GgaINT1018600 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012954 | MYO10
Description
myosin X [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7593]
Coordinates
chr2:75483065-75511877:+
Coord C1 exon
chr2:75483065-75483139
Coord A exon
chr2:75483140-75511778
Coord C2 exon
chr2:75511779-75511877
Length
28639 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TTTGTTTTGTTCTATTTTAGGGG
3' ss Score
11.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]