HsaINT0121826 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136940 | PDCL
Description
phosducin like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8770]
Coordinates
chr9:122798389-122823197:-
Coord C1 exon
chr9:122823016-122823197
Coord A exon
chr9:122798540-122823015
Coord C2 exon
chr9:122798389-122798539
Length
24476 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CTGTCTGAATTTCATTGCAGAAA
3' ss Score
8.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATCTTGGGCAATTCTGTAAGAAGAGAATTGAAGTAACTGAGAGGAATTTTAGGGCACAGGTTTGCTGAAGACTGTGCTGAAACCACCTTTACAGGGAAATGATCTTTTAATTTATTTCCACATCTTTCTCTATTAAAAAAAAATCAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136940:ENST00000436632:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.589 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0211411=Phosducin=FE(22.6=100)
A:
NA
C2:
PF0211411=Phosducin=PD(4.5=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development