HsaINT0135664 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000126838 | PZP
Description
pregnancy-zone protein [Source:HGNC Symbol;Acc:9750]
Coordinates
chr12:9334571-9344852:-
Coord C1 exon
chr12:9344789-9344852
Coord A exon
chr12:9334714-9344788
Coord C2 exon
chr12:9334571-9334713
Length
10075 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTGAGT
5' ss Score
8.34
3' ss Seq
TCACTCTCTCCATGTTCCAGTGA
3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCATGGCTAAGGGAGTCATCGTCAGATCTGGAACCCACACTCTGCCTGTGGAGTCAGGAGACA
Seq A exon
GTGAGTATCCTCAGATTCATCTCTCCTTGCTCCCCTAACACATCCTTACCCTTCCCTCGGTGACAGTTCATAAATGGGAAATCGTTTCCATCATCCCTTCACAATAAGGAGGACACGCAGGAAAATACTCGTCTTATGACTCTTTGGCATTTTAAAATTCAACAGTCAACAGATAAATGTGATTGTCTACTCTGTATCAGTCACTCTGCTAAGGTACACTAGTTTTTCACTTTAGTTTGTTTCTTCTAACAGCAAAACAAAGCTCTTTTCAAAATCTAAGCTGCCTTCTATTTATCTCCACCCCCAATAAAGTGTACATTGATTAAATTAACATTGCAGAGAAGAAAAAAGTAATTATCATGGGAAATGGGAAGGAAGAAAGGTGATAGATTTTTTTTTCTTGTGCCAGGCCATGAGTACTTTATATACGAAATTGGATTCACTTCAAGAATAAATTGAGGCCTGGGGAACCAAGATCGTTTTCTATTCTAAGTCAAATAATCTAGAGGTTAAACCACTGAAAAGAGAACCCGTGAACATTTTTGTAATTAACCTAAACTAAGGGAAACATTTTACCAATTTCCACCACACCCCTAAGCTAAACTTAATAACCATTAGGATTTGCTCCATGCCTAATATTTTCTATTTATGTAGTTTCTCTTCCTGCTAAGCTGGAAAAATTAAATATTAATTTTTAATTTTTATTTTTCAGTTTTGAAAATTGAAACAATTTTGAGAAAGTTAAAATTTATGCATTATTAATCAGTACTCTAATAATTAATAATTATTTTAATTAAACATTAAAAACTGCTGCCAGTTTTGAATATCAGTTTTTTCCCAATACTAGTGTAGAGGTAGTTAGATATGGAGAATGGACCCCACTGTGTACATTGTTCTTCAATTTTTGTTGAATAATTTTCTTCTAATACTGGTCTATGTATCACATTCACAGAAATAATCAAAGGTTTTAAAACATTTATTTGATTTTTTCTTTTATAATATTCCAATTTGAATTTTATTCATAACAGGAAGAGTCTGTATGAAAATCTCTATATAGTAAAATGAGGACTAGTTATTTAATCATTTACTTTGTGAAGATGCCACAAAATTTTATTGAAAGTAGCTGAGTCAACAATTGGAAAAAATTTCTCTATATAGCTAATTAAATCATAATTGTTTCATCATAAAACAATTTTAACCACATATTTTAATAGTTATTAATTACCGATTTACTCTTCACCAAAGAATTATCAAAAGCACTTACACCTCTATGATAAAAGAACAAATTTTATTCACAATTTGTCTAAATTCAACTTTTTAAAACTTTTCAAATTGTCCAAGTTGAGCTTCCTCATATTGTTCTCTTTTCACACTATTCTTCATACTGTCCAAATTATTATTACCTAAATTATTTGCCTATTTAATTTTCAGAATTGAGATTTTAAATAATGAAATCTTCTCAAATTTTATTATTTATTATTATGTTTAAAACTTTTATTTTAGGTTTGAAGGGTTCATGTTCAGGTTTGTTATGTAGGTAAACTCGTGTCATGGGGTTTGTTGTACAGATTATTTCGTTACCCAGGTTCTAAGCCTACTACCCAATAATTATTTTTTCTGATCCTCTTTCTCCACCTACCCTCCACCCTCCAATAGGCCTCAATGTCTTCTGCTCTCCCTCCTCCCGCCCTCCACCCTCAGATAGGCCCCACTGTGTGTTGTCCTCTTTGTATCCATTATGTTCTCATCATTTAGCTCCCACTTATAACTGAGCACATGGAATATTTGGTTTTCTGTTCCTACATTATTTTGCTAAGAATGATAGCTTCTAGCTCCATGTATGCTCCTGCAAAGGACATGATGGCGTTCTTTTTTATGGCTGCATAGTTCCATGGTGTGTATGTACCACATTTTCTTTATTCAGTCTTCCACTGATGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTACTGTTCATTGCAACAGGGTTGCAATGAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATGACAGAACAATTTATATTCCTTTGGATATATACCCAGTACTGGGATTCTTGGGTCAAATGATAGTTCTGTTTTTAGCTCTTTGAGGAATCGCCACACTGCTTTCCATAATGGCTGAACTAATTTACATTCCCACCAAGAGTGTATAAGCATTCCCTTTTCTCCACAACCTTGCCAACATCTGTTATTTTTTGACTCTTAATAATAGCCATTCTGACTGATGTGAGATGATAATCTCATTGTGGTTTTGAGTTGCATTTCTCTAATATTCAGTAGTATTGAGCTTTTTTTCATTGGCTTGTTGGCCACATGTATATCTTCTTTTGAAAAGTGTTTATTCCTGTCCTTTGCCCACTTTTTAATGTGGTGGTTTGTTTTTTCCTTGTAAATGTGTTTAAATTCTATACAGATGCTAGATATTAGACCTTTATTGGATGCATAGATTGCAAAAGTTTTCTCTCATTCTCTAAGTTGTCTGTTTACTCTATTGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGGTTAATTAGATCCCATTTGTCAATGTTTGCATTTGTTGAGATTGTTTTTAGTGTCTTCTTCATGAAATCTTTGCAGTTCCTGTGTCCAGAATGGTATTGCCTAGGTTGTCTTCCAGAGTTTGTATACTTTTTGGTTTTACATTTAAGTCTTTAACCAATCTTGAGTTGATTTTTGTGCATTGTGTAAGGCGGGGATCCAGTTTCAATCTTCTGCCTATGGCTAGCCAGTTATCTCAGCACCATTTATTGAATAGGGAGTCCTTTCCTTGTGTTTGTTAGCTTTGTTGAAGATCAGATGGTTGTGGGTGTGCAGCATTATTTATGGTCTCTGCATTCTGTCCCATTGATTTGTGTGTCTGTTTTTGTACAAGTACTATGCTGTTTTGGTAACTGTAGCCCTGTAGTATAGTTTGAAGTTGGGTGGTGTGATGCCTCCTCCTTTCTTCTTTTTGCTTAGGATTGCCTTGGCTATTTGGGCTCTTTTTTTAGTTCCATATACATTTTTAAATAGTTTTATCTAGGTCTGTGAAGGATGTCGTTGGTAGTTTTATAGGAAAAACATTAAATCTATAAATTGCTTTGGGCAATATGACCATTTTCATGATATTGATTCTTCCTATCTATGAGCATGGAATATTTTTTCCATTTGCATCATCTCTGATTTCTTTGAGCAGTGTTTTGTAATTCTCATTGTAGAGATCTTTGGGCAATATGACCATTTTCATACTGATTCTTCCTATCTATGAGCATGGAATATTTTTCCATTTGTTTGTGTCATCTCTGATTTCTTTGAGCGGTGTTTTATAATTCTCATTGTATAGATCTTTCACCTCCCTGGTTAGCTATATTTCTAGGTATTTTATTCTTTCTGTGACAATTGTGAATGGGATTGCTTGCATTCCTGATTTGGCTTTTGGCTTGACTGTTGTTGGTGTATAGGAATGCTAGTAATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAAATTTTGCTAACATCATTTTTCAGCTTAAGGAGCTTTGGGGCCAACACTATGGGGTTTTCTAGATATAAAATCATGTCGTCTGCAAACAGGGATAGTTTGACTTCCTCTCTTCCTATGCTGATGCCCTTTATTTCTTTGTCTTGCCCGATTGTTCTGGTGAGGACTTCCAATACTGTGTTCAATAGGAGTGGTGAGAGAGGACATCCTTGTCTTGTGCCAGTTTTTAAGGAGAATGCTTCCAGCTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGGCCATGGGTTTGTCATAGATGGCTGTTATTATTTTGAGGTATGTTCTTTCAATATCTAGTTTATTGGGAGTTTTTAACATGAAGAGGTGTTGAATTTTACTAAAATCCTTTTCTACATCTGATAAGATAATCGTATTTTTGTCATTGGTTCTGTTTATATGAATGAATCACATTTATTGATATGCCTATGTTGAACCAACCTTGCATCCCAGGGATGAAGTCTACTTGATCGCGGTAGCTAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCAGTTTACCAGTATTTTATTGAGGATTTTCGCATCAATGTTCATCAGGAATATTGGTTTGCAAATATTTTGTTGAGGATTTTTGCATCAATGTTCATCAAGGACGTTTGGCCAGACTATTTTTTATGTGAGTCCCACTTCTCCTCATGGGGGCAACCCCACAACCTGGGACTGCAGCCACCACCACCCCACCCCCATCAGGGTTTTCAGGCTGGTAGCAACTTTACATTTCCCTGGGACGGAGCTCACAGAGGGTGAGGCTGGCTGCCATTTTTTCCATCTTGAAGCTTCCGTTGCTGTAACTTTCAGGTTCCGAAGAGCAAGTAGTGATTAGGGTGTAGCATGGATCACCTGCACAGCACAGCTGACCCACTAGTTCTTTCAGTTGTGATGTGAGGTTAAGTTGAGATCTTTCTAACTTTTCGATGTGGATGTTTAGTGCTATAAGTTTCCCTCTTAACACCGCCTTAGCTGTGTCCCAGAAATTCTGGTGTGTTGTATCTTTGTTCTTACTGGTTTCAAAGAACTTCCTGATTTCTGCCAAAATTTCATTATTTACCCAAAAGTCATGCAGGAGCAGGTTGTTTAATTTCTATGTAATTGTATGGTTTTGAGTGATTTTCTTCTTATTGAATTCTATTTTAATCACATGGTAGTCCGAGAGTGTGGAGTGTATGATTTCATTTTTCTAAATTTGCTGAGGATAGTTTTATGTCTGATTGTGTGATCGGTTTTAGAGTAGTGCCGTGTGCAGTTGAGAAGAATGTATGTGTTGTTGTTTTGTAGTGGATAGTTTTGTAGATGTCTATCAGATCCATTTGGGTCCTGTGCTGAGTTCAGATCCTAAATTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCTGTGGAGTGTTGAAGTTTCTCAATATTATTGTGTGGGAGTCTGAGTCTCTTTGAAGGTCTCTAAGCACTTGTT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TGTCCTTATGACACTATTTTTATGACCTTTTTGTCTCACTTATGACCATTTTGTCTCACTCTCTCCATGTTCCAG
Seq C2 exon
TGAAAGGCAGTTTTGCCTTATCCTTCCCTGTGGAGTCAGACGTTGCCCCCATTGCACGAATGTTCATCTTTGCCATTTTACCAGATGGAGAAGTTGTTGGAGACTCTGAAAAATTTGAGATTGAAAACTGTCTAGCCAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000126838-PZP:NM_002864:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF077039=A2M_N_2=FE(14.1=100)
A:
NA
C2:
PF077039=A2M_N_2=FE(31.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)