HsaINT0171688 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000131323 | TRAF3
Description
TNF receptor-associated factor 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:12033]
Coordinates
chr14:103243816-103296809:+
Coord C1 exon
chr14:103243816-103244012
Coord A exon
chr14:103244013-103296670
Coord C2 exon
chr14:103296671-103296809
Length
52658 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGG
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
CCAATCCCTTTATTTTACAGATG
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGAGCGCGGCGCGGCCGCCGCGTGCGCGAGCCGGGGTTGCAGCCCAGCCGGGACTTTCCAGCCGGCGGCAGCCGCGGCGGCCGCCGGCTCTTCCCCGCCCCCCGCCATGGGGCAGCCCGGGGAGCAGAACGCTGCGGACCGCGGCGGAGGACGCGCCCGGCGCCCCTGAGCCGGCCGAGCGGCGACGGACCGCGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)