Special

HsaINT0185609 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
zinc finger RNA binding protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:29189]
Coordinates
chr19:3834771-3869027:-
Coord C1 exon
chr19:3868963-3869027
Coord A exon
chr19:3834982-3868962
Coord C2 exon
chr19:3834771-3834981
Length
33981 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
GTGTGTGTTTGTGGTTCTAGCGC
3' ss Score
8.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGACGCCAAGATGGCGACGAGTCAGTATTTCGACTTCGCGCAGGGCGGCGGCCCGCAGTACAG
Seq A exon
GTAACTGCCCCGCCGCGCCAGCCCCCGCCAGTCCCGGCCCCTGCAGCCTGGCCGGGACCCCGCCTACCCCTTCTCCCGCCGCGTGCGCCCGGCCCGGCCCCAGTCCCAGCCCCAACCTGGAACCCCGGCCTGAGGGAAGCCGCGGCGCCGGGAGAAGCAGGCGGGGCGGCCTCAGGTTAGGCACCGGGCGGGATGCGGGCTCCGGGGCTCCGGCTGAGACGTCTCTGCAGCCAACGGTGTCTGTCGGCGGGAGCGGGAGGGGGCTCCTGAAGTGGGAGGGGGCCTGGGTTTGGGCCTGGGCCTGTGCGGGGTCGGGGGGGTCAGCCCCTGATGGGGGCGCCACGAGGAGGGCAGCGAGAGGGGACAGACCCGGGCGGGGGGTGGGTGGTCTGACCGAGGAGGGGAGGGGACGGAACTGACCCAATGCAGGGAGGAGACCTGGGAGGTGCCTGGCCGGGGAGTGGGTGGGGATGGGCAGAGGGGAGCTGACCCCTGATTGCTGGTAGGGGAAGAGAAGACACAGACCTAGGAGGGTGTCTGGCTGGGCAGGAGGAGGGGAAGGGCAGAGGGGCATTGACCCCCGATTGCGGGGGGAGGAGAAGACACAGACCTGGGAGGGTGCCTGGCCGGGCAGGGGGATGGACAGAGGGTAGCTGACCCCCGATTACTTGTAGGGGAGGAGAAAACAGAGATCAGCGAGGGTTCCTGGCTGGGCAGGAGGAAGCCACAGTCGAGGGGTGAGGAATTGGCCCCTGATGGGGGTAAGAGAGAAGACAGAAACCTGGGAGGGTGTCTGGCTGGACAGGGGGAGAGCTAGAGCGGAGCTGACCCCGATTGCTGGTAGGGGGAGAGAATTCAGACCTGGGAGGGTGTCTGGCTGGGCAGGAGGAGGGGAAGGGCAGAGGGGCGTTAATCCCCGATTGCTGGAGGAGGAGAAGGCAGAGACCTGGGAAGTTTCCCGACTGGGCAGGGGGCAGCAACATTCGAGTGTGGAGGGCACTGACCCCTGATGGTGGGGGTAGGAGAGAAGGCAGAGACCTGGGAGGGTACCTAGCAGGCAGGGGCAGAGACCTGGGGTGGGGTGTGGAGTAGGGGTGGGAACCTGACCCCTGATGTGGGGTGGAGGAGAGAAGACAGAGACCTGGGAGGTTACCCCAGGGAGGGGCGGAAACCGAGGTTGGTGGGGAACTGAGGCCTGACTGGGGAAGGGGGACAGAGACTTGGCGGGAAGCCAGTATTATGTGGGAGGAGGTCCTGAGGTCAAATAAGAGGGTGGGCACCTGGGTTTCCAGGGAACTGGGACCCTGCTGGGACAGTGAGGAGGGAGAAAGGGCCCTGAGTGTTGTGATATTTAAGATCCTTTTCTAGGTCTTAAATATGTGGTCGTTTGGGAGGGGAGGGAGAGAAAGGATCCTGGAGGAGAGATGGCAGGGGATGGGGACACACTGGGAACTGGCCAGGGGCAGAAGGGCTCAGAGGGTAGGGACACACACGGGGTAAGTTTGTGCCCCAAGTGTACAAACACACACTCTACACTGTTCTCCCAGGCCTGCTCCTCGGAGCATCTCTGCTATCTTCAGCCCGTCCATCTGCCCCCAAGACTGGAGTCCCAGTCCGGGAGCCAGGGCTGGCATCTCTGAGGGGACCAGATTCCCCCCCCAACAGTTGATCATTTCCGCGTGTCACCCTTGTGTTAGTTTCCAGCTGGTAGCTTGCTATAACCTTGTTTCTCACAGTCCCTGCTGAGCCCCCACAGATACAAACCACCCCTTGGGCACCTCATAGAGGGGCCTCTGCTGAGCTCAGGGGGGTCTTTGCCCCCCGCGGTGTTCCTACTGCATTTCAGCACATGGAAGAGAGATCCAGGCTGGTGTTTCAGCTTCCCGCGGTGGAGCGGCAGTGCCGACCCTTCCACCAGTGCTGTGATATTGCTGTGCCCTTTCTAATGGAATCACAAAGAGAAACCACCCAGGGCTTGGAAACCAGGGCTGTGGGAATGAGGAGTGCATCTGTTTCCTGCACTCGGAGTGGTTTCTCTGGTGGAGTATTTGACTAGTAATGGATTTCCTATTAGGGAAAGAATCTATGACCTGCTGATTTCCCAGAATGGAGCATTTAATTTTTATTTGATCTTTTCTTTTGCTTCCTTCATCCTCAGTGGTGTTTTGATTGCCAGGGCTCAGTTAAAGCGGCTGGACTTGGCTAGCGATCCAGGCTAGTACAAACTTCTGGACACACTCCACCCCTCTGCCTGCTAGCTCTTCCTTCTTTTCTCTTTCTCTTCTTTCTTTCTCCATTGTATTCTTCCATCAGACGTGGAAAATCACTTGAATATTATGCTTGCTATTAAAATTACCTTCCAGAGGAGAAATTGAATGTTTATGTTGTTCAAATAGGTGATTGCTAAGCTTCAGTAGAGGCTTCTGTCATTGATTTGAATTAACGTGCTTATACATTTTAGCACAGCTACCTTCTGTGTTCTGATGGCTTAGGTGATACAGTATACACGCAACCCATTTTAGCACAGCTACCTTCTGTGTTCTGATGGCTTAGGTGATACAGTATACACGCAACCCGGTGTTGAGTTGTTGAGTTAGTCCGTCCTTAGAATTGCCGCAGAGAGAATGTGTTCTTCCTTAAGAAAATAGTAAGCTATTAACTAAAAATAACACAGGAATCATAGCAAAATACATTTCATTCTCACAAAACCTTGAAACAAGATGATAGGCATTATTTGAATGACTTTAGGTTAACTAGACATTCTTTCTTGTGGGAAATGACTTTTGTTTGGAAACTTTGGCTGCTTTTAAAGTACGTATGTTTTGGCCAGGCGCGGTGACTCAGCCTGTAAACCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAAGCGGATCGCTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTCCTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGTCGCGCGCCTGTAATCCCAGTTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACGCGGGAGGTGGAGGTTGCTGTGAGCTGAGATCATCACGTTACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGGGTGAGACTGTCTCAAACAAACAAAAAAGTACCTATGGTTTATATAACCTGCCATGAGAAAACTGATGAGATACCAGATTTTGTGTACCAATTTTATGGCAGCATTTGGACAGCAGTATTTACAACACCTGTTTCAAGAATTGCCAAAACAAAGGCAGCAATTCATTTTTTAGGAGTTTTGGGTAGGTTTTCTTAGCTTATAAAATTGATAACCAGGCCAGGCATGGTGGCTCATGCCTGTCGCTCCAGCACTTTCGAAGGCCAAGACAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGACATTAGCCTGGGCAAAATGATGAGACCTTTCCCCCCATCTCTATAAAAAAATTAACAATTAGCTAGATGTGGTGGTGTGCACCTATAGTCCCCAGCTGCTTGGGAGGCTGAGGTAGGAGGATCACCTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCTGTAGTGAGTTGGGATTGCAACACTGGACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACACTGTCTCTAAAACAAATGAACAAAAAAATGATAACCGTAGCCCTGGGTAGGAATTTCCTTAACATTTTCATCCATAAATAGGGTTGGTATCTGAACTGCTTAATTGTTGGTCAGTAAGAATTGGACCCACATTCACTCTTGAAGGCATAAGAAAAGTTTACAGTTAGCTGTTGATAATGTTGATTATCTTTATTTTATTTTATATGGTCTTATGAATCTCATATTTTTTTTTAGAAGTTGAATTAGTGCTGCAGGTCTTCAGAATGAAACATTAATCCCATGTGGAAAACTGAATGCAGCAGTGCTTTTAATTAGCACTGAGCGCAGGCCGGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCAATCTCTACTAAACATACAAAAAAATAGCCAGCTGTGGTGACGCATGCCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTCACAGTGAGCTGAGATGGCACCACTGCACTTCAGCCTGGGTGACAGAGCGGGAGTCTGTCTCAAGAAAAAGAGAGAAAAAAAGAAAAGAGAAGAGAAGAGAGAAAAGAAAAGAAAGATTAGCATTGAGCACAGTTTTTTAGCTGAGAATAGCTGAGGAGCTCCAACAGGGTCTGTACATGTTAAGTCACACTAGTCATGAAAGTATGTAGAGCTCAAAGTGGTGTGTTGGAAGTGCAGAGTAGTGGGAAGCGACAGGCCAGAGGCCTCTGCCGTTACCTTTCTCTTTGTTTAGCAGTTTGTCACAGTTCCACCAGTATTACGCAGTCGGCTAGCTGTGCCTTTGCATTCTTGTTAAATCTGAGTTAGAAGACTACTGGATTTTGGTGTAATACTTGATGTCCTGTCCAGAGAACCTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTGAGACAGGATCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCCGTAGCAGTCTTGGCTCACTGCAGCCTCTAACTTCTGGGCTCAGGCAGTCTTCCCCCCTCAGCTTCCTGGAGTGGCTGGGACGACAGGTGCGCACCACCATGCCTGGCGATATTTATTTTTGTAGAGATAGGGTCTTGCTATTTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACCGGCCTCAAGAGATCTCCTGCCTTTCCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCACTTCCTCCCTGCAATTAGATTCTGACACTATTAGCATACATTATAAGCTGAGCTCCTTCCCCTGGAGAGTTTCAGGAAGTGGGAGGCGGGGTTGGAACGCCATCACACTCTGTTAGTGATGGGCAGGATGCTCGTTGCTGGTTATTGATTCTCTGTG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Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
([1])
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]