GgaINT1031403 @ galGal4
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr5:49742666-49754380:+
Coord C1 exon
chr5:49742666-49742766
Coord A exon
chr5:49742767-49754123
Coord C2 exon
chr5:49754124-49754380
Length
11357 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
ATTTTGTTTCTGCTCCACAGAAA
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATTATCTTAGAGCATGGACACCAGTAAGAAGACAGAACCCCCTTTATCTGTAGAAATGGTACAACAAAGGGCCAATCCTGATCGCAGTCCTTCAGCATCAATTTATGTTCCAGAGCAAGGTGGCTACAAAGAAAAATTTGTAAATGCTGTGGAGGATAAGTATAAATGTGAAAAATGTCACTTCATCTTATGCAATCCTAAACAGACTGAATGTGGACACAGATTCTGTGAGACTTGCATGAATGCCTTGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011389:ENSGALT00000018576:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]