Special

RnoINT0068243 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
glycosyltransferase-like domain containing 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1563393]
Coordinates
chr3:29435484-29471277:-
Coord C1 exon
chr3:29470963-29471277
Coord A exon
chr3:29435594-29470962
Coord C2 exon
chr3:29435484-29435593
Length
35369 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
ATTTTTCTGTTTATTTCCAGGGA
3' ss Score
10.34
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAGCATGACAAAGATCCAGAGACGTTTTTAAAGGTCTTAATGCATCTAAAAGAGTTAAGGCTCAATTTCTACGTCTCTGTCCTTGGAGAGACTTTTACAGATGTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000031038:ENSRNOT00000059679:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.329 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0053415=Glycos_transf_1=PU(7.8=11.3)
A:
NA
C2:
PF0053415=Glycos_transf_1=FE(24.2=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]