTAAGACTGTGTAATTAATAGGTTGCTGGTGGGATTGGAACCGCTGCCCAGTCCCAGCACCAGCCGCACTGCACTGAAATCGCCCCATGTCTCCGGATCCCATTTATGGCACATTATTTCTACTTAAACCCACGTGTACAGTCAGTGGTCATTAGGAAGTGTGGAGGAATATTTCTACCCTCCTAATGATTGGTCTTGCTTTTTGTGTGTTCTAAATCAGATGTTTCCACATCTTTTAACCTTTCTAAAAAACATAGAACATCATTTTCTTAAATCTGCAAGCCTTCTACCCTGGTGAGCAGAAATGTGTTATAAACGCTCGTTTCTGTACTGTTACGGGTTCTTTTTTTATCTTTTGCAGTCTGGTGGTTGAACCCCGTTTCTTACCCTCACATGCTTCCTACTCTGCTGAGCTACACCCCCAGCCTCAGTCTCAGGCTCTTTCTCAGGCAAGCAATGGAAGGACGATTGTTGGACATCCGTGATGCACAGAACCGTGCGCGGCTGTTCTGAGTGGCCAGAGAGGCTCCGGAGTCAGTTCTGAGTTTTTCTGCAGTGTTTTTCACCACCTTCTCCTCACCCTGCCCTGTGTGATGCTGCCTGTTTCTGGTACTGTTTCTTTGTTGGAAAAAATAATAATAACCCTACAAGGTTCTCGTTGTAGAAATATACTGCCAAACAGGAGCCTCCTCCAGACAGTGCAGGCCTCACAGTTTGGTCCTGTTCTCTCCCACTCCTGACCAGTGTGCCTTCCGGGAGCAGTCTGCACACCCCACCTCTTGGCTTTTGCTTGAGTTACTTCCCTTAAATAGAACGCCTTGCTCTGTTTGCCTAATAAGTTCTACCATCCCTCAGAGTGCCTGCAGTACACATCTCCTTGTTTCCACAGAGGGCTTGGGATCTTTCTTTATCCTTCTTAATCAGAGTTCTCATATAAGCTCATAAAATTAAACTGAGTAGAAACATCTCCTTCCATAGAGGGTAATTAATAATTTGTTTTATATTTAAGATTGTGTTATATGTATTTTTTCTATAAGAAATTCTATACTCACTTTCTAGAGCCCTTCTTTGGTTGGGTGTAAGGTTTTGCAATTAGGGTTCATTTTTGCCTTAAAATGTTTGAAGTCGGTGCTGCCTCTTTAAGAGAACTGATTTCGTGCTGTTTGCTGAGGAAGGGCCAGTCCTTTTCAGTTCCACTGTTCAGCTCTTAGGTTGTCACGGACATGCATTGACTGAGTAAGGTTGACGGTTGAGCACCAATGGTACAGTAGCCTGTATTATCCTCAGGGACTCTCTGAAGACCTCCAGTCTTGAGAGCTTGAGAGGCTCCTAGGCACTCTTTGCCTGTGTGAACATACCTATGATAATAAACTTAAATTAACAAAGTGAGAAGTTAACAGTAGCTAGTAATAAAATAAAGCAGTTATGGGCTGGAGAGATGTCTCAGGGGGTTAAGGATACTGAGGGAACCTGAGTTTCAATCCCAGCATCCACATGGCAGCTCACAACTGTAGTAAGATCTGACACTCTCACATTGGCATACATGCAGGTAAAACATCAATGCACAACATAAATAAATAAAGCAACTGTAACAATATACTATAATGAAATTGTCATCATCTCTACTCTTGTGGTTTGAAGCCATTATTAAATAAAATAAGGATTGCTTGAAGGAGGACTTGTGACATCTACAGATCAGGATAGTTACTGGTAAGTGACTAACAGGGCAGGTAACGTATACAGCATGGATACACTGGACAGAGAATGATTCACCTTCTTGGTAGAACAAACGAGGGCATTTCATCATGCTTCTCAGAATTGTTCATAAGTAAAGTCTTAAGATATATTTGCTTTCTGGAATTGAGCATGTAATAGTTTTGGGGTACCATTGACTGTAGGTAATTGAAACTGAAAGGGGAGGTTACTGCTGAGAGAATTACTGTGATAATGAATGGCTGTGGGCCATGTTTTCAAATGGCTTGCTAACTACTTTTTCTTAGAGTTGAATACTTCCCATTTGTCTAGTTAGAGTTTTACTGCTGTAAACAGACACAATGGCCAAGGTAACTCTTATGAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAAAGGTTCAGGCCATTATCCTCAAGGCAGGGAGCATGGCAGCACCCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGTTCTACATCTTGTTCTGAAGGCAAATAGGGAGGGCCTTAAAGCCCACGCCCACAGTGACACATGTCCTCTACCAAGGCCACACCTCATAGTGCCACTCCCTGGGCCAAGCATATTCAAACCATCACACCGTTGTTGACTAATGATTGTTCCTTTTTTTCCCCTCTAATAATAGTAGTCATCGGGACTATTTTATATTTATTTCTTTGAACTCTTATGTGTTTGTCTAATTTGTGTGGTCTTTAAAAAAGAATTCAAACACATCTTTACTAAAAGACTACAGATAGGAAAGGTAACGACATAAATATGTAGTTTTTTTCTTTTTAGAAATTGGGCTTAGTTTTTGCTTTTTGTATTTTAGATTACAACCTTCCCTGTGATCTCTTGGAGTTGTTTGTTTGTTCGTTTGTTTTGTCATAATAGTCCTTTAGAAAGTACTCAATAGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGGAAGCGCAAGGCTCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGTACTCAATAGATCATTATGTTTAATTAAAATTTAGAATGTTTTTTAAAAAAGTTTCTGGAATTTTTGCTGGTGCTATGTAGATAACTTATAAAGAGCCGGGACTCAGGGGAGAATAGGATGGCCTGCTGAAGTGTATGACCACATTTATTTTGTTAACTTGGATTGTGTCAGTTAATAGTAAAGCTACACTCAGCACTTAGATATCGATGGATAGTATATCCTGAGTTAGTCCACCACCAGCTCATAGCATTATGCGTATAGTCTGATTATATTACTGGCTTACAGAGTCTGTTGGATGAAGAATGAGGAATTCTATTTATTTTTACTCCTAGGGAAATTTCTTTTTAATTTTGCTATTGAATTACTTTATTAAATTTAGATTTCAAAAAGAAAAAAGAAGACCGAGAGTTCTTTAACAGTTTTTAGCTTTAAGGATGTGTGGAAATGCAGGCTGTTGAATCCCACTCTGGAAGGGATCACAGTGAGAGGAGATAAACTCAGGAGCATCTATCGCTCAGACCTTTCTTCCTCCCAGACCTTTACCTATTTGTCAGATTTTCTCTATCTCTGTCTTGAGATATTAATT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Seq C2 exon
AAATGTTGCTGAAGCGCTGCTGAAGGGGCCACAGATGCAAGGATTTGGGACACGTTTGAACCTTTAAGCTGTCTGACATTGACCTCCTTTCATTATTAATAAAGAAGAAGCAGGAGCTTAGGATATATTAACACCAACTCATTAATGTACTAACCGGACAGTGCTCTGCAAACCCCACTGCGCAGTAAAGGACTGGACTGGCCCAGGACACAATCATTTCGCATTTCCTCAGCTTATAATATGACTGGATGGAGGGAAATTTGATGAGCATGAGGGAAGACCATTCCTTTCATGTCCGCTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012149:ENSRNOT00000066178:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]