HsaINT0073152 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121964 | GTDC1
Description
glycosyltransferase-like domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:20887]
Coordinates
chr2:144728220-144765102:-
Coord C1 exon
chr2:144764749-144765102
Coord A exon
chr2:144728330-144764748
Coord C2 exon
chr2:144728220-144728329
Length
36419 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTTTGTGTGTTTATTTCCAGGGA
3' ss Score
10.5
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAGCATGATAAAGATCCAGAAAGCTTTTTTAAGGTATTAATGCATCTTAAAGACTTAGGACTCAATTTCCACGTGTCTGTACTTGGAGAAACCTTCACAGATGTCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121964-GTDC1:NM_001006636:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.229 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053415=Glycos_transf_1=PU(7.2=9.2)
A:
NA
C2:
PF0053415=Glycos_transf_1=FE(24.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)