HsaINT0185496 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000142065 | ZFP14
Description
ZFP14 zinc finger protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29312]
Coordinates
chr19:36367884-36379199:-
Coord C1 exon
chr19:36379163-36379199
Coord A exon
chr19:36367972-36379162
Coord C2 exon
chr19:36367884-36367971
Length
11191 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
GTTTCTTTTTCTTCTTTCAGCTC
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTTTCCGGCTTCGCTGCTGGTGTCGGCTCCGAGAG
Seq A exon
GTGAGTTGGTCGCTTGCACCGAGGCAATGGGCGCGGGGGTGGCGCGGGGGCGGCGCAGACCTCAGTGTGAGCCAGGAGGCAGTAGCTGTGGAGTTTGTGGCGCTGACTGGGCGCCGGGTGCCCTGTTGCGTCCTCTGCCTTCTCGCTTCAGAGCCGCCCAGGTCCAGCGGCCCGGAATGGCTCCGAGTTAGATACAGGAACCCCGGAGTGAATGAAGGCCCCCAAACAAAAAGACGCAGTCTGAAGAACTGCAGATTGCACAGCTTTACCCGAGCTCCCTCCCATGGAAACTGCGGGGAACTCGGAGACAGATCCCAGCCCCGTCTTCGTGTACCTGGCCTTTCGCTCTGATACGGGAAAGGGTCAGCTTTATTCCAGGCTCCCTGTTATTTCCATCGGGTTTTGCGCGCAGTAGACGGAGGGAGCAAGTGCGCTAGCGGGGGTGTGTCCTGCTCAGCCAAGGCCGGCTCCAGGAAAGGCCCGCGGTCTCAAGATTCCCGTCTCCTTTCCCAATCCTGCTGTTCTTTAGGAAGGCAGCGGGGAGAGGAGGAAATGATTGCTGTTGCATATAGACAAGTCAACATCCAGATGAGTTTGTGTTTCCGTTTTGTTCCATGAAGTGTAATTTTTATTTTTTCTGGGCGTGGGGGCATTTGCTTTCCTCTTCTGTGGAATGAAAATCAGCTCGGACTGAACAATGAAGCAGCTCTGTCATTAATCAGGCTAGGAAGGAAGAGACAGATAAAGCCAGTTGCAAAATTAATAGAAAACATGATTTCTCCCCAGGTGGTGCAGTAGTTGTAAAATGGCATAATGACTCCCTCTTTGAGAGATTACAGTTTTCTTACCAGTGATGTTCTAGACTTGCTTTGCTGTTTTCATTTTATTACTGGGGATACCCTCTTGATTACACTCATGATTGCATTCAATATCTCATTAATCCCTGCCTCTCCTAATCTCACCTCGGAAACAGCAGCCATTCCAGATTGCAGCTGTCATTAGATCCTCCTTAGAATCTTTCAGCTGGAACTCAACCGTTTACGAAAGAGCTTTTCTCGTCTCTCTCGTCCATTCTATTCCAACCCTTCCTGTGGAATTTTCTCCCTTTCTGCCAGTCAATAGATATGATTTTGTCAGACTATGCGGGCTTGTTCCAGTTAATCTTCAGCTAGTTAGACTTTAACCCCTGAAATGTCCTGTCCACTGACCTGGTGCTTTGGCCTTCCTTCCCAGTGAATGATGGGGTGATGAAGGTAGATTCCAATTCCTACCCCTTTCCAGTAGGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTGTATTTTTTGAGATGGAGTCTGGGTCTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATGTGCTCACTGAAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAGGATTCTCCTGCTTCAGCCTGCCAAGTAGCTAGAACTACAGGGATGAGCCACCGCACCCGGCCTCCAGTAGGTATTGACATGAGCATTTGGCAGTAATTTAGTTTCTCTTATGAGCTGCCTCTTTCTAATCATTTGGATGGTCTGGAAGTAAACCTCCTGAAGAGAAGCTAACTGCAGAGCTTTATTTTGTTACTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTAGAGACAGGGTCTCACTCTGTCCCTCAGGCTGGAGTGCAGTGAAGTGATCTCGCTCCCTGCAGCCTGGACCTCCCTGGCTCAAGCGATCCTTCCACCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGAGACCACAGGCACGTGGTCCCACGCGCAATTTTTAAATTTTTTTGTAGAAATGAGGTCTCCTTATGTTGCACAGGCTGATCTTGAACTCCTGGAGTCAAGGAATTCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCACGTAGAACTTTCATTCGATGGTGATTAGTTGAGGAGTTTACAGTTTAGATGGAATTACCCACTAGGTCTCTTTGATCCCCACCGCCCTGAGTTCAAAAGCAGGGAAAGGAGGTGGTTTGATTGGCGACAGGATCTTTTCTGCTTTTGAGGCTTTTAAGGAGTGACAATACGATGGGGTTTTTAGTGGAGAGGTCTGTGTTAACAAGGGAAGGGGTTATTAGAAGGGAAGGGAAGACAGTAGAAATTTGGAAAGTGGCTTGAAGTTTTTGACAGCATGAGTGTTTCAGGCCACGTATTTATCAGGTCTCATGAGATGCAGTTTAGTACAGTGACAGTCGTATGGGTTATGGAGCTAAAGTAGGGGGGTTCTAGTCCTCAACCTGCCACTTAAAGCTGCCTGAGCTTGGGGCAATTTATTTAATCTCTTTGTGCCACAGTTTCATCATCTGCAAAATGAGGATAATGATAGACCCTGCTATATAGGATGGCTCTGAGTAGAGGAATTAATATATGCAAAACCCTTAGCTAATGCTTGGCACATAATAAGTGCACAGTAGATTTGTTACCGTTAGGTTGTAATTTAATATTTTTCCTCATCACCCAGATCCAAAAATTGGTATCCTACCACATTTGTTTTATCTTTGTACCCTCCTTTTGTAAATTGTTGATAATCAAGAAGGATTGCCTATCAAGAGCAGGGCTGCGAAGAATTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCGGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAGCCACCCGCCCCAGGTTCAAACCATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGGTTACAGGCATGCATCACCATGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTAAGTGATCCGCCTGTGTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCCTGAGTAGAATTTTAAAAATAATTGTGGGAAGAAGCATATGTAGTATTCTTCATCTTTATTAATATAGCTGACTTTTATGAAATGCTTATTTACTACTCTAAGTGCCTTATATGTAGTATCTTATTTATTTCTCATAACAATCCTTTCAGGTAGAAACTGTAGTTCTCACCATTTCATATGGGGAACTGGAAAGTAACCTGTCTAATATCATGCAGAAAAATAAAAGCATATATTGGTAATTACAACAGTATACCAAATATCATCATTATGCATACTTAAAAAAAAAAATCTGGCCGGGCGCGGTGGCTCATGTCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGCATTACCCGAGGTCAGGAGTTTAAGACCAACCTGGCCAAAATGGCGAAACCCCATCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGGCGGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTACCCGGGCATGGTGGCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGGTCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCACGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCATGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAAGTTGTGGTGAGCCGAGATCGTGCTACTGCACTCCAGCCTGGGTGGCAAAGCAAGACCTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCCTTCCTGCTTTATTCAGCAATCTCACGATGAAGGGAAGAGATATCAATCTCATGATGGCACACACTGTCAAGTTTTGTCCAGATTATACTGAAGCTACAGGGTCTTTATGGAGGTAACTGGGTTTCATACAGATGTATGCCTTACAGTTTTTATTTTAATGATGTTATATGCAAAGTGAGACCAGTTGGTCAAGGAGACCCAACATCTGCTGGAGGGCTTCATAGGCATCTTAGCCAAAAGAACTGGTTCAGAAGCAAAATAAACCTGTTTATCAGGAAGATGTGAAAGGAAGCAGCATGGGGCTGCCTTCAGTGCTTAGAAGACATCAGTCAGAGACTTTTTGCCATTCTTTTCTAGGCCGTACTCCAACACACATGGGCAAATTAAATCATAGAGTTGGTTCATGAATGAGAAGCCGAAGTAAAAAAAAAAGCCACTCAGAAAAAACAGCATCTGTTTTTACAGTATCCTTAGCTTTTTTTCTCAGTTAAAAGGAAGACTGAAAGAACTTGAGCCGGGAAAGTCTTATTTGAAGTATTTGGGTATTTCAGGCTCACACTCTGTTTAATGTGGTGGTGCGTGTTGCTGGCTGTGACTGTAAACATTTTAACTGGTCCTGCTAGGGAAACATGATTTTTTTTTCTGTCAAAATAGTTTCACACTACACATGCTGGTATTTTCTTTTTTTAACACACTGGCTTCACCCATTCAAAATTAAGGCAACATCATTTTTAATGGTTGCATCATTTTCAATGGTATGGATAAACAACAGGTTATTGAATCATTCCGAAATTAGGTTCTTTTCAACTTTAATCCATTAATTCATTATAAACCATGCTGTCAGCATAGCTCTGCATAATCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCCCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAACGGCACGACATCGGCTCATTGCAACCTCCGTCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCCCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCATCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTGTAGAGAGAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGTCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCCCCGGCCATAGCTCTGCATAATCTTTATGTACAGATACAGTCCCTTTAGTGTCA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Seq C2 exon
CTCTGGCTTATCAGGACTCCATAGTTCTCCAACAGAGAAATCTTGAAAAGGACTGACCAGTTTTTGCAGTTCTAAAACCATGGCCCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000142065:ENST00000270001:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains