HsaINT0161420 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000116266 | STXBP3
Description
syntaxin binding protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11446]
Coordinates
chr1:108746688-108752306:+
Coord C1 exon
chr1:108746688-108746786
Coord A exon
chr1:108746787-108752256
Coord C2 exon
chr1:108752257-108752306
Length
5470 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
TTCCTTTCTTTTTTAAACAGAGA
3' ss Score
8.89
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTAGGTTGGGAGTGGAAGGTGGTGGCTGCTGCTCCGCAGTGTCGGGAAGATGGCGCCGCCGGTGGCAGAGAGGGGGCTAAAGAGCGTCGTGTGGCAGA
Seq A exon
GTGAGTGCGGTGGGGTAGGGGTTGAGAGAGGGAAGGCCGGGAGGCTGCCGTGCCGGGCCTCGTTTTGCAGCCCCAACCCAGCGGTCTGTTGAGGAGCCGCCGCGAGCACTTGTTGCTTTGGGACCTGTGTGAGGACTTCTTCCTGCTTTCCTGCCCTGCCTTATTCCTTGCCAGCACCAGGGATGGGCGGGGTGCGACGGGACGCGGCCTTCTCGTTGGCGTCGGGCACCCCCTCGCCTCGGCCGCGCTCTGGCCGCGAAGCTCCGCCCCGGGTGAGCCGCCCGGCCCGGCTTTCCCTCCCGCGGAGCCCGTGCGTGCCCTCGGCCGCGCTCCCCACTCTTCTCCGCTCCCGTCCGCGCTCCACCAGTTGGGGATGTCTCTCCATCCGAGACAATTCGGGCGCTGTTTATTCCGCCCCCATCTCCACCCCACACTGGAGTTTGCAAGGACTGTTTATTCTGCTTATTCGTGTTAGTATCAACCCGTGCTTTTCAAAAAACCTCACTGTTTAACAGACTCATCTTCCCCTATTCCGAGAGGAGCCTACTTTCTGAAAAGTTCTTGAGAAGAGACCATTGGAATGACCGGTGTCCAGCCGTGACATCTTCCTGCATAGCCTGGGCAAGAGCCGCTCCTTCCGTTTTCCCTACTCTCGGGGGCCCCTCCCTGCTGTTAGGACCGGACTCCTTATTGGTTACTGATGTTCTGCGGTATCATCCACAACTTTCATAAACATCGCTCCAAACCTAGGTCTGGCAGGTTAGAGAAAGAATGAAACCACCCAACAGGAATAACCATCATTGTTTGGTATCTCTGAGTTCAAGATAATTATGGCCTAGTAGTGGAAAGGGAGTAGCATCTAATTAGTATTTCTTAGTCCAACTTGTTGAACAAAAAACAAATGATTTAGTCAGCAGAATTCTGGGAGTTAGAGTTCCTTGTCTAAAATTAAAAATCCAAATCAGTAACTGGGATAGTGCTTAACATATAGCAGGCACTAAGCAAATGTATAAATAGGTGAAAAATATGAAATTATCTTTTAAAAGATTAGATAATTTTAAGGTTGGCATTTGCTTTTTCAAGATTTACATGGCTGACTTAAGATTTGAGATGTTTTAAAACAATGGTATTTAAATACATTTATGTGAAAATGGGTAACAAATTGTGTTGTATAATTTCCAAGATATATATGTGATTAACATCCGCATGTATGTATTTAAGCCAGTTCTTTACATATTGAATCATAAGCTTTTCCCTTTTTCACATTTTCCTTCTGATCCTCATACAGATAAAGACATTGTTTTTATTATCTGTCATTCTGTGACTTCCTTTTTTTTAAACAACTGACATTGACTCAACATTTTTCATGTTGCTTCACAATCTCGTAATTAACATTTTAAATTGCTTTTTAAATACCTTGAGGTGGCAAAAAATTTTGATAGCAGAAAAGAAAAGAAAAAATTATGGCCAGGTGCAGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGGGGCAAGATGATCACCTGAGCCTAGGAGTGGGCAACAAAGTGAGACCCCATCTCTACAAAAAAATTTTAAAATTAACCATGTTTGGTGACATGCACCTGTGTTCCCACCTACATGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCCCTTCAGCCCAGGAGGCTGAGGCTGCAGTGGACATTGATTGTGCCACCGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGAGTCTAAATAAATAAATAAATAGCTAGCGTAAGCCCGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATTACAGCACTTTGGGAGGCCAAAGCAGGTGGATTGCTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGAGCAACATGGTGAAACTCTCTCTCTATCAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTAACGCACACCTGTGGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGTGGGAGGATCGCTGGAGCCTGGGAAGTTGAGGCTGCAGTGAGCAGTGATCATGCCACTCAATTCAGCCTGGGTGACAGAGCATAACTCAGTCTCAAAAAACAAAAACAAAAATTATTTGGGTAACTTTTGGACTAGTGGAAGATTAATTTAGAGATTAGGTAGAAGCCAGTCAGTGGAGGATGTTAAATAGTAGAGTTTAGATTTTATTCTATAAGCAAGAGTGAGCATTTGAGGGAATTTCGAGGTGTGTATTAATATAAACAAAGGGTTGTATTTCAGGAAGGTGACTCTGACAGCTGTGTGAAAAATGGATTGAAATAGCAAAGGTGTTGGAGGTGGAAAGCAGGAAATCCAGATAGGATTCTATTGCAGTACTTCAGTGAGAGAGAAGAATCAAGTCGATGCTGGGTGACAGTAGCAATGAAAAATAATAGCTACCAGGGAGAACAATCAATATGCCTAATAGGTGGGCGTGGGGAAAGGAGGAAATAGACAAAGACAATGACTAAGAAAATGACAATAATACTTAGAGAAATAAGTCTAGAGTAGTTTTCAGGGTGCTGTAATCTCAACTTGAGACATGTAGCTGCTTGTATCTGTATTGCGTAGTTGAATGAAGTTCAAAGAGAGAAAGGCTGTAAGATTGTGGAAAATCGAAAGATTAATATGATAGATGAAACTTTGATGATGAATATGGTCTCTGAGAAGACCAGCCACAGGAGCAAATTCTCTTACCTTTGCTCTGAGAACAAGCAGAGCAAAAGTAAGAGAATTGAGTCTTGAGATATATCCATATTTAGGATGCTAGAGAAATGGATATAAGGTCAAATGATTTTCATTAGTATTTAGAGGAAATACCTCCTTAGTTCTATAGTATTTGTTGATATGATTTCCTTTGACTCCTCTCTAAACATACCTACCTGTGACTGTGTCACTTTTTATGGGTGCCCTTACTATCTCCATAAAACTAGTTCGTTCTTTTAGACAATAACACTGACTCTGTAGGTATCTTCAGATTCTTTTTATTTTTTCGTCTGGCAGACACAGGTAGATCCAAGTATCTTCAGATTCCAAGACAGTTCTATCATTAGAAATTTAAAGCACATATGTAATTTTAAATTTTCTAGTAGTCACATAAAAAGGTAAAAAGAAAAAGGTAAAATTAATATATTATATTTGACCTAATAAGTTTTTTACATTCCTTTTTTTGTGCTAAGGTTTTTTGAAGTCTCATATGTATTCTGTACTTACAGGATATCTCAGTTCAGACTAGCCACATTTCAGGTGCTCAATAGCCAGATATGGCTGGTTTCCACCATCTAGGACAATGCAGTTCTAAGGTTTCAAAGACTGTAATGAGATGACTTCTGCTTGGGGAGCTTTTCTCCAATCTGCTCCATCATAAATTCCATGAGCATTCATTTCTTAAGAGAAAGACACAAATAAATCTGATAAAAACAAGCAAATGTCTTCAATTTTCAGCTGTTTGAGGTATAAGGAATGAAGCTAGCTTTGAAAGGAAAAGCAGCATAATATTTCTGTATCTGAGCTCTACCGGAGAAAATCCTTTATTTTTGCCTGTAGGGTTCTAGAAGCCAGCGCTTTTGGCTTAAATTATGGTTAAATATTTCGGACTTTCACCATAATTCTCATATAACACTATAATCCTCCTAGCAAACAATATATAATTATCTCAATTGATATTTCATAACACTTCCAAATCTTCTCAATCACAATACAACCTTCCAGATCACAATTCTAAAAATGACTATAAATAACTGAATTGCTTTTACTAACAACATTTCTGACACCAAATATGTGTTTTATTCCCCCCTCACACCAACCAGTTCTCCAACTCTGGACACCAGCTGTATTAGTGTCAGAATTGAAATGAATTGTAGGATATCCAGTTAGTTAGGAACTAGTTAGCTAGGAACACTAGTTAGTGTCAGACTCCACAGGTTTAAGGGCTCAGTCTCACAATACTGCCTTCACTTCAAATGCCAGTACCAAGTCCCTAGGTTACCCACACTTCTGTCTGTCTTGGCTACAAAGTCAGGAATTCCTACAACCTCCCTTCCCTTTCAGGTTCATTAATTTGCTGGAATGGCTCACAGAACTTCAGAAAACGCTTAACTTACTATTACCAGTTTATTACAAAAGATACAAATGAACAGCCAGGTTGGAGAGGTACATAGGGTAAGGTCAAAAAAGGTCCTAAGCATAGGTGCTTCTATCCACATGGAGTTGGGTGTCTCACCCTCCTGGCACATGGTTTGTTCACCACCTTGGGAGCTCTCCAAACTCTCTTAAGGGGTTTTTATGGAGGCTTCATTATATAAGCATGAATGATTACATCACTGGTGATTGAACTCAATCTCCAGTCCCTCTTCTTTCCCAGAGGTCCTGGGGTGGGGCTGAAAGTTCCAACCCTCTAAACATGGCTTGGTCTGGTGACCAGCCCTCAATCTAAAGCTGTATAGGGGCCCCTCACCCAAGAGTCATTTCATTTGCAGACGGAAGAGATGCTATCACTCAGGAGATTCCAAGGTCTTTAGGGGCTCTGTGCTAGGAACAGGGGGTAAAAACCAAATATTTTTTATTGTACCACAGTAACTGTTATTATTTATACCCTCTGATAGAAGAGCCGTCAGTTTTTAACATGACTTGTTACCAAAAACTTGTTGATAAATTTCCCAAAAGCATTAACTTAAATATAAATTAGGAAATAGAAAAGCTTAAGTTAATGAAATAACCATCTCATTAATAAGATTTAATGAAAAATAGGTTACTATAATTTATATTTTAATTATATTTTATGTATTACTATGTATTACTACCGATTTTAAAATCAATTGAACATTAATAAAACATAGTGTGGGAAATTGTTTTATTAAGTAGAACAGATATTTGTATAAATTGTCCACATGAATTATTTAATACATAATGGAAAATGTTTTTAAATCAGTGAACTAATTTTTAAAACATATTTAGATAATTTTGAAAGTCATTGTAAGGAACATATTTATTGATTATAAATCAAGACTGA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Seq C2 exon
AGATAAAAGCAACAGTGTTTGATGACTGCAAGAAAGAAGGCGAATGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116266:ENST00000370008:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0099518=Sec1=PU(0.2=5.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains