HsaINT0165228 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168778 | TCTN2
Description
tectonic family member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25774]
Coordinates
chr12:123679189-123687035:+
Coord C1 exon
chr12:123679189-123679289
Coord A exon
chr12:123679290-123686835
Coord C2 exon
chr12:123686836-123687035
Length
7546 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
CCTTTATGTTTGTCTTCCAGGAA
3' ss Score
12.29
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAACGTGACTGTCATTCCTAACCAGGTGTATCAGCCCCTTGGCCCTTGTCCTTGTAATTTAACAGCTGGAGCCTGTGATGTTCGCTGCTGCTGTGACCAG
Seq A exon
GTATGTTCTTTGGTTATTGGGCACAAAAGTTATGCTACCTGTGAGAACACCAGCAGTTCCACCAACAGCTTTTTTCATTTTTTATTTCTTGAGATAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTATGGTGATGCAATGATGGCTCACTGCAGCCTCGACCTCCCGGGCTCAAGTGATTCTCTTACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGGCATGAACCATCACACCCAGCTAATTGTTTTGTATCTTTTGTAGAGATGGGATTTTGCCATGTTGCTCAGGCTGGTCTCAAATTCCTGGGATCAAACAGTCCTCCTACCTTGGCCTCCCAAAATGTTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTTGCCCCAACAGCTTTTTAAGGGATGGTCTTCCAAAACTGAGATTATGTTTTCTATTGCAAATTGTTTTCAAATTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGCCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCGGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCCAAATTGAGTATTTTTTTAAATTTAAAAATTTTGGTGGGCGCAGTGGCGCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGTGGCCAAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCCGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGTTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACTAGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAGAATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAATCACACAACTTTTGAGTAAATTTTTTTTTTTTGAGACGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTAAGCCACCATGCCCGGCCTGACTTTTTTTCTTTTAGGCTTAGAGCAATACAACATATAAACTCTATTTTCTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACACGATCTCGGGTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGATTCAAGTGATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAACTGGAACTACAGGTGTGCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCACTGCACTGGGCCTAAATTCAGTATTTTCTTATCTGGCATAGTCAGTCTAGTTTTTGGAAGAAGGAAAGAATATCTCTTTGGATAAAATCATGATTGTGAAGATCATACTGGGGGGATGGTTTTAATAATATTTATTCAGAAACCTTTAAGAAATATAAAAAAAGAAAGAATAAGAAAGAACAGGCCTGGCGAAGCAGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGATGTGGGTGGATCACTTGAGTTCAGGAGTTGGATACCAGCCTGGGCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACAAAAATTAGCTGGGCATGATAGTGCAGGCCTGTAGTGCCAGCTCGGGAGGCTGAGCTGAGAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGGAGTGAGCTATGATCACACCACTGCATGTCAGCCTAGGCGACAGAGCAAGACTCTCTTTCAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAATCACAGGTTTTCAGTGATTTTTAGTAAATTTACACAGTTGTACAACCATCACCACAATCTATCTTCAGAACATTTCTACCACCCCAGAAAGAAATCGTGTGTCCCTGTAGCCGTTCCTATCTCCATCCCTCATCCAAGGCCTCCGTGAATCTGCCTCTGTCTCCATGAATTTGCCCATTTTGGACATTGCACGTATATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTCAGTGACTTTCTTCTTGCACTTAGCATGATGCTTTTAAGGTTCTTTTACCTTGTAGCAGCTGTTACCACTTCATTCATTTTTGGTGTTTGAATCCTATTCCATTGTATGGATATATCACATATTTCTTATCTATTTATTGGCTAATGGACATTTGAGTTGTTTCTGTTTTTTGGCTATTATGAATAGTGCCGCTGTGAACATTTGTGGACAGGTTTTTGTGTGAACATATGTTTCCATTTCTCTTGGGGATATATATAGTGGAGTTGCTGGGTTGCGTTATTACTGTATGTTTAACCTTTTGAGGAACTAGTTTCTGAAGCAGTTGCATCATTTTAAATTCCCATCAGCAATGTATGTGGGGTATAATTTCTCTATATCCTCACCAACAGTTGTTATTATTTGTCTGTTTGGTTATAGCCATGTTAAGTAAGTGTGAACTGATATTTCTTTATGATTTCCTTCTTTGTTTTTTTCTTTAAATTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGATAGAATGCAGTGGTGCAATCACAGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCCAGACTCAAGTGATCCTCTCACCTCAGCTTCCCAAGTGGCTGGAACCACAGGTGCACACCACCACACACAGTTAATTTTTGTGTTTTTTTGTGAAGGTGGGGTCTTGCTGTGTTGCCTAGGCTGGTCTACAATTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCTGGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTATAGGCGTGAGCCACCATGCTCTGCCCTCACTGTGATTTTGATTTATATTTCTCTAGTGGCAAATGATATAGAAGATCTTTTCATGTGCTTATGGGATATTTGTATATCTTTTTTGGAGAAATGTCTGTTTATACCCTTCACCCGTGTTTTAAATTGGGCTGTCTTTTTGCTGAATTGTAAGAGGGTTCACTATATATTCTGGATTCTAGTTTCTTTTTTTTGTTTGTTTTATTTATTTTTTATTTATTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCTAGGCTGGAGGGCAATGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGCGCAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCACAAGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTAGAGGGGTGAGCCACTGTGCCTAGCCAGGTTGTCTGCTTTCTTGTTGTTGTCCTTTGAGGCACAGACATTTAAAAATTTGATGAAGTCCAATTTATCTCATTTTTTTCTTCTGTTGCTTGTATTTCTGGTGTCATATTTCAGAAACCATTGTTTAATCCTGGCGAAATACACATTTAAAATTTTTTGGCCGGGCTCAGTAGCTCACGCCTATAATCCCAGAACTTTGGGAAGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTGTACTAAAATACAAAAATTAGCTGGACGTGGTGGCCGGTGCCTGTAGTCCCAGCTATTCCGGCGGCTGAGGCGGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGAGTCCATCTCAAAAAAATAATAATAATAATTTTTGATTAACCTTTTTTTCTGATTCTATTTATTTATTTATTTTTATTATTATTTTGAGACAGAGCCTTGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGAGCAGTGGTGCCATCTCCGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGCTTCAGCATTCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGCGATGGGATTACAGGAGTGAGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTGTCTTTAGTAGAGATGGAGTTTTGCCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCTGCCCACCTTGACTTCCCAAAGTGCTGGATTACAGGTGTGAGTCACCGTGGCTGGCCTTTTCTTATTTTTATTTTTAACCTTTCTTTTTTAACCTATCAAGAAGAAGCACTGAAGCACATTTAAAATTTTTTTTGAGACGGAGCCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGTCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGATTACAGGCGCGTGCCACCATGCTCAGCTAATTTTTTGTATTTTGTTGTAGAGATGGGGTTTCACCGTATTAACTAGGGTGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAATTGCTGGGATCACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCACAATTTTTGTTCTTATTTAAATTTAAGGGGAATGAGAACTGCAAAAGAAGAAATTTACTGGTACCCAAGTCCCAAGTCCCTCTCGTATTTGGGTGAGGACAGTTAATGTTTCATTGGTTTTTTACTTCCCCACTGGGAAATGCAAACTTATTTTTTTAAAACAGCTTCACTGACGTATGATTGGCATAGAAAAGCTGCAGATATTCAAAGTATCCTTGAATATGTGTTTGGAGATAAGTACACACCCATGAGCTCATCCACGCAGTCAATACCATATGCTTTCCCCTCACCTCCAAAGGTTTCCTTTGGTTTTTTTGGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTCCTTTTGTGGTGA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Seq C2 exon
GAATGCTCATCAAATTTAACAACGCTGTTCAGACGGTCCTGCTTCACCGGCGTGTTTGGAGGAGACGTCAATCCTCCTTTTGATCAGCTCTGCTCTGCTGGGACGACGACACGTGGTGTCCCCGATTGGTTTCCCTTTCTGTGTGTGCAGTCCCCCCTTGCCAACACACCCTTCCTTGGTTACTTCTATCATGGTGCTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168778:ENST00000303372:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF077736=DUF1619=PU(6.2=50.0)
A:
NA
C2:
PF077736=DUF1619=FE(24.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains