HsaINT0138679 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144642 | RBMS3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:13427]
Coordinates
chr3:29977577-29985745:+
Coord C1 exon
chr3:29977577-29977687
Coord A exon
chr3:29977688-29985697
Coord C2 exon
chr3:29985698-29985745
Length
8010 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
CATGCTCTTTTCATTCAAAGATT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCTGTGATTACACCAACCATGGACCATCCCATGTCAATGCAGCCAGCCAACATGATGGGCCCACTGACACAGCAGATGAATCACCTTTCGTTGGGCACAACAGGAACG
Seq A exon
GTGAGTTGAAGAGATTGTTTTGTTTCCTTGAACTTTTTTGATCAGATGTGATATTCTCCATTTTTACTGGCATTATCAGTGAAACTGTGTCTGTACCATATTCGTTGACTAACACATCTTTCAGGTTTCAGTATGAATAAGCTGCATTCTGCATGTATGTTCAGTTCCAGGGCACATGTACTCACAGTGGCAAGGCTAAAGTTCTATTGTGTCATTCAGTTACTTCTTGTTTTTTATGGTACAATGTACCAGATGTAATGTCTGTTTTTGGAAAGGTGTCCTTTTTGTATGCACCTGCAAATCTAGACCCTTTGACTTAATATACTCAATCCTGGTTTTCTCTTCCCAGCTGCTTACCAGCTCAGCTACTATATTATTAGCAGGTTATACACAACTGAGGGGCCAGATCTATGACTGATACTATTAAATCAATAAAGAGTAATTGAGGTATAATCGAGTTCTTTTAATCCTTCTTTCTGATATGTTGATATGGATGATGTTGAAAAGAAGGAAGGGAACCTAATGTGCTTGATTTTTTCTTATAGGTTGTGATATTTTTGACTAGTCATCTTTCTCCTCAGAGAACAAAAGTGTGCTGAAAAATGCCTATTGCAGCCTGGATTTTGTATCAATGAGGCATTTTAAATCATAAGAAAAACTTTGTTTGATTTTTTTAAAAGATAATTCCCCAAATGTTCAAGGAGGCAAAAGCCTAATACAATCTAGAATACTGAAACTTCATTAGTTGCCATTACAGAGAACAATGAAACCATGAAACCTAACCACTCATGTGACACCTTCAGTAACAGTTTTATTTTCGTAAATGTTAGTGCAGATAATCTTGTCATTTAACAAAACATAGAAATAAAAATATGTTTTCTTTTGACTGAGGCAGCTTAAATATTGAAGAAAGAGCACTGGACTAGGAGTCAGAAATCCTAGATATAAAACTTGCGTAAGCCCTGTAGTTTCTGTCAATTTTTGGGAAAATAATATCTCTAGTCTGAATTTTTTCTCTATCTAGTTGAAGTATTAAACTTGATCATATATGGGTCCCTTTGAATATTCAATTCTGTATTTTTAAGCCTATATGTCTTACAGTTACCACCTCTGTGATTCTTCAATTATGCTGACTCATTCTCCAAATATCTATGTACAATATGCACACTAGTTGTGTATCAGGAATTTTACCCTATAGCAATGGCTTGCTTGCCAAATAAATCTTGTTGACTCATGGGCTTTTAAGAATATAAGAAGTTACTGGCATGTCCACTGAGAACTCACTAATCTGTCCTAAATAGGAAGAAAGTCAATATAATTTAATGGAAAGAGCCACATTCTTTCAATAAAGAAATTTTAGTTTTAGTAACATAAACAAAGTGCCTATCACTAAGATCTCAGTTGCAGAACCTGTAAAAAGCAGTCGATGGTAACTTACCTGTCTGAATGCTTGGGCTGGATCAAATGATCTCTTAGGTTTCTCACCTACACTTTTAGAAATCGTGTCTAAGATATATTTAACTATATGCTGTGGTACAGCTAATTTTCATCATGGAGATAGAGCTTGAAGACAATATTTTATTGCTTTTATCAAAGAATTATTTGTAATTATTTTGTGCGTTACTAATAAGCAGGTCCTAGGAATAGTATCAGAAGGCCTGCAGTTTCTTATTTTTATTAATATATTGTAGATTTCCCTCCATATCAGCCTTCGTGTCCTTCAGTGATCATAAATTCTGAATAAGTGATGTAATGTAATTTTACCGTATTGAATAACAATCTGGAATCTGATTAAAGAGACAATTATAATGCAAAACATAGAAACTCTTTAAAATTTTTACTCATTTGGTTCAAAAGTAAAGCCAACTGACTTGCTAAAATTTAAGTTTGCAAACTAGTAGAAATATAAGAGCTAGTTAACTAAGCATATGACTGAATCCTTTAGGGAATTAAAAAAATAAGCTAAAAGACACAGAACAGACTCAGAATTAAAATAGTTATTGATTCAATAACATATATTATGATTTTGTATTTGAGCATTCCAACAAGAACACATTTGTAAGGGACCATGACTTTTAGGCAGCTGGTGATAGCCAAATGATTCAGTAATAATATATAACATTCTCTTTCTTAGAGAGTAAAAGTTTTAAGCATATGATTTATTATTAATACCAAATTTCCACTAGCTTTTTTCTTTTCACCCTTTACATTTGTTCTAAATAATGCTTAGATACATTATAAGATTTGCATTACCTGATGTTATGGAAAAGTGTAAAATTTAGTAAGGTTTAGAAGAGGTAGAGAGAAAACAGAATTACTTTGTTGATTCGTTTAACAAAATATAATTAAGTGTGGTTGGTGTCCAGAATATTGTTATATTGTTTTCTTAGACTGTCACTCTAATTCTTCGATATGCCTTCATAGATTCATTTTATCTGAATTTTGATTGGCATTTGGAGTGACTATTATCCAGTTGAGGTTGATTTTGGAAAATCAGATTTTTCTACCTTATTGCATCTTTCCAACATTTTCATTGATGGGGAAGGAATCCTGGCATCATGGAAAGATCAGTTGGCTTTGTTTTTAAACTTGAGTTCAAAACCTGACTTTGTTCCCTTATTAGCTCTGCATGTTTAGGCAGGTTACTTAACCTCTCAGAACTTTCTCATTTTACAAAGTGGGAAAAATAATGCTTACATCCCAGAGATGTTGTGAGTGTTAATGAAATGACAATATGCAGCATATCTTATACAGTGTGATACCCAGTATGTGCTTCTCAAATGAGCTGCTCATACCCTTCACCTCCAGTGGCTTCTAACTGGTGGGAGTCTAGTTTAGGTAGCCAGAAGTGATGTAACACACAGTAAAATCCATGGTATAAATCACTTACCTGCACTATTTCACTTGATATAAATAATTTCTTTAACGTCTCCATTTCTTTGGCTGCTAACATTCTCTTTTAAGGTAGCAAATTCAAAAGCCTGTAGAGTCCAGCCAAGTCATATTAATGAATGAAGTGGATCAAGTTCAAACAAAAACCCTTGGAAATATATAATCAATTTTTAAATATTTGCCTATATCATAAACATACTCATACTATATAAACATATATGACATTGGAGATTATATTTTAGAGAAGATGTATTTTCCATGCAATAATAATACTATCTCTGCCTGAGTTTTGGGCAAATAGAAGTGAGAGGTGGTGCCTTTGGCAGCCTGAAATATGGATGCCTTGTCTGAAGAGGACAGCCACTATTCCATTGGTAGTACAGCTGTTGTGATGGCTATTGCCACATGGACATACAGACCCAGGGTGGTCTCACTTTCCAACTTTTAAAGATAAGCTGAATTCTTGAATTTTGATTTGAAATTTCTCCATATTTAAATATTGGGTCCAGTTTGTCCCAAGAACTCCCAGTTTGTGACTCCTGCCCAAGGTTTTTCTGGTTCTCCTCAGACCTCTCTGGCCATTCCTTCTTCTCTTCCTGCACAGATTGGTAAGCCAGAGCTTCATTTTTAACATACTTATGCCACATGATTTTCGTAAGCAATCTCATTCAGTCTCATGGTTTTAAACCCTGGCTTCCACGTTGACTCCTAAATCTCAGTCCCCAATACTAACCTCATCTAATAATTTCAGACTCATTTATCCAACTACTTGCTACATATCTCCATGGAAATCTCCCTCAGACATCTCAAAGTCACCATGACCCAAACTAATCTCATGAGCTTTCCAGAACTTTCTTCTAACTGAAACCTGTTCCTCTTGTGTGTTTCTGCTCCCTGTTTCCCTGCAAGCTAATGACATGACCATTTTCCCTGTAGTCAAACCATACATCTAAGACCCAATCAAGACCCTTTCCTTCTCCCTCACCACCATACACAATTACTTTTCAAGTCCCACTGATTTTCTCTCATAGACATTGGTCAAATACATTCTTTCTTCTACATTTCTGGAGTCTCTGCCCTGGGACTCATTTGATAAACTGTAATAGTTTCCTAACCGTTCTTCCTGCTTTCAATTTCAATTTGCTCCAATCCATTCTCTACCCTGTTGTCACAGGTAGTCAATCTAAAACTATCTGACGTCTCTCTCCTAACTGAAACATTTCAGAGGATTTCAGACATCTGAGCCCACAGAAATTCTGCAAAACAAGGTGTGAACAGTGACAAGTCAAGATTAAGATTAAGATAGGATTCTAAACTCTAGAAACAGATGGGTTCCAAGGGCAGAGCAGAGAGCTATCCAGTGAATAATCTAGAGTAGGAAGTGATCAGGGCTGACGGAAGTTGTAGCTATATTGGAATTTGCCATTTTTAGAAGGGGGATCTTGAACACTGGCTTAGTCCCACTCTTCCTTTTAAAGTCCCTGGCTAAAGGAATTGTATTGGGCCAAAACCTCTTTTTCCTTTTCATGAAAGAAGATATATTCATCTCCCATGACCTCAAATTTTGAAATGAATGCCATGTAGTTTAATTAACCTTTCTCTACAATTTGCCACCTCAAATGTTTATTGTTCAATTCTCTATTTTAAGCTAGACAGAATCTGCAGGCCTCAAAAAAAAAAAAAGTGCATCTTATGCAAGCAGTGTAACTGTTTTATTTCAGGGGTCTGCTGACCCTGAAGGATTTTCCTAGCTTTTCTACTTTTGTTTATTTTTTTGTCACAGCATTCCCTTGATGGAACCAAAGCCCCATTATCCATAACTTCTTATCACTTTATTGTAAGCTTTAGCAGAAACCACTGGAGATTTTACTGTGTTATGAGAACCTCCAAGTTGCATGACAATCTTGTTTTACAAGTTTCTTATCTCCTTTTCATTTGTTCAGTTGCTGGTCACCAGTGGCTTACAATGTCACCAGAATCTGTTGGAAGAAATAAAAAGTTTTTGTTCTGCAGGTTTTGTATCTGCAGTTTGGTTTGTGTTCTCCAAGCCACTGATGATTTGTGATATCATCGATTTCCACAGTGTAACCATAGTCACTCACAAAAATAACCTTGTAATTGTACTCCATTTGTCCCCACAGTTCTCTAGCATTTTTCAGTCACACCACTCCTTCACTGCTCTGAAATTTTGATAGTATCAGGTGAAAATCCTCAATTATTCAGTTTGTTTAGACATTGTTCTTTTTTCTGTTATTAGGTATGAATATAAATATTAAGACAGAGTTTTAAAAAGCTAACAGGATGTTAAATGGACTCTGATTCAGGAAGCAGTATCATAAATGGTAATGGGTACATCTAAAATAGTTTTTTAGGAAAAAATATTAATTAAAACACTCAAATACAAAACAGAAAATATATCTAAAAAGGTAATAGTTTAAAAAAATTGGTTTAGTCTTACTTTAAAATGAAAGACCTTTGAAGGGAGTCTTATAAACAATAAATGAGCTGGCATTAAGTGTAAGTCTAGTAGTACGAGTGTGTATTTGTAAATATTACACTTTTGTTGTTTAAAAAAATGAATTCTGAATTCAAATAAATTACCGACATAGTAAAAAAGCCTCAATAGATAAAATGCCAAAGAACATGAACAGATAGTTGATAAAAGAGTAAATAGAATGCCAAGGAACATGTACAAAAATTGTAATGAAAGAAACAGAAACAGTAATTAAATATACATGTACATATATCCCATCAAATAAAGCTATCAAAATGCAGTACAAATTGCTAATGAAGGTGTAGGAAAATAAGCATTCTCTAGCACTGATTGCTTGATGATAGGAATCTAAATTTGTATAAGTACCAGTTGGATAGCAAGGTAGTCAGTCGAGATACTTCAAAACATTTATACTGACTGACCAAGAAGTTATAGTTTTGAGAAGCTGGTCTATGGAAATATTCTAAAATAACAGAAAAATAATTATACCTCAAAAATATTTGACACGGTGTTCTTTATAATGTCTAACAAAGAAGAATAATTAAATATGCCATAATCCATCCATAAACCAGAATGTAATGCAGCATGAAATCGTAAGAGAAATAATTGGGAAAAAGTTTATTTATAATGTCAAATTTGAAAAAATGGAAGTAAGGCAGGCTGTAGTGGTTCATGCCTGTTATCACAGCACTTTGGGAAGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCCTAGATAACATAACAAGACCCCATCACAATAAAAAAAATTGAAAATTAGCTAGGCATTACATTATTGTGTGCCCTGTAGTCCAACTACTGAGGAGGCAGAAGCAGGAAGATCAACTAAGCCCAGGAGTTTGAGGTTACAGTGAGCTATGATTGTGCCACTGCACTTCAGCCTGAATGATGGAGTGAAACCCTGTCGAAAGAGAAAGAGAGAGAAAGAGAAAGAAAAAAGGAAGGAAAGATGTAAATTTGCATGTGTGGAGTTCAGTATCAACTCTAAAGAAGTATTATAAGGCTAAAGAGAAATATAAAACAAGTGTGGCTATTTCCAGGTGATGGGATTAGGAGTAATGTCTATTTTAATCATTATGCTTTTCTACATTATCCAGCTATTCAGCAATAAACATTATTGGCTTTTATTATTTATTTTAAAATGTCATAAGTATATTCTTGGAAAATGTCTAGTAGCATGGTCCAATAATTAACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTGGAGTGGAAATGTGTGATTGCAATTTTTCAAAAGGTACTAGGAGTTACTACTATTATTTAAAAAATTGGAAAAACTTTTAAAATGATTCTAATTATTCTAGATTTGGGGATTATAATCAACTCAGTAGTTCAGGTATCTGTTGCAAGAAACAAAATAACTCATGTGTCTGGTTTATTTGCATTTGAATCTTTTGATCATGTTTGCTTTTGTTGCTCAAAGTGCCTTGCAATGTTCAAGTTCTAATCTGTCTTCTCACATGCCATTTACTCAGGAGAGAGTGATTAAAATTGACCTTTTGTGGCAAGGAGATGAAAGTGAGAAATACGTGATAGTCCAAAAGTTGTCACATGGGTGGAAAAAGAAAATTTGGGATTTTTGCTTTTAATAAAGGTCATATAAATGGAATAAGAGTCACACAAGAGGACCTATTTAACCATGTGTTGGCAGTTGATTTGAATCTAAACAATATCAAGTTTCTTTTAGAGTTTACCCCTCCAAGGGGAGTGGGGACAAAATTAGAATTTTCCATTTTTAGAAGGGGACCCTAGGCCTATGCCATATTCCAATCTCCTTTTTAAGATCCCTGGCTAAAGAAATTGCAGTGAGCCAAAAGCTCTTTTTTCATCTTTAAAAAATCAGATATATTTTGTGCCATGTAACCCCTAATTTTGAAATGATTGCCATGTAGTTTAATTAAGCTTTATCTAGAATTTGACACCTTCAATGCTAGGAGACTTGGGATAAAGATAACCGTCACGTTCAATAGATTCTGTTCTGTGTATCTCTGCTCCCACAGTTACAACACATAAAGCTTTTTGGCCTTGAGGTGAAAGCACCTTCCGCTCTGCCTCACTGACAACCACTGGGATCAGAGCTAGAGCTGAGTAATAAATAATGAAATTTTGCCTTCAAAATGTGTTAGCCTCCATAGAATATGAGAATGTACAAATTTTTTATTTTTCTCTTTTAAATTTTAGTTCTTTCTTTTGTTCTCCAGGACTTTGTTTCGTATCATGCTCTGGGCCCCCTCTAAATGGGCTGCCTTGTAGAACTCTTTTGTCAGCCAGAGAGGGCAAAAATTTTATATTGATTCCCTAAGGGAGGTACCAAACAGGCTGTGGAAGATGACAGTGTTTCAGGAAAAACTGTACTGTCCCAGCAAGTCTAATGGGACCTAATAACATGTACAGTATTGTGGTAATAGGGACCATGGTATCAAATGCAAATGAGGAATCCTAATGCCTTTACTGCTCTAAGGCAGGGTGGGTCAGGCAACCATATGACACACAGCGGACTCTTCCACGTGTTAGGGCTGATTCTATTTTATTTTCTTTTGTACTTCATTGCATTCTTTCTCATGCTCTTTTCATTCAAAG
Seq C2 exon
ATTCAATCCCAAGACAGGATTATGATACTCCACCAGCTGTTGTGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144642-RBMS3:NM_001003793:11
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.848 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)