HsaINT0145918 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136546 | SCN7A
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10594]
Coordinates
chr2:166477463-166486968:-
Coord C1 exon
chr2:166486856-166486968
Coord A exon
chr2:166477711-166486855
Coord C2 exon
chr2:166477463-166477710
Length
9145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TAATACAGAATTTTTTGCAGGTA
3' ss Score
3.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCCACCATGTGAATGCCAACATGGCCAGGTCATTAGAGCTGAGGGAAAACTAGTGCCCAAAGATATGAAAAGAGTGTGGATCTTCTGGAGAAGTGCTGTTGTTCAACAG
Seq A exon
GTATTTGCCTCAGCAACTCCTGTATATGCTCTATCTCTCATACTCAGGCTATCAGATGAGAAAAAACAAACAAGAAAATGTAATGATGTGTCTGCTTGCTTTATAAAGTTGGTTGGGTGAAGCTTAGCTATCAGCCAAGGCATCTTTCTGCCTAGCAGTCTGCATCAGATTCATCTCAAAGGCTGCAGCACAAGCTATTCTGAAATAGTCTGTCTGGATTGGGCCACTGGCTCCTAGATTTTCAGTATTAGCCCCAGGAGATTTCTGATATGCACTCCAGAGCTTGTATGATCGAAATCACCTGTACCAAGATTTTCTTTATCTATAGCTCTCAGTACCAGCGTGTTAACCAGAGGTCATCCTCTCATCTTCTCTGTACTCGTAGAAGCTCCAGGACTTGGGAACTGCAGATTTGACACTGTTATATCTGGTCAACCTTCCAGGGTCTGGTACATTGTTGAAGGTTTTGTGTCTATCTGAATCTAACATGGAGCCAGACTTGGTGCTAGGGGTTTATGAGTGACCTTATATGACACTGGTTCAGAACTCTTCTGTCTATTCACTGATTTAGGGTATCATTTGTGGATCTATGAGCTTAGTTCCACTGCTGAGGAGAAGCTGGCAACAATGAAGGGTCAAGGAAATCTACAGATTAAGTCTAACCACAGATTAAGAGGATACTCAAGGAGGTCAGCTAGTTCTGAGAGGTCCCGAAGAGTCCCAGGGATGTCCTAATTCTGGAACTTTTTAAACAGAGGTTGAGAGATCAGGTCTTGCATCTTAGGGGAACAATTAGTATCAAAGACCTCAGGATGAAGGGCAAGTTATAATCTGGTTGCATCATACAGCCTCCTTTGTATTCCGCTGAGAAGCAGCACAGGCTACTTTTCTTCACTTGTTGAATCCTAATGTGGCCACTAGCCAGGAATTTTTGGTCAAGGATTTAACAGACTGGATCCACTAGAAATAGAATTCCAGGACAATCCTGGCTCCTTTACAACTTGCTCTTTTTGATGAGATAACAAAGGATAATTTAGAATTCTAGAGGCTTATTTTGCAAAGCAGTGGAAGTTTCGAGAACATCTGGAGAAACTGGGAACATTGAGTTCTTTAGAATGTGGGGCTCGACCACTTTCCCAGAGTTACTGGTAGGGAATCAAAGATGTTCGTTGTATTGGAAGCTTCAAAGCAGGAACATTTCAGGCAGAACCAGCTTTACTTTTTATTCCTAGAAACCTCCCTTTCTATTGCCTTTATCACTGTCATAGTCACATTTCTCAGTGAGGCAGGAGACCCTCAAAAAGATCTTATTCCCAGTGATTCGTGTCCTTTTCTAGTGTTTCAACTGCCATTAAGCCTTCCTTATGCTCATTGATCTTAGTATATTTGCAATCAGATGTGACAGAGTGATTTGCTTTGGTTATCTGGCACTGTTTGTGGACTTCTAATCCTATCGTGTCTGTTGACTCTGTTGACTCTCATTCTGAAGCTTAATGTCTTAGACTGTTCCTTCCCTCAACAAGAGAGATATTAGTTGTCCCATATTATTGGAAAATTTAACACATAATCTGTAGAACCAGATCCACCAGTGTTTGAGATGATTTTAATTCCAATCTCTGTTCCTCTTGAAACTAATCATTTTGAGAGATTAACAAGGTAAGATTAGCTTGCTGTCTTCTAGCACTTTATATAAATTGGATCATATAGTTTGTAATCTTTCATGTCAGACTTCTTTCACTCAGCACAATGTTTTTGTCACTCAGTCATTGTTATGTGTATTAGTAGTTCATTGATTATTTTGCTAATTGTATTCTATTGGATAAATAGACTTCCATTTTTATTTTTATAAATCTATTCTCATTTTGATGGATTCTTCCCAGTTTTGGGTACTTATGCTTTAAAAGATATATTCCCATATATTTATTACTTTTCATCCTCTTCATTCCTTCTTAAACATAGACATGTCCATCTGAGATATGTGAAAATATATTTATTTTGTCTTCATTCTTGAAGAGTATTTTTGCTGTATGTAGAATTCTAGTCTTAAATTTCTTTTCCCTTTGACACCTTTAAGATACTGTTATACTGTCTTCTGGTTTCCTTTTTATTTTCTGCTAAGAAGGCAGTGATCATGCTTAATCATTATTTCCTAATTTATAATGTGTCATTTTTTCCAAATTGTTTTCAAGATTTGACTGTGATATACCTTAATAGTATTTGAGCCATGTGACTTAAAACATGTATTAGTGATGACATATAAAATCTTTAGCCTTCAAGATTAGATTTTTAAATCATAAATCATAATAGGTAGGTGCTTTTCAATATGCTCCCCTTGTAATCATTCCATAAAGAATTTCACACATTTTGCAAATACACATAATCCTTTTATTTCTCTGAGTTTCAGCTATTTATATATTTATATAACCATATACTATATATACATTTATATACACACTCATAGGTACATAAATATATCTATTTATATTTGCATATAAAACATGTACACATACATACAGTTTAATTATGTATATTTACCTCCAGATTTATATTTCCAGTCTCTGAATTGTTCTTTTAGTTGTTTCAGATGTGCCTCAAACCCACCAAAAAATAAAAGACATCTTTCCCTAATTTCTAAGCTGATGCTTTCCCCATAGTCCATATTCTTTATATGAATGACAGTCAGTCATACAAGCCAGATTTTATAGCCTTCACTGTGAGAACCCATTATCTATGTACAAAGTTAGAAACAAGCTATTAGTGTTAAAAAAATTATTAAGATATCAAGAGACACATTATTTCCCAGTTAACACTTGTTTCTATTTTTAAATCATTCTATATGTATTTAACCTTAAAATTCAATATAGTTACAGAATAACAAAAAATAATAGTAGTTCCTTTTAAGGATGTACTATAATCTTTTTTAGTGGCTGCACCTGAGATATATGTTGACTTCTTCTCTTAGGTATAAAAATTACACTACTGTGAACAGATTTGAGTACCTAAATTGGTTTGACATTTGTACCCAAGAGTCAAGTCTCTGTTGCTTGAATTGCTAGGATAAAGTGTAAACGTTTTTATTTATAAACAGTACCAGCTTTCCTCTTAGAATAATTATACTGTTTTATATGATCAAAAAAGTTTGAGTGTTTTTTCATACCCTAACCAGCACTTTCCTTCATTAAACTAAGATTTCTATTTTAAATTATTAAAGATAAATTTATTTATTATTGATTTTATAAGTTTTGTTGTTTTAAATTTAAATTTTATTTTGTATTTAAATAGTTGAGCCATCTAGAATTTATCTTAATGCAAGTAGTGCATGGAGCCAGGGATAATGAGAACTGCCCACTTCCAAACCTTCTTATAGGTGTTCCACAAACAATGCAGTACAACAAGAAAAACAAATACAACATAATATGTACACAAAACTACGCAAATAAATATAACAAACATACACAAACCCCACACTATCCGAGTAACTAGAAGGCAGGAAGATATGTGAGAAAGTAAAATAATTTAATTAGAAACGTCTAGTCCACTTCTTCAAAAATGGTACTTGGTAAGCATGGCCATAATCATAATTGCCATAAGGATTAAAATAAATTTTGGCTCATACTCAAATTTGAAATTCGTTTCAAGGAGAAATTTTTTTTCTATAAAAATTCACCCCATTTCCATATACTTCTGCTGCTCCTGCAAATTTCAACTGACATTCAACAGAAATGGATTCCACTTCAGTCAACAATATAAAATATTGGTACAATGAATTTGTTAGTGTCCAAATCTGGACTTGATACAATTGACTTTGATAGAATTATTGCCAAAAGCTTACTTTAGCTATTCAATTTTTCAGAAAGAAGTCTAATGGATGGATTAACTATTAATCTTTCTATATTTTTTCGGACTTTAGTGCTGTATTAAGATGGCTCACCAGAAAGCGTAGTGCGTGGACCATATTACATAAATTCCCCACAGAAATGATTTTGCTGAATTATGATTTAATGATTAATAATTTAACAGTCTGCACTCAACCATCTAGAAGTCAGATGCATGCCACTTCTATTTGATAAGTGCTTGCATTTTTTTTTTTTTGCAGTATCGCAGAAGGCAATGCCTGCTGTCTATTCATTCATTCATTCATCTAGTCAACAACCCAGGGTAGTTTGATTCAACATCAAAATTATCACTAAAATAATCTTCTGGGATAAGTGACTGGGTTGGATGACAGAATCAGTACTGATGAAACCAGTACTGATGAAACCAGTGCTGTGGTCCAGGATTTCTTTGTGGTTTGATTTAATCTTTAAAACCTTGTGAGATATATGAGGGATTCCAAATTTTATATATGAGGAAAGGTCAGGTGATGTTACTGAGGTCTCATAGCTGGGGGGTGGCAAAATGAAGAGTCCAAGATTATTTTCTTATGGAGTAGTAAAAGAAAAAGAAAAGGGATATTATACTAGGACTATGCAATAGGAAGACAGGCTAGCAAATTGGGTCTTGCAGTTTTGATGGAAGGTGTTTAAACCATTTTCATTGATGGCAGCATCCATGCAAGAAGTTTATAACCTCTTTTTTTGTATTCTTTTAAGGTTAATATTTTTAACTTAGTTTAGTAATACTTTTGGCAATCAGAATGGATCCCTAAAAATATCAAAAATATACTGATTTTGTTAATTCAATGCTGCATAGTTTTAGTTAGCTAATATTTCAGTCAGACTTTTATATCATGTGAAATTGTGCAACAAATTCAACCAATGATCTTAACCTTAGAAATGTTCCAAAATTGTAAGATGTTGAAATTAACAACCAATATTCGGATCATCCCACTGCCTGTAAAGGAGTATGTGCGTCCACATTGGTAGTTAAGGGGAAGGTCTGATGTCCAAACCAACCCATTTCATTTTTGACAGCTATTAGAAAGATCTTTACTTTCTCAAGCCAAATCTCTTCTGGCTTCACCTCATTGATTCTAGTTCATCCTTTTTGAACAACATGGA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Seq C2 exon
GTACAAAATTGGAAATGTTGGCTTCACCAGAACCTAAGGGCCTTGTTCCCTTCACTAAAGAGTCTTTTGAACTTATAAAACAGCATATTGCTAAAACACATAATGAAGACCATGAAGAAGAAGACTTAAAGCCAACTCCTGATTTGGAAGTTGGCAAAAAGCTTCCATTTATTTATGGAAACCTTTCTCAAGGAATGGTGTCAGAGCCCTTGGAAGATGTGGACCCATATTACTACAAGAAAAAAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136546:ENST00000409855:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.141
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development