HsaINT0098701 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000177239 | MAN1B1
Description
mannosidase, alpha, class 1B, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:6823]
Coordinates
chr9:139995936-140000767:+
Coord C1 exon
chr9:139995936-139996124
Coord A exon
chr9:139996125-140000576
Coord C2 exon
chr9:140000577-140000767
Length
4452 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CATCCCCCTTTCTGCCGCAGGAG
3' ss Score
10.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGATTTTGGAAATCGGCTAATGCCTGCCTTCAGAACACCATCCAAGATTCCTTACTCGGATGTGAACATCGGTACTGGAGTTGCCCACCCGCCACGGTGGACCTCCGACAGCACTGTGGCCGAGGTGACCAGCATTCAGCTGGAGTTCCGGGAGCTCTCCCGTCTCACAGGGGATAAGAAGTTTCAG
Seq A exon
GTAAGGGGGCAGGCTTTCTGGCTGGATGCGCCTCCCCTGGAGCTACCTTTTGCTCATCACAGCAGGTACTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCATGTGTGTTTTCAGGTTTTTTACTGTGATAAAACACACAAAACGCACCACCTTAACCATTTCCAGGCGTGGTCGGTGGTGTTACATTCACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTTGGGCTGTTGCAGGCGTACAGGTCAGTGGTGTTACACACATGCTGTTGCAGGAGTACAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTTGGTGCTGTTACACACATGCTGTTGCAGGAGTACAGGTCGGTGGTGTTACATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGCTGTTACACACATTCCTGCTGTTGCAGGAGTACAGGTCGGTGGTGTTACACGTGCTGTTGCAGGTGTGCAGGTCGGTGGTGGTACACACATTCATGCTGTTGCAGGAGTATAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACATTCACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACGCTGTTGCAGACGTGCAGGTCAGTGCTGTTACACACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTTGGTGGTGTTACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCATTCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCAGTGTTACACACATTCACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACGCTGTTGCAGATGTGCAGGTCGGTGCTGTTACATTCACGCTGTTGCAAGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACGCTGTTGCTGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACACTGTTGCAGACATGCAGGTCGGTGCTGTTACACACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACACTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCAGTGGTGTTACACACATTCACGCTGTTGCAGGCATGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACGCTTTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTCTTACATTCATACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTTGGTGTTACACACATTCACACTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTACACACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCATGGTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGTTACACACATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACATTTTCACGCTGTTGCAGACGTGCAGGTCAGTGGTGTTACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACGCTGGTGCAGGCATGCAGGTCGGTGGTGTTACACACAACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCAGTGGTACACACATTCACGCTATTGCAGGCGTGCAGGCCGGTGGTGTTACATTCACGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTTGGTGTTACACACATTCACACTTGCAGGCGTGCGGGTCGGTGGTGTTACACACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGTTACACACATTCACACTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACACTGTTGCAGGCGTGCAGGTCCGTGGTGTTACACACATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACACTGTTGCAGGTGTGCAGGTTGGTGTTACACACATTCACACTGTTGCAGGCTTGCAGGTCGGTGGTGTTACACACATTCACACTTGCAGGCGTGCAGGTCAGTGGTGTTACACACATTCATGCTGTTGCAGGCATGCAGGTCGGTAGTGTTACACATTCATGCTGTTGCAGGCGTGCAGGTCGGTGGTGTTGCACATTCATGCTGTTGCAGGCATGCAGGTCGGTGGTGTTACATTCACGCTGTTGCAGGAGTACAGGTCAGTGGTGTTACACACATTCATGCTGTTGTGCAGCTATCACTTCCATCTCCAGAGCCCTTTTCATCTTAAAACTGAAGCTCTCCCATCACACAGTGACCCTTCATGTCCCTCCCCAGTCCCTGAAAAACACTGTTCAGGTTTTTCTTCCTGGACCTCATTGTGTGGAGTTCCTCGTGTGAGTGCAGTCACACACGATTTGTCCTTTTTTTGTTTTCGTTTGTTGAGACAGAGTCTCATTCTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTGTTTTTATTAGAGACAGGGTTTCACCAAGTTGGCCAGACTGGTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTGGGCCTCCCACAGTGCTGGGATGACAGGCGTGAGCTACCACACCCGGCTGATTTATCCTTTTATTTGGGCTCCTTTCACTCAGCGTCTTTAAGCTTCATACGCGAAAGATGCTTCAGAGATTCCTTTTTCAGGCTGAATATCTGCTGCGTGGCTAGGCCACTTTTTGTTTAATCCTCTCTCCTCTGGTGGACACCAGGACTGTGCTGTTTTGGTTGCTGTAAGCGCGGGTGCACACGCCTGCCTGAGGCTGTGTTTTGGCCGTTGTGAGTGTGGGTGCACACACCTGCCTGAGGCTCTGCTTTGTTGTGAGTGCGGGTGCACACACCTGCCTGAGGCTGTGTTTTGGGTGTTGTGAGTGTGGGTGCACACACCTGCCTGAGGCTGTGTTTTGGGTGTTGTGAGTGTGGGTGCACACACCTGCCTGAGGCTGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACCACACCCACCACCACACCCCGTTATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGATGGTCTGGAACTGACCTCAGGTGATCCACCCACTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTCTTTTTACTTTGTTAATGGTGTATTTTGATAGATAACAGATTGTCATTTTCATGAAGCACAGCTGGTCAGTTTATTGTTGCTCATGTATTTGGCCTCATGTTCGAGTCCCTGTTTTTAATCATGAGCTGGACACAGCCCTCTTTAGAGCAACTGTGACCACTTGTGGTGAGAAGTGCAGCCCACACCATCCACGTGAGGCTCCCACACGCCATCCACGTGAGGCTCCCATGCAGACATTTAGAAGGCGTTTTCACTGCAGCTCAGAAAATGGCCCCAGGCCCCCATGGGCACCCCCATGTCACCAGGGCCTCTGGTTGCTGCCGGTACACAGGGATAGGCAGCCAGGCCTCGAAGGTGCTGGGCATGGGTTTGGGTGTCTGCGTTGGGTAGAGACCCGGAGCGCCCTTGCTGGGCGTGCCCTAACATCCCGGTACCCTGTGCCCCTCTGTGGGCCAGGACGCCTGGTGCTGCCAGCTGGGCGTAAGCCCTGAGGAGCTGAGGGTGGCTGTGACTTGGAGGATGAGTAGGAGCTCACCAGGAGGGCGTGGAGCCGAGGCGTTTAATATCATCAGGAGCAACACTGGGCTCAGAAGGCAGGCACACTTGCCGTCCCTCCAGAGCCATGGCTGACGGCCAGGCCTGGTGGGCTCTCGTGAGGACAGTGCCTGTGGTTGTCAGATGCTGTCCCTTCGAGTAAGGGATGAGAGCCATCCTGAAGATGGGTCAGCTCTGTGGTGACCACCCGTTGGGAGCAGTGACATTCAGGTGCGTTGCACTGGTGGCTGTGTGGCTGTGTGGTACGGCCACCAGGAGCCATGTGGGCAAGGACAGCTGTGGGCTGGGCACAGAGCTCTCTCTGCTGGGAGTCAGTCGGTGCTGGGGCGAGGGGAGGCAGAGCTCACAGAGCCCCTCTACAGCTCACCCTGCAGCTCGGCCCTGGCCAGTAAACCCACCATCCCCCTTTCTGCCGCAG
Seq C2 exon
GAGGCAGTGGAGAAGGTGACACAGCACATCCACGGCCTGTCTGGGAAGAAGGATGGGCTGGTGCCCATGTTCATCAATACCCACAGTGGCCTCTTCACCCACCTGGGCGTATTCACGCTGGGCGCCAGGGCCGACAGCTACTATGAGTACCTGCTGAAGCAGTGGATCCAGGGCGGGAAGCAGGAGACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000177239-MAN1B1:NM_016219:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0153215=Glyco_hydro_47=FE(14.1=100)
A:
NA
C2:
PF0153215=Glyco_hydro_47=FE(14.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)