GgaINT0054788 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011389 | TRAF3
Description
NA
Coordinates
chr5:52343752-52356471:+
Coord C1 exon
chr5:52343752-52343894
Coord A exon
chr5:52343895-52356214
Coord C2 exon
chr5:52356215-52356471
Length
12320 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGC
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
ATTTTGTTTCTGCTCCACAGAAA
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGAAGAAAGAAACCGGGCAGACTAGCAAAGTTCTTTTTGTCAAGAGTAAAGAGAACCCTTACAGAACATTGAGAAAGTGCTTTTTTTCTCCTCTCTTCTCAAGCTACAGATCAAATGAGATTCAAATAAAACGAAGGAAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATTATCTTAGAGCATGGACACCAGTAAGAAGACAGAACCCCCTTTATCTGTAGAAATGGTACAACAAAGGGCCAATCCTGATCGCAGTCCTTCAGCATCAATTTATGTTCCAGAGCAAGGTGGCTACAAAGAAAAATTTGTAAATGCTGTGGAGGATAAGTATAAATGTGAAAAATGTCACTTCATCTTATGCAATCCTAAACAGACTGAATGTGGACACAGATTCTGTGAGACTTGCATGAATGCCTTGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011389:ENSGALT00000018576:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.324
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF139231=zf-C3HC4_2=PU(74.4=35.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]