DreINT0167129 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022000 | traf3
Description
TNF receptor-associated factor 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040801-257]
Coordinates
chr17:29222062-29232295:-
Coord C1 exon
chr17:29232039-29232295
Coord A exon
chr17:29222319-29232038
Coord C2 exon
chr17:29222062-29222318
Length
9720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTAAGT
5' ss Score
8.31
3' ss Seq
TTTTTTCTATCTCTCTTCAGGTC
3' ss Score
13.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTCTCTACCTTTTCGTGCACCTCAACCGAGCCCATTTCAGAACATTCCGATGTCAAAATGACCCGATTTGATCCGACGGCCGTTGTAGCCTGTTTGAGAAGCGAGGACGCAGCCGTGGCCGCGTAAATTTGGACGTTGTTGTCTCGGTGTGTGTCTGTCTGTCATATGAGTGGACCATCCGTGGCTCCATTCGTGAAATTCTTCAGAGAAACACGGTTGGAACATCGGACGACATCGCTGACCAACTGATTCAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022000:ENSDART00000031458:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.412
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0009720=zf-C3HC4=PU(76.3=34.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]