HsaINT0106313 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000003987 | MTMR7
Description
myotubularin related protein 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7454]
Coordinates
chr8:17313292-17331282:-
Coord C1 exon
chr8:17331150-17331282
Coord A exon
chr8:17313402-17331149
Coord C2 exon
chr8:17313292-17313401
Length
17748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAC
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Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000003987:ENST00000180173:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=FE(12.8=100)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(10.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development