HsaINT0096297 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168702 | LRP1B
Description
LDL receptor related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr2:141005335-141013745:-
Coord C1 exon
chr2:141013556-141013745
Coord A exon
chr2:141005458-141013555
Coord C2 exon
chr2:141005335-141005457
Length
8098 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTA
5' ss Score
7.04
3' ss Seq
TTGCTTTCTTCCTCTTGCAGGTG
3' ss Score
13.72
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTTTACAGTGGGAGAGAGTTGAACCACCCTTTCGGACTGTCGCATCATGGAAATTATGTGTTCTGGACTGATTATATGAATGGTTCCATTTTTCAACTAGATTTGATAACAAGTGAGGTGACATTGCTGAGGCATGAAAGACCACCCCTATTTGGGCTTCAGATTTATGATCCACGAAAGCAACAAG
Seq A exon
GTATTAAAAAACAAATTAAAATGCTTCTGAGATTCACATATAATAATACTTCACAGAAGTTATAAAAGATTTATCTTGACAGTGTTGCTAAAGTTTTATGATAAAAGATGTCAAATTCCCTCCAAAGTCAATCAAATCAGATTTTGTTATCATAGAAATTTACTTTTTGTTGTTCTAAATATCCTGAGTGATTATCCCTGGGAATTCCATATGAGTGAGGTTTAAGGTTTTCTCCAAGTATTTCCTTCTCTTCATGTGATTTTCATTGAAGAAGGCTATTAGTTATTTAAAGAAAAACAATTCTCTTAATGTTTTCAAAGCGTAAGTATTGTTAAATGTTAGAACTTCCTTAGTTTGAAAAGAAAACTACTGAAAATTGAAGATGCATTATACAAGAAAAATGTTATTTTTTAAAAGTATCTTAGTAAGTTTATAATTAGTTTCAATGTATATTTAAGGAACATGTAATTATTTTAGATGACACAAAAGTAAAACCGTCTATAACAATATTCATGTCTTCTTAAAATCAGATAATATTATTTTATGTTTTACTTGCATAAGTTATTAATACTCATTAGGACATCTACACATAGCATTACTCAGAATTTAGGTATTGAATGAAGAAAACAGTTTAGTAAATTATGTGGTAGGTTTTTTATGAGTCTAAATAGTCATTGTTCCTTTTTTTAATAGACATATCATTGTAAAAATTTAATGAGTATGTAGTTCAATACATTTAAGATGAATAAATTATATTATGAATTTCCTAACACGTATGCTATCGATTGGAAATTATCTAGCAACAGAGTTTTTGAAGATATTTCAGCTAAAACAACGATCCTAAAGCAAACTATCTCATTCAAAAGCTTCAGTTTTTTCCCACTATATTAAAATTGCTTCAATGGAATACAAATGTAATTTTATAAAATAATGGAAATGTGTACATGAGAAATATCAATAGCTGATAAAAGATAAAATTATCTTTTAGAAGAATAAAACTTAAATTATTTGGATGGCACAAGCCATAGCTATGGACAAGAAATGAGGAATAGAGATAATTGCCTGGATAGATTAAAAGGTAATATTTTATTATATTCATATAAACCCTGCACCCCTACCACACTACCATAGTTTGCCTATACTGAGCAAGAGCCCAGGCTATGAATAGAAACAGTCCTTTTCATATTCTGAAAGATCTGCTTTTCAGGATTGTAGTTCTCTCTAACTTCACAATCCAATCAATATACGATCACATTTTCCATTTCCCTTCTCTTTAGAATTGTTCCTCTTGAATGTTATTGCTGAATTTCTGTTGCCAAAGTCCATAACATTTTTACCATCTTCAGAGTTTTTAAGCTTCCAGTTGCTTTAGTGAGTTGTTTAACTAAATGCAACGTGTGTAGTGAAAAATGCCCCGGGCTTAGATCTGGGTCCTGACATCTCCTTTTAAAACTTTGGACTCATCATGAAAGATTTAAAAAAATAAGAAATACTTTCCTCATAACATTTCCATGATGGTTAAATAGCTATGTGTTATTTAAAAGCAGAACTTACATAGCACTGTGCCTGACAAACAAATTATGGTAGGTAACTTACCCCTACAATTTCTCTAATAGGAGGTATTTGTTTTTAAGGTTACCCTACATATAGGCATTTTAAATAAATATTCGATGGAATAATGTATCATAATAATATACAATGAAGTACATAACTCTGATAGAGAATATTTTTGGTGTTCTGAAAGGTGCCATTGATGTATAATAGTGCAATGTTATTCCTTAGATGGACAATGATCTTTTAAAAGTGCTTTTCCCCATTTTAATTGAAGGGACATTAAAATAAAAACTGAGCTCTGATTACTAAATTCTTTTTCAACTTTTATTGTAGAAACCATAATGTTTTGTTTACTGAGTGAATGTATTGAGAATAACTGATTGATAATTTTTATTAACTTAGGTGAATTAATAAATTGATTTGTGTTTTCTACCACTTCTTCATGTAGCTAAGAATTACCTAGTACTTAACTATATGTTTGATCAAGCAATACAATATAGAAATTAAATTCCTGGTTAATACCATTTTTTCTCAGTCAAGAGACATTGATATTAGATAATCTAATTGAGTTCTAAATTTTTAGTATCTTTTACTACATTGATCAAAGCAGCTGAATTGTAAAGCAAAATGCATTCCGATGTTCAGTTGTGAGCAGTTTGTCTTAATTATTATAATTTTCTCTCAATGGTGTTACTCTTTGCATCTTTTGAATCTCAGACATTAATACATATTTGAAAGTAGATGATCTGTGTCCTATAAATGGTTTCATATTGTCCTGTTAGACTGTTTTTTTTTTTCCCTATGGATAAAATATAGCAATTGAAGAGAAAATCAAATCTCTAAGTAGTACATATCTCCTTTGCCTAATGGAATAAAATAAACTAATCTTATATAACCATACAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAGAGAATACAAATTATATGATGTTATTTATATATATATAAAAACTATATTTATTTATATTTTTTATACATATGGATAGATAGTATTAATACACACACACACACACACACACACACACACCATCTGACAAGACCACCATGAAAAATATTCAGGAATGCTAATAATGTAATTTATAAATATTTTAGACTCAGTGTCAGAAAATTAGTCAACTAATCAGATCTCCCCTTACTCCTCATATTAGAAGAGACTTGTCAATAGCCAGGCACAGAGGCTAATGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGCAGGCTGAGGTGGGTGGGTTACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAGTATGGTGAAACCCCTGTCACTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGGCAGGAGACTGTAATCCTAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTAAACTTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGAATGTTCCACTGCACTCCAGCCTGAGTTACAGAGCAAAACTCTGTCTAAAAAAAAAAGAGACTTGTCAAATTACTTGGAATATACCAGTGAATTTCAGGAAGGTAGATATAAATAGATAACATATTAAACAGAAAGCTACCTCTAGGAAAGAATTCTTAAGTAATTCTTGGGGATTTAGTGTAAAGATATTTTTCTCATATATTACTGTGATTTCTTTTGGTAAAATGTATAAGCTTTCCTTTTTCATTAACATTAGATATCTAGAACAAGTTTTAAAGCTTTTTTCTTCTCCTCCTCATATAAAGAGCAGCAATTGTGTAAAATAACAGACTTTCCTTTTTATTTTCTAGGTTCAAAAGCACACTTTGATTTTTTGCACATTTTGGGGAATGAGATAATCAAAACTAAGTAATATTTTAATAAGGGTTGATTAAATGTATCCTATTATTTTATGACAAATAGAAGACATTTATTAACTAAGAACTAGCTGTAATTGTTAAAACTACAGGGAAGTGGACTAAGCATTGTTATTTAATTTTCACAACATATATTTAAAATAGGTACTATTGATTTATATTTTACATATGAGAAAGCCAAGGATCAGACAGACATAGCCATTGGCCCTCAAGAAACACAGTAAGCCAGGGATAAAACTAAGATTCAGATTCAGATCTGTTTGACCAGAAAGTATTTTTCTATGTTTAATTTGTGTGGCCAATTTAATTTCTCAAAATTTTATATCTACTATACTTTTAGATAGAAGAAAAAGAATGTGAATCTTTTTTGGTCATTGTAATTTTATCACTGATAAATTTTGCATTCAAATATATATTTTTAATATAAAGTTCCCCTTGACTACTTTTATAGAATCCAGGATTTAGAGATTTTAGATTACACAGGACTAGTATAACAGACATAGCAGTTTTTATTTAATGTATGACATATTTATTAATCACATTATTTTATAGGTTTAATAAGCTTTAGGTTTGGTGGTAGGACCATCATAACTACATTTTTCTTTCTTTTTATATTTCCCATTTTTGAGATAATCACCAAACCTCCCCGCCAAAACAAAGGAGTATCTTAATATAGTTACACACACACACTTACATAAGTGGCTTCAAAGCATGTCAAATATAAACACAGTCTTCAAGGAGCATCTGATTCTGAAAGAGAAAAAAAGTAAGAAGCATTTTATCCTTTCTTCAGATTGACTGACATCGTTCAAAGTCAATTCTTCTGAAATTATGCTAGATTAAATGCATAATTCATCTGGCCTCAGGATCTCACTCTCTCAGCCTTTATCTAACTTTTGGAATAAATGGGGTATCTGCTGCCTCTTCTAAACTACAAGCTCGAGTATCTCTATGTTAGTTAGAAAAAAAAAAAAGAGAATCCCCATAGTTTCACATATTTTATATTAACTGCAGAGAATTCTCACTTTGCCTGTGATAAGACACTGAGAAGTCAAGAGTCCAGGACACATATAGAAAAGGAGGTTTCTTTGTTCCACCATTTTGAAGAAAATTCAGATTAAGGAAAGACTGAAACAATGGAATTCTTTTGCGCTGATTTCTGTATTCTCTCATTTGCTCAAAAAAAGATACTTTATTAACAAAAGTTAAACTGCTAAGGTCTAAAAACATTGAGATGTTAATATAGGCTTGTGAAATGTTTTCACATATTATTTGTGTCTTTACTCCCATTCTTTGGAAGTTGTATCTATCCACAAACTTGTACCTGTGCCTGCACTCCAAATGATTGTTCTTGTCATTCAAACTGCTAACTAAAAGTTGCATTCACCACTTACTTATTTAACTAATATTTATCAAACACACTCTATGCTGGGCACTATTTGCAAGGTGTAGAATATAATTTTGCTTCTGGAAGATACAAGATTGGGAAAAAGAAAGACAAAGTTTTTGATGAAGCCAGAAGGCCTTCTTCAACTAGATAATGAAAGCTATTCTTCATTTGCTTTCCTTACATATTTGATTTTTAAAAACTATCTGCTTCCTGAAAGT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Seq C2 exon
GTGACAATATGTGCCGAGTAAATAATGGGGGCTGTAGTACACTTTGCTTGGCTATCCCAGGAGGCCGGGTGTGTGCTTGTGCCGATAATCAACTTTTGGATGAAAATGGGACAACTTGCACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168702:ENST00000389484:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(34.2=20.3)
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=85.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development