HsaINT0124979 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000139144 | PIK3C2G
Description
phosphoinositide-3-kinase, class 2, gamma polypeptide [Source:HGNC Symbol;Acc:8973]
Coordinates
chr12:18499575-18524245:+
Coord C1 exon
chr12:18499575-18499770
Coord A exon
chr12:18499771-18524113
Coord C2 exon
chr12:18524114-18524245
Length
24343 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CTTCTTTCTTTTATTCTCAGGAT
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079219=PI3K_C2=PU(29.4=56.1)
A:
NA
C2:
PF0079219=PI3K_C2=FE(34.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)