HsaINT0096336 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168702 | LRP1B
Description
LDL receptor related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr2:141229183-141247354:-
Coord C1 exon
chr2:141247226-141247354
Coord A exon
chr2:141229441-141247225
Coord C2 exon
chr2:141229183-141229440
Length
17785 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
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Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168702:ENST00000389484:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126622=cEGF=PD(12.5=6.8),PF146701=FXa_inhibition=WD(100=79.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development