HsaINT0112261 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000078114 | NEBL
Description
nebulette [Source:HGNC Symbol;Acc:16932]
Coordinates
chr10:21178774-21185958:-
Coord C1 exon
chr10:21185887-21185958
Coord A exon
chr10:21178879-21185886
Coord C2 exon
chr10:21178774-21178878
Length
7008 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TAAATCATTCTCTTTTTTAGATC
3' ss Score
10.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTCTATAAGCCTGTTATTGAAGACTTAAGCATGGAATTGGCCAGAAAATGCACGGAACTCATTAGCGAT
Seq A exon
GTAAGTGGCTGGAGTAATTTTTGTCTTATTTTGCATTGCACCTGTGGTATTATTATGTTATAGAGTCATAGAGCTGTGGGGGAAACCCTGAAATCACCTTTTAAAACACAGTCACTTTCCAGATCATGGAACAAAGTCCTGAAATTTTCAGTGATTTCCCCAAGGTCACCTATACAGAGAATTTCTGCTAGAGCAAGTCTCCTCATTCTTAATCCAGAATCCTGTCCCTTATGAGTTTTGCTGTCACGCTGGCATGAAATCATAAGGCATTGAATTGCAGTATTTATTCCATTTGAGAACCCCCAAAGATTTTAAAATGAATATAATGATGTAATTTGTCTTGGGAGGCCCTCTATCTAAATGAATAGTCATTTTTTTAACATTTTGGGGCCTTCTGAACAATCTAATGAATGGACTTGTCTTCCAGAACAGGAAAATGCATATATATATATATATATATATATATATATATATGCATATAATATTTATTTACAATTCAGGATTTGTTGATTACTGACCTGCTTGCTAAGAACCCTGATATTAGTGCAAGGATATTAGTGCAAGGGGTATTTTTGTTGTGACATTTTTTAGTAACTGGGATTGGTTGATATTACACTTTAAGGGAATCCCAGAATTATTGAATGATTGAACATATAATTTTATGTTAAATATGTAAGCTAGAATTCAAGAAGTACAAGGAAAAATGTTGCTCACCAGGGATGAGAATTTAGATGATCCTCATTAGCGGTTCTAAGAGGATTGCTGGTCCAGAGAAAGGGTAACTCCTGTAAAGTGAATATGTGCCTGTGTCTTCATTTAGAGAGATGAGCACAATACTGGTTGTTTCTGTTGTTGATAATAAGCAAAATGATCAGAATGTTTTGCACGTTTGTTTTCTAACGGAAGTCAGTCCTGGGCAGGAGGGTAGTGGTCTGGCACATCCTCCAAAGTCAACCTGCCTGGGTTGACTCCCCAGTAACCTTGGGAAGGTTATGGAACCTGGCTTGGCTCCATCCCTCAGCTGTAACATTTATAATAAGATTAAATAATGGTAATGCATATAAATGCTGAATAAACTATCTGGAACATTGTGAGTACTCCATAAATGTTAGCTGTTATTAACTACTCTGTCTGTTACTTCCTTTTACATCCATCCAATCACAATTTAGATATGACTGGCTCTTTCTGACAAACCAGAAGGCAAGCACAAAGGATGCTGGTGGAAATCATACCCTTTCCCATATACTTGACATGTGATGTAATTACCCTTTAAATTAAGTATTTCTTTGTGCTATTACTTAATAGTCATTAGCTATTGTATGTGAAAGTTCTCTGTAAATTGCAGTAATAATAAGTGACAATGACAACAACAACAACAATAACACTATTGGCAACAGTTAAGATTTAGTGACTATTGTGTGCCAGGGATTGCAGCTTGCGAGGTAGGCGCTAGGCTTTTTCTCATTTCTGAAGCGAGGAGATAGAGGCACAGAGAGGTTCAGTACCTTGCCTGGGTCACACAGTTAAGCAGAGGCAGTAATAGTTGAACACAGAGGCCTCCCTCTTTACACTGCCAAGTTATCTCTCCCTGTAGATTTCCATGAAATGTTGTTCTTCGCCTTATTATTATTATGTTACTATTATTAGTAGTAATGCTACCAACTAAAACCCTGAGTTCCTAACCTCTTCCAGCTTTGATATATTTTTATTGAAGTGCAATTATAGCTGAGCTAACTTGTGTTACATAAACCATCAGGACTAAAGTGGTAACTGTAGTTAGTAGGTGATTTGGTTGGAGTTGTTTTGGATAAGATTGTCTATCAGTGACTTTAAAACCAACATGTTGTGAGGGGTGGTGGCCTTTATCATTATGCAAAAGCTAAATCCATACATTTCACACCCACGTAGGTAAAATGAAACAGATAGGCATACTTTCTGTTTATTACAGATTTTTGTGGCATGGTAGAATGTACTACTTAAATTTAGGACATGATTATTCTGCCTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGACAGAGTCTCGCTCTATCACCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCACCCGAGTAGCCGGGACCACAGGCGCCTGCCACTAAGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGTTAGGATGGACTCGATCTCCAGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCCTATTCTGGCTTAATTTATATCTGTATACACATTCACATTTTGCTTCCGAATAGAATTCTATACTTGCTAAGATACTTATTTAATTTTTAGATTTTTTTCCTTTTTCTCTTCTTTTCTTTCTTCCTTTTTTTCCTTCCTTCCTTCTTCTTTTTTATTTTTCTGGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTTCTGTCATGTGACTGCAGCTCACTGCAGTCTCAATTTCCTGGGCTCAAGTGATTCTCCAGCCTTAGCCTTCCAAGTGGCTAGGACTACAGGTGTGTGCTACCATGCCTGGCTAATTTTCATTTTCTTTTTCGTAGAGATGGAGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAGCTCTTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCATCGTTCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGGGCTGGCCCTGCTTCGTTTCTGTAGATGAGAGGGATGGTTTCATGGACTTCTCTTCATGGTGCAGCCTAATTGTTACTCTTTGGACTTCTTCCAGCTTTCATATATCCTTAATAACCAATATGTAATAATCAGAACTGTGCAGAGTGGTACAGATGTGGACGGTCTAGATCACGTGTAGAGCAGGATGATGTTTTGCTTAGCTTCTAGCACCCTTTATGATGCTATGAAGAGTTTCTTAGACTTGGGAGCTGCAGAAAGCTGTTAGATCAGCTTGATAATCTGTAGACCATCAGAGCCATTTCATTCCTAATTTCTGACCTGTAGCTGATAGCTTAGGACCCATCATCTTTAAATAATAGTTTGAATTATTTTAACCACACTAGGGCTAGATCTAATCTGTAGTTTTCTGCCCTCTTGCCTGGCCCTTTGAGAACTTCTGAAGTTCATCTCAGTTTGCCGTTTCCCTTACTGAGACAGCTTGGAGTCAGCAGACCTGTAGACACTGCTATATCATCCCCTTGTCAGACAATTTTATAGAAATGTTAAGCAAGATTGGCCTAGAGATCAGCCCTAGGAAGCCTGCACTGCTTAGAATTCTCCATAGAGAGAAATGTCCGTTTTTCAGGTCAAGTGGCTTCACTTTGGGCATCAGTATAAGGCATTTTTCTTTCTTTCTCTTTCTCCCCCCACCTAGTTTCTGCTTTGCACTTGCTCTACCCACATTATGGGGTTCCTCTTTGCACAACTCACTTCCCAGTCTTGAAGAACAGCTGGTCTTCTGAGGCAGCCTCTTTTATTTTTCTGTTAATCACATAATACTATTATTTTCTCAGATATATTTTCACAGATATTCTCTCTGTCATATTTATTCCTGTTAGTCTAACCTAACATTATCTAATCAATCCCTTGAATAAGTTAAACCTATCCTCTCTATTGAGCATTCAGAATCCTGGATCTAGTAGTCTTCTGATGGGGAGTCATAAAAAAGATTGGGCAAAAGGGAATCTTTTGTATGTTTCTTGTAGATTAGGCAGAAAGAGCCTTCTGCAGAGCAGGTGGACCACATCTGCATGCAGCCTCTCAGTGTTTAGTTCAAGGCTGTTTAGGGTGTTCATCTGCATGGCAGCAGGAAGAATATTTTCCAGGCAAATGAACGTTGTTGTGGGTAAATCCTTTCAATGCCAAAAACATTAAATTCTGTGGTTACTCCTCCAGAGAAAGCTTAGATGGTATCAGAAAACCTGGGAGAGTGATCTTAGCTATGTCCAGCCCAGTTAAATAATGATGGAGCCATTGTTTTTCCTTCCAGGGTGTATTGAATTTAACTTGTATGATTTCACTTGTGAAGAGCCTTTCCAGATACTTTCAGTTAAGAATTCTTGTGAAAGGAAAGATCCGCAAACATCTCCATGTCTGTCATCCGATTTCAGCCTTTAGCTAATCTCATACTCATTCAAACAAACTTGGCCAGGAGGAGGAAGCGACCCTGCACTAAATTCATCCTAATTGTAATGGAGACGTGGGATTTGTGGGTGAGGGCAAAAGAGAAGGTCAATGTTTGGGACATCTTAATGATCATAAAGTCATCAATTTTGCCCTTTTTGTCTTTTGGTGTTGGGTTGTGTATTCGGTAGGAGTGCAGATGACTGTAAAAACAGGAAAACTCTAACACAATGGCTTAACAAGTAGGTTTTTGTTTCCCCAGCCTCCACATATAAAGCCCGGAGGTAGGTAGTTCAGGCTGGGTACTATGGGTGTTATCAGTCTCCCAGGCTCCTTTCCTTCTATTCTGTCGTCATTAGTATGGTGGCTTATTCCTTGGTAATGACATCATTGCTGCTGCCTTCCCTTTGATTGAGAAAGAAAAATGTGGAAGACAGAATGTCACAGGGTTGTGCAGCATCTCTCCCTTTGTACCAGAAACACTAGAAGCACTTCTGGGAAGATTTCCACTAAAGTCACAGAGAGTGTGGCTCCCCAGGCCAAACACTGGATGGCATGACCATGCCTGGTTTAGATCAGCTTGTCCTCTGGGGCTGGGCAGGAGCCTGGCTGCTCTCATTAATCCATCTGGGCTCTTTTAATAGGAGATAATGGGAGTGGCCAGTCTATCCAATAGATGGTGTCAACCCGAAATTGTAAGATGTAGACATGGCTGTAATAAAATATAGCAATCTATTCAGTGATTTTTATTTTACCTAAGATTTGTTTCATTGACCAATATAGTTCCCTTTCAAT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Seq C2 exon
ATCCGTTATAAAGAAGAGTTTAAAAAGTCCAAGGATAAGTGTACATTTGTGACTGACAGTCCTATGCTAAACCATGTAAAAAATATCGGTGCTTTTATTTCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078114-NEBL:NM_006393:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PU(55.2=66.7)
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=31.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)