HsaINT0121886 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000128655 | PDE11A
Description
phosphodiesterase 11A [Source:HGNC Symbol;Acc:8773]
Coordinates
chr2:178740586-178762925:-
Coord C1 exon
chr2:178762785-178762925
Coord A exon
chr2:178740651-178762784
Coord C2 exon
chr2:178740586-178740650
Length
22134 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
ATTATCTTTCTATGCGACAGGTG
3' ss Score
7.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTGCTAGAGGTGGTTAATGACCTCTTTGAAGAACAGACTGACCTGGAGAAAATTGTCAAGAAAATAATGCATCGGGCCCAAACTCTGCTGAAATGTGAACGCTGTTCTGTTTTACTCCTAGAGGACATCGAATCACCA
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000128655-PDE11A:NM_001077197:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=PU(20.4=68.1)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)