HsaINT0108156 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000145555 | MYO10
Description
myosin X [Source:HGNC Symbol;Acc:7593]
Coordinates
chr5:16877718-16936385:-
Coord C1 exon
chr5:16935897-16936385
Coord A exon
chr5:16877817-16935896
Coord C2 exon
chr5:16877718-16877816
Length
58080 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CTTGTTTGTTTTGTTTACAGGGA
3' ss Score
9.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAACACGGGTCTGGCTGAGAGAAAATGGCCAGCATTTTCCAAGTACTGTAAATTCCTGTGCAGAAGGCATCGTCGTCTTCCGGACAGACTATGGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145555-MYO10:NM_012334:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)