RnoINT0145652 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000020392 | Stxbp3
Description
syntaxin binding protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:619968]
Coordinates
chr2:211629076-211638788:-
Coord C1 exon
chr2:211638590-211638788
Coord A exon
chr2:211629126-211638589
Coord C2 exon
chr2:211629076-211629125
Length
9464 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGAGTGAGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
TTTTTTTCTTCTTTTAACAGAAA
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
CATAACGTCACCGGAGGGCGCGGCCCGTGACGGGGGAGGAGCCTCCCCTCCCCCGCCGGGAGGGGAAGGGCCGTCCCCCTAGTGCTGCTTTCAGGGCCAAAGTAGGTTGCGAGTGGGAGGCGGTGGCTGCGGCTCCACGGCTTGGGGAAGATGGCGCCGCCGGTGACGGAACGGGGGCTGAAGAGCGTCGTGTGGCGGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATAAAAACAACAGTGTTTGATGACTGCCGGAAAGAAGGCGAGTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000020392:ENSRNOT00000027666:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0099518=Sec1=PU(0.2=5.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Zebrafish
(danRer10)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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INCLUSION PATTERN[edit]