HsaINT0103667 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000078403 | MLLT10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:16063]
Coordinates
chr10:21962279-21970305:+
Coord C1 exon
chr10:21962279-21962848
Coord A exon
chr10:21962849-21970260
Coord C2 exon
chr10:21970261-21970305
Length
7412 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TTTTTCCTTCCTCTCAACAGAAA
3' ss Score
11.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGTTTTTCAGGAACTCCAGGCAGTGTAAAGTCATCTTCTGGAAGTTCAGTGCAGTCTCCCCAGGATTTCCTGAGCTTTACAGACTCAGATCTGCGTAATGACAGTTACTCTCACTCCCAACAGTCATCAGCAACCAAAGATGTACATAAAGGAGAGTCTGGAAGCCAGGAAGGGGGGGTAAATAGTTTTAGTACCTTAATTGGCCTCCCTTCAACCTCAGCTGTTACTTCACAGCCTAAAAGCTTTGAAAATTCACCTGGAGATTTGGGTAATTCCAGCCTTCCTACAGCAGGATATAAGCGGGCTCAAACTTCTGGCATAGAAGAAGAAACTGTAAAGGAAAAGAAAAGGAAAGGAAATAAACAAAGTAAGCATGGGCCTGGCAGACCCAAAGGAAACAAAAATCAAGAGAATGTTTCTCATCTCTCAGTTTCTTCTGCTTCACCAACATCATCTGTAGCATCAGCTGCAGGAAGCATAACAAGCTCTAGTCTGCAGAAATCTCCTACATTGCTCAGGAATGGAAGTTTACAGAGCCTCAGTGTTGGCTCATCTCCAGTTGGTTCAG
Seq A exon
GTAGGGGTTTGCCTATTATTATTTTTCTCCTTCACTCCCACCACCTCCCTTCTTCTGTCCCAAAACGTTTTCAACTGTTGTTACGATAATACTTGAAATTAATAAATGACATTTAATTAAAGTGAAATTTCTCAGTTTTTAAATTTTCTAATGGAAAATACAAAAATATCTTAAAGTCTTAGATGATTTGGTGTTTGGGAAAGATGTTCGGCACTAATTTGATTTTACTTAATTAAATGTAGGCTAAACAATCTATTGGTCATTCATTACTTACAAAACACTTAGAATTTATTTCCTATTTTTGTTTCACCTGCACAGTATTTTTTTTTTAATGCAGAATTTATATTTAGGGTGTGAGAGTTTTTACCCTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTGAGCTCCCTTTCTCTAAACTTCAATTTTAGTAATCATTTTCTAAACGACTCCTCACACAGATACTACTTGAATTACCCTATCCTGAGACATTTTTATATCAGTGATAAATGATTTTAATTTATGGAATCCAGCAGTCACATTTTATTTCAGGAGATATCTGAAATGATTTAATTGTGTTTTCAAATATACTTCATGATTTTACCATTCTTTTTATTATAAGACAAGTGAGTTGATATACATTGTTATTCACACTATTGGGATGTTTCTGTAACTTGCAATTTGTATTATGAATGTTATTTTCAGTTTTTAAAAATTTCTTCAAAATGCAATGCATGTTTTTAGACAGACCCTTAACAGTTGATGTTAACTGAAATGTCAGCATTTATCTTTTAAATTTCATCTTGAATTTAAGATAAATGGTTTTCAATAAATGTTGAAACCTTTCTTCTAGTTTTAGATTTCTGATTGTTGAAATAACAAGAATTTAGGTAAGATAAATTATTATGGATTGTATTTGTTCTATTAGTTGGTGGCAAGGGTAGGTAGGAAATGGTATGGAAAAATGATACAATTTAATGAAGAATGTTCATGTTTATTTTATAAATACAAAATTTTAGATTGTTTTAATAGTTGTGAATACACAGTAGTAACTTCAATAAACAAACAAATAAATAAACAAATAAGAAAGACCAGTCCAAGAGAGAGAATATCATATGTAAAGGTCAGATGTGAGAAATAGTAACAATAACTGTGATTTGTTATGTGCCAGTTCTGTTAATATTTATTTTCTCATTTAACAACAGTTATGAGATGTCCTCATTTTACAGCTGGTAACACTGAGGCTTTGAAAGGTGAAATAAGATACCCAAGATCACATAGCCAGGAGTTTCTTTGTATTCAGAAATGAGTGGAATCTCTAGATGCATTAAGGATGGTTCTAGAGCAGGATTTATCAATCTTAGCGTTATTGACAATTTGGATGGGACAAGTCTTCATGTGTTACCCTGTGTATTGCAGGATATTTACCAGAATCCCCAGTCCCTGCCCCCTACAGGCCAAGAGCATCATCACACTCTCCCTTCCTACAGTGGGAATAAAAAATGTCTCCAAACATTGTTTAATGTGTTAAATGTGTCCAGAGGACTAAAACTACCTCTGGTTGAGGCTCACTATTTTAGAGGGGGAAAATACATGTAAATTGTAGTGAGAAAGAAGTTCATAGAAAAGGTTTAAATACATTGCATATTTGAATGTATGCTTTTATTTATATGTTTCCTTTGAAACTAGAAGGGCTTAGCAGTAAGCCCCCTTGTCACAAAAAGTACCTTTAGACAAATTTAGTCAAAAAATTGAATTTCTCTTCATTTTTAGCAAGAGGCGTAGTAATCAATCACATGAGTACCTTACTGAGAAAATAAAGCCTAGATTTGCTTTTGTGGGGAGACCTCTTTACTGATTTTCTGTAGTTTTGAAGCATAGTCTGGGAATTCCTGAATTTCAGAAATTACATTGGAATGCTTATTTGAAACACATCTTCAAATTAATAAAATTAAGATATTGATTTACATCCCTGAAAATATTTTCCTATCTGTTACAGATTTGGGGAGATGTTAGGTGTGAGGAATAGTGTTCCTCATAGGATGGTTGCTTTCAGAGGGCAGTGTTTGTGGTACTCCTGTGGCAGAAAAAAAGAATTCGTTTCTCTTACCTTACCATTAGGTAAACATAGTAATTTAGGGGGAAATTCTTGTAAGTATTAGTTCACAAAAATAAATGACCTAAGAAATTTATCTGCCAATAAATTTTTAAAACGTTGTGTTTAAAAATTACTCTGGGGCGGCCGCACACAGTGGCTCATGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATGGAGACCACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAGTAGCCCGGCATGGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCTAGCTACTCGGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGAGAGGCAGAGCTCGCAGTGAGCAGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAATTACTCTGGGGCTGGGCATGGTGACTTACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTCACCTGAGGTCAAGAGATCTAGACCGTCCTGGCCAACATGGTGAAACCCGGTCTCTACTAAAAATAGAAAAATTAGCTAGACGTGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTAAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACTCTGAAGATATTTTATGTCTTGTTAAAGCTATAATCATGGAATAAGATTATTGAAAACTCTTTGAGATATATTCTTTAGTTTTATGTATGTTAATAAACATTTTAGGACTTAGTGCAGAACATTTATTGACAATAGTAAAAAGCGTATCCTTATCTAGAAGAGGCTTGGCTTCATGTGCTGCTTTAATCATAGTAAGTTAAGAATTGCTAACTGCTGATGAACACTTAGTATGTGCCACACACTGTGTTAAGCAGTTAATAAGCATTAAGTGTTATTACTCATTATATAGGACAAGAAACTGAGACAGAATTCTCTTAGGTTTTAAGTGATGGAGATATGCATTTTCCCTGGGTCCAGAGCCATTTAATTAGACAGCTCAACAGATGTTTGCTGATGAGGGTCTAACACCACACTAGTGTAATGTCAGTCATACTTTAAGCAAAGAGATCCCTGAACAAATTTGAACCAATAATTTAACTTTCAGCAATAGTGTTTCTTATTGGTATGAAAAGTTAATTTTTCCTTTGGACTAATTTGAAATTGAGAAATCATTTAGTAATTGTGACAACAAGAAGCTTCCCCCCATATAATAAATAAGTAGGAAGGAGAAAATGTATACAGTCATCCTTTGGCATCCATGGGGACTTGGTTCCAGGACCTCCTGCAAATAAATACCCAAGTCCAAGATGCTCAAGTTCCTGTTATAAAACGTCATAGTATTTTCATATAACCTATGCACATCTTCCTGTGTACTTAAATCATTCTTTTCTAGATTTCTTATAATACCTAGTATCATGTAAATGCTATGCAAATAGTTGTTATACTATATTGCTTAGGGAATCATGACAGGAAAAAAAGTCTGTACACATTCAGTACAGACTCAATTTTTTCCTCCAAATATTTTCTATACAAGGGTGTTGAATCCCCAGATGTGGAATCCCACAGACACAGAAGACAACTGTATTATGTATTACATCATCACAAGTTGTTTTTCATGATGCTGTTTTTAAAAGATTGACTTTCTTGAATGACAGGTCGATAATTTAGTAATGTCGAAGATGACCTTTGTAAGCACCTGTTGTTTAAACTATAACATTCACTATAATACTAACTCCTGAGGCTAGGGGCTGTTTCTGACATACACCACTGTATCCCCACTGCCAGCACAGTGCTTTGGACATAGTAAACGTTAAACATTATTTTAAGAAATGAATGAATACCATTAGTTGTCTCGTGAGTGTATGTCATGTGGTTAGAAGTATGCTGTATGATTTTGTACTTCCCCTCTGAGTGTTTATAGCTAAGCTGTAAGACATATTACTTTATTTGTAAAGCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTGAGCTGGAGTCTTGCTCTATTGACCAGGCTAGAGTGTAGTGGCCTGATCTCAGCTCACTGCCACCTCTGCCTCCCGAGTTAAAGCAGTTCCCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCGCGCCACCACACTCAGCTAATTTTTGTATTTTTAATAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGACAGTCTCCATCTCTTGACCTCATGATCCACCTGCCTCAGCCTCGCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGGGCCCAGCTATTTTTAAAGCTTTTCATGTAGTATTTATTTTGCCAGTTTATGATGAAAAGTATTATTAAGTTGGAAAAGATCATGGAGAGGTTGAATTGTACTTTGAAGTAGGCAGAAGACGAAGGCCAATATTACCTGAAAAGAAAGTAAAGGTCTGTTTGAGGGAAAAGCCTAATAAGAACAGGAAGCTTGTATTTGTGGCACTGTGAAGGTGATGTTTATAGGGTAGGATGGGTTCATTGAGAGATTAATGCCAGACTGAAGAAATCAAACTGATAGGCTAATGATCTTTTTCTTAAAATAACTATTCTGGCTAGTTACCATTATGAAAGAATTTCATTAATGGAAAAGAAAAAAAATGCTATCTCATTCAGCTTGGCAATGCTAATATAATCTCTTATTTGAGTACGTTTAAGTTTCTTAGGAACTCTTTAGTTACTCTCTCATTTGATCCTTGGAACAGCCTTGTGAAATAGGACAGCTCCTCTTGATGTTGTTATTTCTCCTTTACAACTAGGATGTAAA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Seq C2 exon
AAATTTCCATGCAGTATCGGCATGATGGAGCTTGCCCAACAACTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078403-MLLT10:NM_004641:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.983 A=NA C2=0.723
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)