HsaINT0112842 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162614 | NEXN
Description
nexilin (F actin binding protein) [Source:HGNC Symbol;Acc:29557]
Coordinates
chr1:78354200-78381818:+
Coord C1 exon
chr1:78354200-78354444
Coord A exon
chr1:78354445-78381739
Coord C2 exon
chr1:78381740-78381818
Length
27295 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGA
5' ss Score
6.65
3' ss Seq
ACAATATAAATTTTTTTCAGGTG
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAGCTGCAGCCGGCGCTGGGCCCGCCTGGAATGCGGGAACAGGCTGCACACCAGGACTTTTATGGAAACTTGCTGCTGGAGACGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCAGCCAGAGGACTCCCAGCGGCTGGAGCAGAAGTGTTAGCGGCCAGAGCTCCCAGACCCCTACCCACAGCCAGGCGGGACGCGCACAGTCCCTCCACGCGGAAAGAAGTACCTTCGCCGGTCACCGGCTCCTGCAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCAAATATATACAGAGCTTCATAATCAGCCCAAGACCACATAGAGCAAACATGAATGATATTTCCCAAAAGGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162614-NEXN:NM_001172309:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.841
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)