Special

HsaINT0171691 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
TNF receptor-associated factor 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:12033]
Coordinates
chr14:103296671-103336783:+
Coord C1 exon
chr14:103296671-103296809
Coord A exon
chr14:103296810-103336521
Coord C2 exon
chr14:103336522-103336783
Length
39712 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTTGC
5' ss Score
3.52
3' ss Seq
CTACTGTTTTTTCCCGACAGAAC
3' ss Score
10.79
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGGAAAATGAGGCCCAAAGAAGTGATGCCACTTGGTTAAGGTCCCAGAGCAGGTCAGAATCAGACCTAGGATCAGAAACCTGGCTCCTGGCTCCTGGCTCCCTACTCTTCTAAGGATCGCTGTCCTGACAGAAGAG
Seq A exon
GTTTGCTCTCAGTTAATTGATGTTGTTGTTGTTTTGCTTTCCTTTTGTCAGAAAGAGGCCTGTAATAACAACAGGCATCTAATTTAGACTCTGTAATTTAGAATTTTAAAAATTCTTGTCTTCCCTTCTTCTGGTTATTTATAGAATTTCTACTCAGTGTGCTGGAGTCACCCATAGGAGGGGCAAAGGGCATGACCTCTGCCCTTAACGCTGTGTGCTGTGATGAGAGATGGGTGCATAGCCGAGCCTGCAAACTGGAATGTTGGGATAAATTCTGGCTTGACATCTCCATTTCTGCCAGGCTGTGGTATTCTGTGTTCTTACAGAGAAGCTGCAGTGCCCAGCAGTTACCCAGGGGTGAATCTGAATCACCACCTGTTAAATCAAGGTCATGATACTGTATTTACTAAGGCAGGACAACATAGTAATTTAGGCTCAACTTACAAGTTGCAACTTATTACAAGTAATAAGAGGTTCGGCTTACAAGGTTTGAAATACAAATTGATTTTTTTAGCCAGATTCCATTGAACCCTGGTTTTTAATTTTCCAATCTTGAAAGAAGACTGAGATTTTACTGTATAACTCACTTAGGGTGACATTGTGTTTTCCTAAGTATTCTCAGTGATTTCTCCCATTCTCCCTATTCTTCTCACATGGGACTTTGACAGAGAGCTGCACCTGGGCTGGGTGTGTGGCCTCCCTCACCCAGCAGTATGGCCCAATGGTGCTATGTGACTGCTGAGTTAGGTCCTTAAAAGGGTGCAGTTTTTGCCTGGATGTTCTTTTTGGGGTACTTGTTTGCCATCCCTATGGTGAGGAAACCCATGTCGCCCACACAGGAGGACCACACAGTGAGCAGGGCATTGACATAACAAGGTGACTTCTGTTTTCTGAGTAACTTCCACCACAGTGGTGAAACTGTGTCCCCAAGCTCAGCAGGCGGAGGTAAAACATTTTTCAAAGAAAAGGGTAAGATAGGCTCTTGGTTTACCACATGGTGAAGAGAGGCCTCTGGCTCTTCCAAACTGTTGCAGATAGAGCGTGGAGTGCTGGGACTTCGGTCAGGCCAGGTCCTGCCGCCTCACTGTCCAGCTCTCCTGAGTGCTCCTGGTCTGCCTTGCTCTCTGCCCAGTGCTGCCTGCTGCCCGCTGCCCTTATGTGGAGTGACCTTCTGTCTCCCAGCCCCAGCCATGGGTCCCGTTGCCCAGAATACAAGAGCCTTTCTTGGCTTAGAACTTTAATTCAAAACCCTCAGTTCTTAGAGGGTTTGTTTTCCCTTTTTTTTTGGCCTGGGATTTTGAGAATATCTAATAGTGCTGGGCAGTTTTATCATTCATCATCATGGGTAGTTTGGTTTATTACAACTTGCAGCTTCATATCTTGTAAAACAAATTCATTTCTTGCTTTCAGATTTGCTTATCTAAAAGTTTTGTTCATAATAGTAACTTAGCACAAGGCTTCTAATATATGAGTTGATGAAAAGCACCTCCTGTATCACCTTTAATAAGGATAATTTTGAAGTGTAATTTAATGCCTGGAAGCCAGTTGGTACTGAGGTTTAATTTTGTACTTGGGAAAGAAGTGTGAGAAGAAAAGTATCCTTTTTTCCTTAAATTTATTTTTCTTAGTTGACATATAAAATTGTATATATATTTATCATGTACAACATGATATTTTGAAGTATATATATTATGGAATGGTTAAGTCTAGCAAATTAGCAAGTGTAAAGATAAACTCACAGTTATCTTTTTTTGTGGTGAGAACACTTTACATTTTTTCTTTCTTTTAAACATAAAATCTTTCAGAAAAGACGTCTACTTTCTCAGCATTTTTCAAGAAGAAAAGTATCTTTTTAACAAATACATTTTCTAAGCCCTGGTCTGCAACCCACTCCATTCAGTTAATATTTATCAAGCACTGGCCGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGTCAACATGGTAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAATATGAGCCGGGCATGGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTATGTCATTGCATTCCAGCCTGGGCAATAAGAGTGAAACTCTGTCCTCCCACCAAAAAATATATATATTTATCAAGCACTACCTACACACACACCCACTCTCTCTTATACACACACAAACACACTAATAGACATAGCAGTAATATATATTAAGCATGAATACAGCAAGAAGTTTGGTACCCTAGAATTAGAACGGGTTTTTTTTTCGTATATAATCTACAAAATGAGATGTTGAATTGATGTTTAATACTAAGCTACTTCTTAAGCATTTGATTTTTCTTACTGCATTTACCTATGTTTATAATTTTAAAATCTGAGAATTATAGAAAATACGTAATTTCTACTTATCTTTCAGATTATAGCTTAAATGTCCTCTCCTGGGGTGGGGGAGGTCCCCATATCCACATAAATGGGTGTGACCTCCATGTGCACTGTGCACTTCCCTTTGGTACTTTTCGTCTCACACACATGCACACCCTGCACAGACACACACACTCTTATTGCTGGTGTTCTGTCTTCTTGCCTGTGGACTGTCAGCTCTGTGAAGGGGAGGCTTCTGTCTTTCTTGTCCCTCTCCCTTCTGTGGCACTCAGTACATGTTGGGTGAATGAATGAATACTGGACACAGACGCTTTCCTTGAAGGTGGTTGGATGATCTACCCTTTCCTTATAGGACTTTTTCAGATGTTTTCAAATTCAACCAAGAAATCTTTTTTTTCTATTACTAAGTTACTGTTTTTCCAAATTATTGAATATTTCTATTTTCTCCTGCCTTTAAGGAGTAGGAAACAACTAAGAACAGATGATGTCTCATGTTGCGAATGGATCCTTCCTTCCTTTGCTTTTCCCTCAAGTTCTTTCTCATGCAAGCGAACACCCATATTGTGAGGGGTAGCAAATTTAAATGAGTCCTTTGCATTCGAGTATAGAGATGACTGAGGAGAATGAGGTAGTTTGGAAACACTAGAAAAATCTGCCTCAGTGCTTTTGATATTTTAATTTATAGGCAATTCTTTTAAGTTTCATTTTTCTCAAGACAAATGCCAGACTGTGGAAAGGGTGCTGTCATTTAAAAATATTCGGGCATGTGGCCGGGTGCGGTGGCTCACGCTTGTAATCCCAGCTCTTTGGGAGGTCGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAATTCGAGACCAGCCTGGCCAACACTGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAAGCTAGACTTTGTCTCGGGGGGAAAAAAAAGAATATTTGGGCGTGCATACTGCCCAAAGCGATTTACAGACTCTCTGCTATTCCTAGCAGATTACCGAGGACCTTCTTCACAGAACTAGAAAAACACTGCTTTAAAATTCATATGGAACCAAAAAAGAGCCCAAATAGACAAGGCAGTCCTAAGCAAAAGAACAAAGCTGGAGGCATTCTGTTACGCAACTTCAGACTATACTACATGGCTACAGCAACCTAACAGCATGGTACGGGTACAAAAGCAGACACGAATGGAACAAAAGAGAGAGCCCAGAAATAAGGCTGCACACCTACAACCATCTCATCTTCGACAAAGCTGACAAAAGCAGTGGGGAAAGGACTCCCTATTCAATCAGCGGTGCTGGGACGACTGGCTAGCCACATGCAGAAGATTGAAATTGGACCCCTTCCGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCACAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGACTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATTGGACCCCTTCCCTACACCATGCACAAAAATCAACAAAAGATGGATTAAAGACTGAAATGTAAAACCCAAAACTATAAAAACCCTGCAAGACAACCTAGGCAATACCATTCTGGACACAGGAACTGACAAAGGTTTCATGAAGAAAACACAAAAAGCAATTGCAACAAAAGCAAAAATTGACAAATGGGATCTAATTAAACTTAAGAGCTTCTATACAGCAAAAGAAATTATCGACAGAGTAAACATACATCTTACAGCATGGGAGAAAATATTTGTAAATTATGCATCTGACAAAGGTCTAATATCCAGCATCTATAAGGAACTTAAGAAACTTAAGAACTACAAGAAAAAAAACAACCCCATTAAAAAGTGGGCAAAGGGCATGCACAGTTAGTTTTCCAAAGAAGATGCACATGCAGCCAACAGGCATATGAAAAACAGCCCAAATCACTGACCATTAGAGAAATGCAAATCAAAACCACAGTGAGATAGCATCTCACACCAGTCAGAATAACTATTATTAAAAAGTCAAAAATAAGATGCTTATTTTGAGGGTATGGAGAAAAGGGAATCCTAATACACTGTTGGTGGAGTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAAGCAATATGGTGATTCCTCAGCTAAAAATAGAACTACCATTTGACCCAGCAATCCCATTACTGGTTATATATACTCAAAGGAATATAAATTGTTCTACCATAAAGATATGTACACATGTGTGTTCACTGCAGCACTATTC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Seq C2 exon
AACTCCTCTTTCCTAAAATGGAGTCGAGTAAAAAGATGGACTCTCCTGGCGCGCTGCAGACTAACCCGCCGCTAAAGCTGCACACTGACCGCAGTGCTGGGACGCCAGTTTTTGTCCCTGAACAAGGAGGTTACAAGGAAAAGTTTGTGAAGACCGTGGAGGACAAGTACAAGTGTGAGAAGTGCCACCTGGTGCTGTGCAGCCCGAAGCAGACCGAGTGTGGGCACCGCTTCTGCGAGAGCTGCATGGCGGCCCTGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000131323-TRAF3:NM_145725:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.317
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0443811=zf-HIT=WD(100=24.4),PF0009720=zf-C3HC4=PU(74.4=35.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains