HsaINT0138085 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000146587 | RBAK
Description
RB-associated KRAB zinc finger [Source:HGNC Symbol;Acc:17680]
Coordinates
chr7:5097315-5109119:+
Coord C1 exon
chr7:5097315-5097410
Coord A exon
chr7:5097411-5103325
Coord C2 exon
chr7:5103326-5109119
Length
5915 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
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3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146587-RBAK:NM_021163:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.147 A=NA C2=0.056
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)