HsaINT0113492 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000087303 | NID2
Description
nidogen 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13389]
Coordinates
chr14:52020059-52027344:-
Coord C1 exon
chr14:52027201-52027344
Coord A exon
chr14:52020179-52027200
Coord C2 exon
chr14:52020059-52020178
Length
7022 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TCTGTTTCTGACCTCTGCAGATG
3' ss Score
11.2
Exon sequences
Seq C1 exon
TGATCACCCCACCTGCCAACCCCTGTGAGGATGGCAGTCATACCTGTGCTCCTGCTGGGCAGGCCCGGTGTGTTCACCATGGAGGCAGCACGTTCAGCTGTGCCTGCCTGCCTGGTTATGCCGGCGATGGGCACCAGTGCACTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTAGATGAATGCTCAGAAAACAGATGTCACCCTGCAGCTACCTGCTACAATACTCCTGGTTCCTTCTCCTGCCGTTGTCAACCCGGATATTATGGGGATGGATTTCAGTGCATACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000087303:ENST00000216286:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126622=cEGF=PU(81.8=36.7)
A:
NA
C2:
PF126622=cEGF=PD(13.6=7.3),PF129472=EGF_3=WD(100=82.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development