HsaINT0107639 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144821 | MYH15
Description
myosin heavy chain 15 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:31073]
Coordinates
chr3:108444640-108454142:-
Coord C1 exon
chr3:108454006-108454142
Coord A exon
chr3:108444896-108454005
Coord C2 exon
chr3:108444640-108444895
Length
9110 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTA
5' ss Score
7.04
3' ss Seq
TTTTTTCTTTCTTGATTTAGGGA
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTTTTTAAAGCTGGGTTTCTGGGCCAACTGGAAGCAATAAGAGATGAGAGACTATCTAAAGTCTTCACATTGTTCCAAGCCAGAGCACAGGGCAAACTGATGCGAATCAAATTCCAGAAGATTCTGGAAGAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGATGCACTTATTTTGATCCAATGGAACATAAGAGCTTTCATGGCTGTGAAGAACTGGCCCTGGATGAGGCTCTTCTTCAAGATCAAGCCTCTTGTTAAATCTTCAGAAGTAGGAGAAGAAGTAGCTGGACTGAAGGAAGAGTGTGCACAATTACAGAAAGCCTTGGAGAAATCAGAGTTTCAGAGGGAGGAACTGAAAGCAAAGCAAGTATCCCTCACTCAGGAAAAAAATGACCTGATTCTTCAGCTTCAGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144821:ENST00000273353:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=PD(0.4=6.5)
A:
NA
C2:
PF0157614=Myosin_tail_1=PU(22.7=60.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development