HsaINT0091752 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162624 | LHX8
Description
LIM homeobox 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:28838]
Coordinates
chr1:75622578-75627218:+
Coord C1 exon
chr1:75622578-75622761
Coord A exon
chr1:75622762-75626503
Coord C2 exon
chr1:75626504-75627218
Length
3742 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAGGT
5' ss Score
8.6
3' ss Seq
AATTTCTTTCTATTTTGTAGCTC
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGGTTTCAGAATTGTAGAGCACGCCACAAGAAACACGTCAGTCCTAATCACTCATCCTCCACCCCAGTCACAGCAGTCCCACCCTCCAGGCTGTCTCCACCCATGTTAGAAGAAATGGCTTATTCTGCCTACGTGCCCCAAGATGGAACGATGTTAACTGCGCTGCATAGTTATATGGATG
Seq A exon
GTAGGTATCCCAACATTTAACAGCTGTCTCCCAGGCAATCAGCAACTGGTAACTTCTAATATTAGATTATTGATACAATTCACATTTTGAAATATTACCTCAGTAGTAGCTGAAAAATATTGTGGGGGGTGCAGTAGAGAGCAAAATTATCCAAACATTTTTATTTCTGTGATTACATTTTAAGGAAGAAGTTTAATACTCACTTTGCAGCTAAGATGCAAATATTAATAATGACTCAATGCTTGATCTTTACTTAGAAATTTTTTGTTTGTTTTTACCGGTAAATATTTAAATACTTTATTTCCTGTGATCAGAGCAAGTGTTCACTCAGATCTTTAGATGGGAGTTTAATAAGTTTTGTTAAAGAGTTGTTTTTTATAGAAGAAAATCATACATTTAGAAGAGTGCATACGTAATAACTATTCAGCTTGATGAATTAATAAAATGAATGTATCCATATAGATATTGCCCAAAGTAGCAGATATAATTAGCATTTCAGAAGCCTCTCTTATGTCTCCTTCCAATTATTATCCTTTTCTCCCAAAGTAACATGGCACTGATTTCTAAAACCACCCTTTAGTTTTGCCCTTTTTGAACCACACAGAATGTATTTTGTGTCTCACTTCTTTCAATTACATTGTGAGATTCACCTATATTATTGTGAGAATCTGTTATTTGTTTTCATTGTTATATAGAAATCCACTGTAGGAATATACCACAATTTATCCATTTCCTGGTTAATAGATATTTGTGTTTTTTCCAGTTTGTGCTTTTATGAATATGCTGCTATGGACTTTATTGTACATGCTTTTTGTGCACATTAATTCACATTTCTACTAGATATGTACCTGGGAGTGGGACATAAGGTCATGGGCTACACATATGCTCAACTTCAGTCATTCTGACAGATAGTTTTTCACAGTGGTTGAACCAGTTTACACCTTGACCAGCAGCAAGGTTCAAGGTGCTTCACATCCTCACCAACACTTGGTATGGTGTAACTTCCTGATATTAGCAAATTTGATGATTGTGCAGTGCAATCTTATTTTAATTTGCCTTTCCCTGATGACTGAGCATTTTTTCATCAGGTATTTGTATATTCTCTTTTGTGAAGAGCTGTACAAGTCTTTTTGTCTTTTGGCCTACTGGCTTGTCTTTATTATTTATTTAAATGGATTTGCTTAATTTCTTCATGTAATCTGCATATAAAGCTTTTTGATAATTGTATGTGCTTAGAATATTTTCTCCTACTTAGTTGCTTGGCTTTTTCTACTCTCTTAATGGAATGTTTCATTGAGCACAAGTTCCTAATTTTAATGTAGTTTATTTCATCATTTTTCCTTCATGAGCCATGCTTTTTTTGGTGACATGTGCAAGAAATTGTTTATACTCAAAGATAATGAAGATATATCTTCTATGATATCATCTAGAAACTTTGTTTTACCTTTGCTGTGTAGATTTACAATTCATTTGGAACTGAATTTTGTGTGTGGTGTGAGGTAGAAAGTGAAGCTTTTTTGTTATGTTGATGAAAATAGAAAATGTCCAGCTTCTCTGTAGAGACATATTTGCCATAAATCAAATGTCCGTATGTTGTGTCAATTTCTGTACCTTCTGTTCTATTTTATTGGTCTATTTATTTTTGTGTTGCTACTTAATCATTCTAATCATGGTAGGTCTATAATTTTTAATATATGATAATGTGTTTCTATTTTGTTGTTATTCAAGTTTGTATTGCCCATTCTTGGCCCTTTATGTTTTCATAAAATTTACCTACTTGTCTATTTCTACCCCAAAAGGGAAAACAATTAAGATTTTGATACAATCTATTACAGCAAATATATTGATCAGTTTTAGGAAATTGCCATCTTAACAGTATTTTCTTCCATACCATGAACTTTAGCATGTCTTTCCATTTGTTTAGATCATCTTTAAATCATCTCATGATTTAGACTTTTCTGTTTAGTAATCTTGCACATCTTCTGTTAAGTTTATCTCTAAGTATTTCTTTTGATTCAGTTGTAAGTGGTATTTTCTCTATAAGTAGAAATCTGGATTGGTAGTTATTTTCTTTCAGCACTTTGAAGATATGATTACCTTGTCTTCTGATTTTCATTGTTTGTTTTGCATATGGATAGCTAATTAACCTGGCCCCATTTATTGGTAAAGTCAGCTATTGACCTTCTTGCTCCTTCGAAAATAAACGTCTTTTTTCCTCAACTTTTTTCTTTGTGTTTGTCTTGAAAAAGTTTTACCATACTGTGCCTGGGTGTGCTTCTTGAATATGTAGTTTGATGTCTTTCATTATGGAAAATTCTCAGCTTTTGCCTCCTCAAATATTGTTTTTGCTCCTATGAAAAAATTTTCTTGTTTTCTTCTGAACTATTTTTCTAGTTCACTAATGCTCTCTATATCTAATATCCTGTAAAAAAATCATCCACCGACTTCTTAATTTATTATGTTTTTCAGTTTTAAGATTTCCATTTATATGCTGAAATCATCCATTTTGTCACTTTATCCTTATTTAAATTGTTATACTAAAGTTCAGGTGTGATAACTCCAATATCTGGATCTTTGGTGGGTCTATTCTGTTTTCTTAATTTTCCTCTTTATTTTCTTTCAAGTCATGTCTTGTTATTTGTCTTCTTATTTGCTATTGCATTTCAGATGTTGGGTATGAGTAACTAAAAATAATTTGAGGCTGTGGATGATATCTTTCACTAGAGAAGATTAGTTTTACCCCCCAGGTAGTCAGAATAGGGTGAAATCAACTTAATCCAATCAGGCACAAATCCTTAAGAGGGCTGGTATATTTTTGTTTTACTACTCCTTGGAGTTAGCCCTTTGGAATCACAAATGAATCCCTGTTTTGTTTTGTTTTCTGTTGTTGTTTTTAACTAGGGCTTCTCCTCTTCAGCGGGCCCTGCTCTTTAATTTTTGTTTCTCACCACTCTGCCAAAGTCTAACTTCTGAATGCTCTGCTAAACTTCTTGGCCTATCAGACATTTGTTTTGTTTTAAATTGTCACTATCCTTGCGGGAGGAAAAGCATCCTCATTTTCTTTCCCTCCACTCTGGGACTTTGTAAGTCCTCACTACTTAAGTGTCTTTCAGATGCCTTCAAACAGATTTTAAAAATTTTGTCCAGATTTCCTAGTTGGTCTCAGAGAAAGGTTTGGTTTGAAGCAACATAGCCCTTGCTGAAAGCAGAAACTTCATTTTAAGTTTTGGTTAGATAAAAAATCAGAGCCTGTACTGTTGTTGCCATTTACTTATACTAGCATTAAAATTGTGTGTGTTCACATGAAACACAGTAGTGTTGCCTGAGTCCAGTGTGTTTTGATGTATGCTTAGGGAGGAGGTAATTAAACATTAATGAAAGAAACTTGGGGAAGATCATCCTATACAAACACCTTCATGAGAAAGCTAGCAGCAGCATCTCTGAAGAGGAACCCATGTCTTTCTAGCTTCAGGGTGAAGTGCAGTGAATGGGGTATGGATGGAGGACATTAAAATGGCAAAATCTTGTGGCCCCAAATAAAGATTTGGGGGTAAAACTGTTCCTGGACTCTCACTATGCTGAATAGGTTAATGCTTCTGCTGAGGTCAGTGGAATGAGTGTAGCTTGGTGCCCTCAGCTATAATGAGTGATGAAAACAATGCCTTGGATTGTTTTTGTTTGTTTATAAATCAGTTTTATGCACCCTACAAAACTGATCCACAAATTTCTTTCTATTTTGTAG
Seq C2 exon
CTCATTCACCAACAACTCTTGGACTCCAGCCCTTGTTACCCCATTCAATGACACAACTGCCAATAAGTCATACCTAATTCTTTTTTCAGGGATAGACTTGATTAAGGATATAAATTTGTCATTTATTATGTATAAAATACCATTGAAAAGATATTACTGTTAATTTTTTATTTAACACCTAAAGCATTTCCAACATCACTTTGCTGCCCAGGTATGTATCTATAGTTGGCCTGCAAGACACTTTTATTAATTCTTCATTTTTTGTAAAACTTATGTTTACAAGAAGAAAACAAATCAAAACATTTTTTGTATTGTCTGGAAATAGTTCACTCTAGTGTGTATCTGTTAATTTATTTGTCATCAAAAGAGCACTTTGCCTAAAAGAAAGGACTGACAAGTGTGCAAAATGTTTACAATCTTTTGTGAAATTGTAGTTTATCATTAGTTTGTATCTGTAAGTTATTGTAATAAATATTACCTGTATTTTTTGTTATATACAACTTTATACTTTGAAGCTTGTATCTGTGAATTTGCAACTGAAATTTATTTTGCCAATGTTTTCTGAATGAACTGAATAAAGCTTCTGTTGTAGCATGCCATGCAAACACATTATTGTGTTTGTGGTTGATGAATTATGGCTGTAAATAACACTATAGTTTAATAAGCCCACCATTCTGAGTTTATTAAACATTTTCCATTCTTGTGAAAATTTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162624-LHX8:NM_001001933:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.532 A=NA C2=0.720
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PD(19.3=17.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)