HsaINT0138085 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146587 | RBAK
Description
RB associated KRAB zinc finger [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17680]
Coordinates
chr7:5057684-5067257:+
Coord C1 exon
chr7:5057684-5057779
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr7:5063695-5067257
Length
5915 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
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3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146587:ENST00000353796:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.061 A=NA C2=0.050
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains