RnoINT0096739 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010161 | Myo10
Description
myosin X [Source:RGD Symbol;Acc:1307193]
Coordinates
chr2:77868432-77926263:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
57275 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GGAGCACGGGTCTGGCTCAGAGAAAATGGCCAGCATTTTCCAAGTACTGTAAATTCCTGTGCAGAAGGCGTCGTGGTCTTCCAGACAGACTATGGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010161:ENSRNOT00000014022:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]