Special

HsaINT0112842 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
nexilin F-actin binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29557]
Coordinates
chr1:77888628-77916133:+
Coord C1 exon
chr1:77888628-77888759
Coord A exon
chr1:77888760-77916054
Coord C2 exon
chr1:77916055-77916133
Length
27295 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGA
5' ss Score
6.65
3' ss Seq
ACAATATAAATTTTTTTCAGGTG
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAGGACTCCCAGCGGCTGGAGCAGAAGTGTTAGCGGCCAGAGCTCCCAGACCCCTACCCACAGCCAGGCGGGACGCGCACAGTCCCTCCACGCGGAAAGAAGTACCTTCGCCGGTCACCGGCTCCTGCAGG
Seq A exon
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AATCATGGTCCACAAGAACCTGCATACAGATATTTATGTCAACTTTATTCATAAACACCAAAACTTGGAAACAACCAAGATGTCATTTGGTAGGTGAATGGATAAACTGTGGTACATGCAGGTAATAGAATATTATTCAGTGCTAAAAAGAAATGAGCTATCAAGCCATGAAAAACATAGAGGAAACTGAAATGCACATAACTATGTGAAAAAAGTCAATATGAAAAGGCTACATACTGTGTGGTTCCAACTGTATGACATTCTGGAAAAGTCAAAACTATGAAGACAGTAAAAAGATCATGGTTACCAGGAATTATGGGGGAGAAAAGCATAAGTAAGTGGAGTAAAGAGGACTTTTAGGTCAGTGAAACTGCTCTGTGCAATACTGTAATGATGGACACATGTCATTGTACATTTACCCAAAACCCACAGAATGTACAACTCAGGAGTAAACCCTAATGTAAACTATGGACTCTGGGTGATAATGATGTGTCAGTATAGGTTCATCATTTATAACAAATGTACCACTCCAATAGGTGGTAATAATGGGGTTATCCAGTGTTGATAATGGGGGTGACTAAGCATGTGCAGGGACAGAACATATACAGGAAATCTCTATCTTCTACTCAATTTTGCTGTGAACCTAAAATAAACTCTATTAAAAAAAAAGTTGGCTAGAAAATTCCAAAAGAAAAAAACAAAACAAGATAAAACAAACCTAAAATAAATATTTAAATGATAGGCCTAAACTCATTGATATTAATAATTACATTAAATGTTAATGAACTAAATGCTGCAATTAAAAAAACAGATTTTAGGCCTGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCTAGGTGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTAGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGGGAGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAAACTGGAAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTACGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGAAAACCCAGATTTTATCAGAATTGATTTTTGTAAAAAGCAAGGTCCAAACATATGCTGTGTCCAAGACATATGCTTTACATATAAAAACATAGATAGAGTGAAAGTAAATAGCTAGAAAATTATATACCATGCAAACTGTAAACCTAAGAAAGTTGGGGGCCAGATGCAGTGGCTCACGGATGCAATCCTAGCACTTCTGGAGGCCAAGGTGGGAGAGTTGCTTGAGCCCAGGGTTTCAAAACCAGTCTAAACAACACAGTGAGACCCCATTTCTATAGAGAAAAAAAAAAGAGCTGGGCATAGTGCTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGAAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGGTACAGTGAACTGTCATTGTGCCACTGTACTTCAGCCTGGGTGACACAGCGAGATGCTGTCTCTAAAAAATAAATGTATAAATAAAAAGAAAGCTGGTGGCCGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGACGTGGCGGCACACGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGTGGGAGAATGGTGTGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCGAGATGGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGATTTCATCTCAAAACAAAAACAAAAACAAAACAAAACAAAACAAGCAAACAAAAAACTACATAGTTGAAGATTGATAGAAATAGCCAAAAATTAGTAAAAATACAGATCTAAAACATGATCAACTACCTTCAGCTAGTTAATATTTATAGAGTAATACACTCAGTAATTGCTGAATACACATTCTTTTCAAGTGAACTTAGTATGTTCATCAAGCTATTCTGGATCAAAAACTTTCAGGGATCTTTTACCATCATGCACCTTATGTTTTCTATACCATGAATCTTGGGAAAAAGAGCTAAAGGTTATCACAATTTATTACTTGCTTGAATCATGTCAGTATTTTTTGAGGGGCAATTAACTGCTATTTCTATTTATAAAAATACATAATATATTACAAATAAATTAAAATTTATTATACAATATAAATTTTTTTCAG
Seq C2 exon
GTGCAAATATATACAGAGCTTCATAATCAGCCCAAGACCACATAGAGCAAACATGAATGATATTTCCCAAAAGGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162614:ENST00000334785:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.867
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development