HsaINT0091752 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162624 | LHX8
Description
LIM homeobox 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28838]
Coordinates
chr1:75156893-75161533:+
Coord C1 exon
chr1:75156893-75157076
Coord A exon
chr1:75157077-75160818
Coord C2 exon
chr1:75160819-75161533
Length
3742 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAGGT
5' ss Score
8.6
3' ss Seq
AATTTCTTTCTATTTTGTAGCTC
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGGTTTCAGAATTGTAGAGCACGCCACAAGAAACACGTCAGTCCTAATCACTCATCCTCCACCCCAGTCACAGCAGTCCCACCCTCCAGGCTGTCTCCACCCATGTTAGAAGAAATGGCTTATTCTGCCTACGTGCCCCAAGATGGAACGATGTTAACTGCGCTGCATAGTTATATGGATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCATTCACCAACAACTCTTGGACTCCAGCCCTTGTTACCCCATTCAATGACACAACTGCCAATAAGTCATACCTAATTCTTTTTTCAGGGATAGACTTGATTAAGGATATAAATTTGTCATTTATTATGTATAAAATACCATTGAAAAGATATTACTGTTAATTTTTTATTTAACACCTAAAGCATTTCCAACATCACTTTGCTGCCCAGGTATGTATCTATAGTTGGCCTGCAAGACACTTTTATTAATTCTTCATTTTTTGTAAAACTTATGTTTACAAGAAGAAAACAAATCAAAACATTTTTTGTATTGTCTGGAAATAGTTCACTCTAGTGTGTATCTGTTAATTTATTTGTCATCAAAAGAGCACTTTGCCTAAAAGAAAGGACTGACAAGTGTGCAAAATGTTTACAATCTTTTGTGAAATTGTAGTTTATCATTAGTTTGTATCTGTAAGTTATTGTAATAAATATTACCTGTATTTTTTGTTATATACAACTTTATACTTTGAAGCTTGTATCTGTGAATTTGCAACTGAAATTTATTTTGCCAATGTTTTCTGAATGAACTGAATAAAGCTTCTGTTGTAGCATGCCATGCAAACACATTATTGTGTTTGTGGTTGATGAATTATGGCTGTAAATAACACTATAGTTTAATAAGCCCACCATTCTGAGTTTATTAAACATTTTCCATTCTTGTGAAAATTTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162624:ENST00000294638:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.532 A=NA C2=0.720
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PD(19.3=17.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development