HsaINT0088976 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000150045 | KLRF1
Description
killer cell lectin-like receptor subfamily F, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:13342]
Coordinates
chr12:9980077-9985010:+
Coord C1 exon
chr12:9980077-9980225
Coord A exon
chr12:9980226-9984911
Coord C2 exon
chr12:9984912-9985010
Length
4686 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TCATGTGATTAATGTCTCAGATT
3' ss Score
5.44
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTCATGTTATACTTAATAAAACAAAACATACCTGTATACACACACATTCACTCACATTGAAGATGCAAGATGAAGAAAGATACATGACATTGAATGTACAGTCAAAGAAAAGGAGTTCTGCCCAAACATCTCAACTTACATTTAAAG
Seq A exon
GTATGGAATTTAATTTCATTTTTTCAATTGGTGTGAATTAACATGGTAGTTTCCCGTATCCTGTTCCATTGTGTTATTGGACTGTTTCAGTATTTGGGTGCTTTTCTTTCTCCGTCTCTGTATCTCTCTCACCTGTCCTCTCTTTCAATATTAATAATGATTTAAAAATAACAACCTCTCTTACCATTTAAGAAACACCAGTTTCCGGCACTATACAGAATGTTTTATCTATGTTCCTTCATTTAATCTTACAAATTTACTATGAGATAATCTCTCTCTCTCCCATTTATCAATGTGGAACTAACACTTACTTGTAATATTTTGTCTGATATAATTTCTTAAGGACATTCTCTGAGGAAATATGCATACTCAATTAAAATTAATAATTTCAAATTAGTGAATATTTGCTGCCATTCACCTCCTTATCATTCATAGAATATGGTGTTTTAATGCTATTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCACTGTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGATTATAGGTGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGCGTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTGAGTCTTCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACCGCGCCCAGCCTTTAATACTAATTTTTAATTCAACTTCTCAAAAACTTTATGCTTTTCACCAAGTTGACTCAAAATAAAGTTTATACACCAGCAATCAACATTTTAATTTGCTACTTCAAGCATACCCTCCATACACAATGCAATTCCATCATGCCACCTTAATGTGATTTGGCAAAAGAGATAAGCAGAAATTAAAGACACAAATAATCACAGTTATAGAGACTGTCTGTTCTGTTCTGTTGCTTTCTAAATATTTCTCTTTTAATAACTTCACCCATGAAAATTTTACTTATCTCTTGAGTCCTTCCACAAGTATCATCCATCAGTGATTCATCTTAGAGTTACATACGTGCTATGTATAAGAAATTTATTGCCTCTTCCATGTGAATTTTTAGATTCCCATATTTTCAAGTCTTTACTTCCTACACTCAATTTTTATTTCATTTTTGGAAATTAGAGATATTAAACCTGAAAGACTACAACATGTAGTGACTTCTCTGCAGACTTTTTTCCACACTCTGTTCATAAATGTCTCTCTGAAGCAAAAATGTGCAGATTTTCGGCTCCCAGATATTTAAGTGACACATACTAATATTTATGTCTTGTACCTTTAGCTAATATTTATTAAAGCTTGAGGTAAGACGTATTTTATGTGAATTAGATTGACAATGTGAGCCTTGGGGTTATGATGTTCATTCATTTAACTTAATTTTGTGATGACATATTTGTAAATCTTTTCTCATATATTGAAAAACCTTTGTTGCCAGTGATAGTAAGAAATTACATAATTGCTCTATCCCACTATACATATGTAGTAGTTTCAGAATCACTATAGAAATAATATTATAATAATAGTTACTTAAAACAGATTAAAATGTTTTGCGGTTTTAAAAAATCCTTAAGATATATTCCATTGAGCATGCACAGTTAAATGTTTTAAAATCACTTTAAGTAATTCCTCTCTCTATAGTGAAGACACTAACAATACCTAGTTAGATTCCTTTTCTTCATTTTTTATGGATTTTTTTTCATTTTTGTTTAACTTACTTTATAGTAGCATAAAACATTTACATATTTTCAGTCAAACTTATATAATGAGGGGCCAAGTGTGGTGGCTCATGCCATTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCCGAGGCAGGATGATCGCTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCTGCCTGGGCAACAAATCAAGACCCCCATCTCTACAAACAATAGAGATAAAAAAATTAATCAGTCATGGTGGCACATGCCTGTAGTCCTAGCTACACAGGGTGCTCAGGAGGGAGGATCTCTGAGCCCAGGAGCTCAAGGTTACAAAGAGCTCTAATGGTGCCACTGCACTCCAACCTGAGCAACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAATAAATAAATAAGAATTTAAAAAGTTTAAAAAATTACTTTCAGAGAAATCCACCTTGCATAAATCCAGCACCCTTCATAAAATTTACCATTTTGTATTTCTATATTTCCAGTGTTTACTTAGCTATTCTCACTCTTTTGTTCTTTCAGATAACTTTATAAAAAATTATTCAGGCTCACTCACCACAAACAACAACAAATAAAACAACCCGATGTAGCTTTTACGTCTAAATTACTTCCTAGTCTGTCATTAAGCTTAGGGAGAATTTATATTTTTGACACATAGTTTTCTTATCCAAGCACATGATCAAATTAATGTTACTCAGTTTTCGGTTAGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATTGGGTTGGGACACTTGTCGAGTTTCTGTCTAGTTTTCTTTTTGTTTGTTTTTTTTGGTTAACTATCCGTGAGTAATGAATTTCTTTCATCTATGTTTTCACAGTGGTTACTGGATTATACAGGGCACTGATTTTAGTATGTTATTTTTATAAATGCAGCTACTATTTTTTGTTTCTGGAATTAACGGTAGTTTTTCAATTGATTCTTTTATTTTACCAAATCTGCACTCACATTACCTTCAAATAATTTTACCTTCTTTTTCTAATATTTCTACCTGTAATTAGAATATTTTTCTTCATTGAATTATATATTACCTCTTCGTATTAAAAAGTAGTGGAGATTTGAGCTATCTTTCTTTTTCTGGACTTAAGCAGAAAACCTTCTTTCAGTTTTCTCAATTGAATAAGATGTTAGCTTCATTAGACATAAAACTATTATGTTGAACAAGTATCTATTAATTTCTGTTTTTTAACATAAAGATATAAGATTTTATCAATTTCATTTTTTACATCTATTGAGATGATGATAGATTTTTTTCCTTAGCTTTATTAATATAATATTAATATGGATTTCCTCCTATTGAATAATCTTTATATTCCTAGAATAAACCAATCATGGTTATAATATATTTTGGTTGCTGATAATGTATTTACCATTTTTGTACAGACATTCATAAGACTGATTTTGGTTTTCCATTTTATTATTTCTGGTTTTGGGTGGTTAAAAGGCTTGTGTTTTAACCTTTATAAGTTAAATTAAACCATTTCCTTATAGGAGAAAACACAGGATAATGAAAGTTTTACTTTCTCCATTATTCAGCATCTTTTAAAATTTTTTTTTACTTTTATTTTTATTTTATTATTATTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTACAACCTGTAGTGCTTAGGAGAAATAATTCAGTCTGAGTTGAATTTCAACCACCTTCCACAACTTTTTTTCCTAATGTTTTCTGATAATTATTTTTTAAGTTTTAAAATAAATATATGACTTTTTTAAGACACATGCTTGATTTCTTGGAATTTATTGCTTATCAATATTAATATATCAAAAATTCAAAAATAATCTCAGAAATGTGGAGTATTCATTAAATGAATTCTGATAAAATTATTTTAATATCTTTGACAATGTTATGATAAGAGAAACCCTGCGAACTATTTATCTAAAATATCATTCTATAGGGTTCATCATGTGCTTTCTTGACAGGGCTTGACAGCGTCAAATGTAGTTTCTCTATTTTCTCAGGTTTAAAGAGTATTTAGAATATAAATTTCAGCATTAATAATTCAATTTATTGACTGAACAATAAGAATAATTTCGGTTACAATAGAGGATTCTTATCAATTATTATGATAGATTTACATAAATTATCTTTGATAAGGACAAAATGTTTCACAAAGTATAGATATTCACTTATTCAGTATAACATAATTATTCATGTAATTTCGTAAGTCAGTGCCCAGCAGACCTAAATCCTCTGGATGAGACTCTCTACTGTCTGTCCAATGATAGCAGTTTCTTGAATAATAATCATTGAACAAGCACTCTTATCTTAAACCTGACAGTGTAAGTCTATGAAAAATAAAACAGTTCTTAAAAGTTTAGCATTTAATAAGAAGATGAAATATTATTCATGACTTACAAAGGATTTTAGGGTTTTTTTGATTAAAATAGCAGGATACCTAAAGCCATATTTAGTTCTGATTCATCCTTAGTAAATAAAAAAGGCTCAAAGGACTTGTAAATGTTATATTAATGATTAATCAGAAAGTGTTTATGTGGATACACATGTATTATCTGTAAATGCATGTGCATGTTCATGAGTGCGTGTGTCTCCGCAATGGTTGGAAAATTATTCAGTGCATAGAGTAAAATTCTTTCTACAAATTAATAATGTTAAATATTAGCAATTTCTTCAGATTTGATATGACACGTATCATAGCTTCTGACCATCCAGAGTGTTATCATTGTTAAATAAATGTATATATTTTTCTATTTACTTAGCCTTCATGCTTTTGATTGCCTAATATCTTTTGAAACCAAAACTAATATTTTATACAATCCTATTATTACAATTGCTATTGTATTACTTCCTGGAAGCATACTTTTCTAAACTAATTCATGTGATTAATGTCTCAG
Seq C2 exon
ATTATTCAGTGACGTTGCACTGGTATAAAATCTTACTGGGAATATCTGGAACCGTGAATGGTATTCTCACTTTGACTTTGATCTCCTTGATCCTGTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150045-KLRF1:NM_016523:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.034 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)