HsaINT0088697 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213160 | KLHL23
Description
kelch-like 23 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:27506]
Coordinates
chr2:170553871-170592737:+
Coord C1 exon
chr2:170553871-170554041
Coord A exon
chr2:170554042-170591522
Coord C2 exon
chr2:170591523-170592737
Length
37481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
TTATTTCATATTTATTGCAGCCA
3' ss Score
7.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTAAGAAGTTTCCATTATTTTGCTCCAAACCAGAAGACTCTGTTCCCTGTATATAGAATAGGAGTAATATTTGAAAACAACTGGCTGATGTTTAAAACTGAAGATTGTCATGATTGTTTATCCTAATCCCAATGCTGAAGTAAGATTGTCTTGGAAATACTAAGTTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213160-KLHL23:NM_144711:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)