HsaINT0184414 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr2:174081843-174094461:+
Coord C1 exon
chr2:174081843-174081978
Coord A exon
chr2:174081979-174094416
Coord C2 exon
chr2:174094417-174094461
Length
12438 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
CATGCATATTTCCCATGCAGCTG
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGCTGCCTTCCTTTGAGATTGGTGCATGGACGGAAGACGATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZAK:NM_016653:11
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)