HsaINT0171564 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000166157 | TPTE
Description
transmembrane phosphatase with tensin homology [Source:HGNC Symbol;Acc:12023]
Coordinates
chr21:10921934-10933940:-
Coord C1 exon
chr21:10933852-10933940
Coord A exon
chr21:10921996-10933851
Coord C2 exon
chr21:10921934-10921995
Length
11856 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TAACTTCTTTTCTTTTCTAGATA
3' ss Score
11.03
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGATGGTGGTTTTCACCAAGGAAGTAAATGAGTGGATGGCTCAAGATCTTGAAAACATCGTAGCGATTCACTGTAAAGGAGGCACAG
Seq A exon
GTAATAACATTTTCCTTTTTATTTCTCCATTTCTAAAGACATGTAAATATACATAAAGTACAAGAACAAGATACGTATTGCTATTAATATGTATTAATAATTGTTAGCATTTTTAAATATTAGCTCCAAGACTGAAAGAAGGGAAGGAGAAAGGAAAGAGGAGAGGAGGAAGGGTAGGAGATAGGGAGAGGATAAGGAAGGGAAGAAAGTAAGAAAAAAGAACTAAGGAAGGTTGAGCATATTTTCCCTTGTTTTCCTAGTATTTGGATTTCTTTATTTTTGGTTTGCTAGTTTATATCTCTCAAAATACAAACAGTCTTTAATTTTAGAATATCAGAGTACTGTTATTTAAGGCTGATCTTTTTTATTTTTAAATTAACAAATAAAAAACCAATATATTTATGGTGTACAACATGATGTTTTGATATAGGTAAACATTGTGAAATGGCTAAATCAAGCTAATTAGCATATGCATTACTCCACATATTTTTGTGTGAGAACATTTAAAATCTACTGTCTCAGCAATTTTCAAGTATACATTATTATTAACTGTGGTCACTATGTTGTACAATAAATTTCCTGAACTTATTCTTCCTGTCTAACTGAAATTTTGCATCCTTTAATTAACATCTCAGGCTGGGCACAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGTGGATCACATGGTGAAGCCCCATCTCTACTAAAAATTACAAAACATTAGCCAGGTGTGGTGGCATGCACCTGTAATCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGAAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCGGTGAGCTGAGATCGCACCATTGCACTCCAGCCCAAGCAACAAGAACAAAACTCCATCTAAAAAAATAACAATAATCATAAAGTAAAAACCAACATCTTCACAATCCCCCAAGTTTTGTCTCCCCAGCCCCTGGTAACCACCATTCTACTCTCTGCTTCTATGAATTTGACTTTTTTAGATTCCACAAATAAGCAAGACATGCAGTATTTGTCTTTCTACGCCTGGCTTATTTCACTTAACATAATGTTCTCCAGGTTCGTCCATATTATCTCGAGTGACAGGATCTCCTCTAAGGCTGAATAGTATGCCTTTAATTATATATACCATATATTATTTATCCATTCATCCACTGATGACATTTAGATTGACTCCATAGCTTGGGTATTATGAATAATGCTGCAGTGAACATGGGAGTGCAGATTTCATTTCCTTTGGATATATACCCAGAAGTGGAATCTCCAAATCATATGGTAGTTCTATTTTTGGTTTTTTGAGAAATCTCAGTGCTGTTTTCCACAATAACTACTAATTTACATTCACACCAACAGCGTACAAGGGGGTTCCCTTTTCTCTTCATCCTCACCAACTCTTCTTTTGTCTTTTTGTTAATGACCATCCTAACAGGTGTGAGGATATCTCTTTGTGGTTTTAATTTGCTTTTCCCTGATGATTAATGATGTTTAGCATTTTCTCATTATACCTCTTGGCCATTTGTGTGTCTTCTGTTGAGAAATATCTTTTCAGGTTCTTTGCCCATTTTCTAGAGAAGTAACTTGTTCTCTTGCTATTGTGTTGTCTGAATTCCTTTTTTAAAAAATCTGTTAACCTATTATCGAATGTATGCTTTGTAGATATTTCTCCCATTCTGTAGGTTGTCTCTTTACTCTATAAATATCTCCTTTGCTGTGCAAAAGCGTTTTAGTTTGATACAGTATCATTTGTCTACTTTTTCTTTCGTTGCCTATGCTTTTCAGTCATATCCAAAAATATCTTGGCCCAGACCAATGTCAAGAAGATTTTCACCTATCTTTTCTTCTAGTAGTTTTCCAATTTCATGTTTCACAGTTAAGCATTTACTTTGAGTTGATTTTTGTATATTGGGTGAGATAGGTTGCAATTTCATTTTTCTGCAAGTGGATATTCAGTTTCCCCAGTATCGTTTATTGAAGAGACTGTCCTTTCCTCATCTTGGATTCTTGGCACCTTTGTTGAATATCAGCTGAGTATAAATGCATGGATTTTTTCTGGGCTTTGTATTCTGTTCCATTGGTCTATATGTCTGTTTTTGTTCCAGTAATATTTAAGGTTGTTCTTAAACTTTGTGAGAACCTTTTAGATTAAGGGAGCCAACAGAGACGCTATATCAAAAATTATACTGGAATTTTTATAGTGTAATGATACGAAGAAGTTGACATTGGTGGGGTGAAAATGGGGGAAAAAAGCCATTTGTAAATCCAACCAATTTAAGTTTAGTTAGATTTTCTCTCATTCAGGTTTGGGCTTTAAATAATCATCTAAGCATATTTCACAAATTTTGACAAACATAAATAATTACATTTTTAGTGGGCTCTAAATCAATTTTTATATCAAATTCCAGGAAAACATAGCACCATCAACTGACTTATATAATTCAGTAAAATCAAGTTTTTGTCTTATTGACTAGTTTCAAGCCCATTAGTTAAAATACAGGTTCTGTGTTTAGCTGTATATTAGTTAATATACAGGTTCTGTGTTTAGCTCTACAGGTTGGAATATTGTATATATACTGGAAATTTACAGTACCATACTTAAGAATATAGAGGTTGAATCATTTGAAATTGCCAGTTTTTAACCATCTTTTGCTTTAAAAATGGCCATTTCACATTGTCCAACCTAAAATGTTATTATTAAAGAAGTTAGCATCAGTTTTCTATTAACTAATGCTAATTCCTTGCTTGAAGGAAAACAATCATTTCAAATCTGACTTTTTTTCTTTTGTGCTGAGAGAGGGTTTACATTATTCTGTGTTCACATAATATTTTGTTGATTTTGTTAAAGGTTGTTTAGAGGGCTAATATTCAGCTGGTATGTACGAGAGCAGCCTCTTTTTTATGTGTTCATTCATATTAGTCTTGCTGTCTTCTGGTTGGTTGCTGCTTGCAGGTTACCAGTAGTATCGTGATAGTAAAAATATTTTATATTGATTTATAGAAGTTCTTTAAAGAATCTGGATGCCAATTTTTCTTAGTATTGTAATTATATTCTCCCCACATGTTGCCTTTTAAATTTGATCGTGATTTATTTTGTTGTACAAAAGTTTGTAAATTTTTGTTTTGTTTTGAGACATGATCTCGCTGTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCATTGCAGCCTGAACCTCCCGGGGTTCAAGCGATCCTCCCATCTCAGCCCCTCTGAGTAAGTGGGACTACAGGTGAGCGTCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTATAGAGACAGGGTCTCACTGTGTTGTCCAAACTGGTCTCGAACCCCTGGACTCAAGTGATCCACCCACCTCAGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATCATGCCTGGAGAGAAGTTTGTAATTTTGAATATAGTGAAATTTGTTTTTCTATGTGTGTGTATATATTTCACGCTTTTCTGTCATGTTTATGAAATTCACCCCCCTATACTGATGTAGTAAAGATATTCCACATTTCTTCAAAAATATTCAAGTTCCATTTTCAATATTTGGGTCTTTAATCTAATTGGAAGTTGGGGGAAGTGTTTTTTTCATATAGATAGCCAATTGTCCTAACACCATCAATTGCGTGCTGTTTTGTTCTCCATTAATTTGTAATCCCTCTCAGTAATATACCAAGTTTCTATAAATTTTCAAAACTGTTCCTAAGTTCTCTCTACCACACTTTTGTAATTATTGTAGCTTTATAATGTGGTTTGATAAAGGCATAATTGTCTTGCTCTTCTTGGAACTTTATTATTACATTCAATTTTAAAATCATTTTGTGAAGTGCCATAATAAAACACTTTTAGGATTTTTATTGGAACTACATTGAATTTATAGATTAACTTGAGAGAAGTGACAACTTTGCGATATTGAGTTGTACATGTGACTCATCTTGTTCATTCTTTAATAATATTTTATACTTTTTTATCATGTCTTTGCACATCTTTTCAAATATTCATTCCTGCACAAATTGTGACTGAAAATGGAATCTCTTTTTTTCTATTACATTTGGGTTGTTTCCAATTTTTATTGTGATGAATTATGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGAGATTAGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGACATGATCTCAGTTCATTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTGTGCCTCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGCATCCACCACCACACCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGTCCAGGCTGGTCTCAAATTCCTGACCTCAAGTGATGTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTAGCCCAATAATACTGCTTTTAAAAATACACGTTTCTTGTTGCACATGTGGCCACATTTTTGTTGAATGTATACCTCAGAATAAAATTGTTCTGTCTTAGGGTAATGAATCTTGAACTTTACTTGATAATGTCACCTGTTTTCTAAAACAGTTGTAACAATTTTTACTCCACTGGTATTGTAGACTTCAAGCATTCCATATCTTCCCCAATACTTGCAATTCTGAGTATTTTTATCTTTAGCCTTTGGGTGTTTGTGTGATGGCATCTTATGGTGGTGATCATTTGCATTTCTGTAATTAATAAGATTGAGGAAGTTTTTTTTAAGATTATTAAGTATGTGGATATCCTTTTTTGTAAAGTAACTTTTTAATTTTCTTAACCATTTTTCTCCTGGATTATTCATCTTTTTTTCTCCCGATTGTAGTTCTTTGTGTATTCTGATTTCAATTCTGTTATTGGTCATAAATGTATTTCAAGAAAGCTTTTCTGCTCTGTGATTTGCCTTTTCTGTCTCTCAGGAGTAGCTTTTGGTTAACAGAAGTTCTTAGTTGTATTACCGTCATATGTATCATGCTTT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Seq C2 exon
ATAGAACAGGAACTATGGTTTGTGCCTTCCTTATTGCCTCTGAAATATGTTCAACTGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000166157-TPTE:NM_199261:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF060189=CodY=FE(32.6=100),PF0078215=DSPc=FE(23.6=100)
A:
NA
C2:
PF060189=CodY=PD(14.1=61.9),PF0078215=DSPc=FE(15.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)