GgaINT1000499 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1NLI6]
Coordinates
chrZ:9636610-9651790:-
Coord C1 exon
chrZ:9651706-9651790
Coord A exon
chrZ:9636893-9651705
Coord C2 exon
chrZ:9636610-9636892
Length
14813 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACC
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
ATTGTCTTTTTCCCATATAGCCA
3' ss Score
8.64
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCAGCCGGCTGGGAGAAGATGCCAAAATGGCCACCGGCAACTACTTTGGATTCACCCATAGCGGTGCTGCTGCTCAGTATAG
Seq A exon
GTAACCGCCGCGACCCCGCCCCGCTCCGCCCGGGCCCGCAGCCCGCGCTCGCGTCCCGCTGCGGGACCTCCCCGCCTCCTGGGGCTGCGCGGCCGGCGCCGCACCTGGCCCCCGCCCCGGGGCCTGCTCCGCTCCGCGCTCCGCTCCGCGCCGGGACCCTCCTGCCGCCGCCCCGCCCGCGGGCATGTGTGCTGCATCGACGCTCGCCCGGCCATCCCCGTGTGTGAGGGCGGGAGGTCGGGCTGGGCGCCGAGGGCCGGGGGAGCAGGAGACAGCATCGCGTCCCGGGGCCTTAAATTAAAATGGCTACTTTCAGTCGGCACCGACGTGTTCCGTCTGCGCCCCGAGCCCTTCGGCTCCTTCGGCCCCGCGGAGGGCAGGGCTCGCTCCCCAGGTCTTTCCCTCTAGCTCTGTCAGCGTGGGAGGGTGCAGTCCCCGTTAATCTAGGTTAAAATTACGCCAGCCCAGATGTGGGAGAGTGGGTGGATGAGGGAAGAGCTGGAGCCCCAGAAAATACGGGGGTCTGTCTCATTTCCCTATAATATTCTGTTATAATGAGCGTTCTGTCTAAGAAAATAGAGCAGGTACCTTCAGGGCCTATCACCTTTCAAAAAGATTTCCTTTCTTGGTGTTATCTAAGACCAGGAGAGGTCTTATAGTGGAGCTCGGGGACCTGAAACTGTACCTCTTGTTCAGAGGCAGTCCTGCAAATTTTCAGTTTTTTGTTCACCGAAGGTTGTGTATCAGATTGTAAAAAACAGAGTAGTAATTGGTAGCGTCTATTATCTCTTCTTCTGATATTAACTCATTTATTTTGAGGGGAAAAAAGCGGATATAAGCAGAAACATTTATGTTTTTGACTTGTATTAGAGTAGCAACCTAAAGCCTGCATTTAAATCCATGTTAGTTGTTTCATAAATCTGTAATGAAGACTTGCCTTGACTCTTAAGTCTTGGTTAATGGAGAAGAAAAAAAAACAAAACAAAAAAACCAGAGGAATAAAGCAAATACATGAGAAGTTATTAGAAACAAATGCATGTGCGCGTTACTGGTAAGAAGCTGATCAAACTTGAATACCTGACGTAGTTTCAGGAGAGTCGAGTTTTATGGAGGTCTTGAAATGGCTCTCAGACCGTGCAGCTATTCTTTCCTGGAAGCAGACATAGTATACTTTCATTTTTATTTACTTCCAATGTTGAATATTTAAAGGAAGGGATTAAATTCAGCATATCTTCTAGTTCTTCTAAGATGGGGTGCTTGCAACATGTTTATGTGCTACTTGACAGTTACAGTGAAATTTTAAACTGAGTCCTCATGAAATGTGGAAGAGTTTTTAAATAGCTTAGAGGATTTTTTTTTTCTTTTGGATTAGAAAACAAATGATCTGTAAGTGAACAATAAACTATGAGATCCATATGACTGTAATTACAAAGTGGAGATGAAGTTTTAAAGTTATTTTTCCTTTTATAGTGGAGCTGAGGGGTGTATAGATTTAAGAACTTGAACAACTCATTTGAAATTTACTTTTGCACTGCAGCTTAAAAACATAATTGGAATAAAGTTCAATTTCAGAACTGTTTTCATTTAATTGTAAATGTATTTTTGAAAAAAATGGGAAAACTGAACAAAAGGAGATTTGTCCTTTCCTACCGCAAGTACCGTAGGCTGTTCCATTTGTGTATCAGTAAAAGACTCTGTGTCCTATAAATGGTGTGTGTGCGTCTACCATCTTTGAAAGTTAAGAGACACAGCAGCCAGTGTTAGGGCAGTTCTTTCATAAGAATATAATATTTTGAGCAGAAAATACAGGAAGTGCTTAAAAAATCTGAAAGGGGAATTTATTATCAAAAAGCAGATCTGTCAGATCATTAATAGCTGGTTTACTGAGAGCCACAAAATGTATATTCCATTCCAGTATATTTGAGCAAAAGATGGTGGTGGTAGGGAAAGATAATTGAAGATTTAATATTGCAACAAGCTCTCTAAGCTGTCTTTTTTTGTTGTTGTTCACAAACACTGGTTTTCATAAAGAACACTTGAAATCTTACCTCACTTTATATTTAATCAAAGGCAGCAGAAGAACTAACTGCTCTTTAATCCTATAAATAATGGATTAGAAGCATTCTTGTTCCTTTCAATATTGTAACTGCATAAAATTTCCTGCTGCCCACTTCATTCAGAATTCTGTGAACTAGCCAGTAATAATATCATGACTTAATGAGAGAATAATTAAAGTATGCAAATACTGATCCCGGAAATTAATCTGAGTATTACTATTTATACTTTCTGCTGAAGGTGGTATTAGGGTCTAAAGTTATAAACCTGTGTGCAGTGTGAAATTCATCTGCTACTTATTTCAGTAACAATATTCCATTTATGTACAGGTTTGAAATAAATTTTTTAATTTGGCCATACCAGTCCTCTTTTGTGTGAATATGTGCACACTATAGTTCATTTGAGCCACTGAGTCTGTTCAGTTTGAGGTGAAGATCCTAATATTGGCTTGCATTCTGCGTGTAGGAAATATTCAGTGCATTGTTATGCTTTCATTTTAAAGTTGGCTGATAGACATATAGGGATACTGATGGGGAGATGAGGGCATTGAGAATTTAGATAGAGAAGTGGGCTTTTACTTGCTTGCAACTGCAGTGGTCTTATCGAATGAACTTGGTGTTAAATTTTTTTGTTTCTGTTAAGAAGAGTAACTCATTGTGTTTCATTTCATGATGTCCCTCCAGTAATGAGACAGGTCGTAAGGTAGGAAATCATTGGGTACTTAGAAGTGATTTATTAACTTTAAGCTGCCTGCAAGTAGCGCGAGTATTATCAATTCAGTATTGTAAGCCATAACAGGTAAGGGGAACGGTAGCAATTCAGGCACAGAGCAGATCACGGTGTGTGTAAGTTTAGCTTAAGATGCAGTCTTCTGTGCAGCAATGTAGACAGGAGTATGTGTGCTGTGCACAGTTTTACAGGACATTGAGAACTGGTGCAGAGCAGCAGAGGAAAGGGAAATGCTGTGAGTGGATAAGTTTGCTATTGAGAAATTGGGAGGAGTGTGGGTGTGTGTTATTTCTTTTTATTTTTCATGATTGATAGTACTTCACTTTTATTTCAGCAGTGTCTGTTTTTCGATCAGATGCAAATTCCAGAAGCATTTAGTATCAAGACTACTCAGCGCAGGCCTGCTAGCCCAACCTTAAAGTATCACCAAGCGTAATTCAAGCTTACAGTGGTGGACAACAGGAGAATAGGCAATACTGAGTAGGAGTTATAGCTTATTCTGAAGTGAAAATGCATTATTAGACAAACTTAAGAATATTTATTAATTTAGGTAGCGTTAAGCACACCCAACTCTTAAACATGGGCAACAAAACTGATAGTAAGAGAGCCGCTTCAAAAGCGATGCCTCCTATTTTATTATGCTGGCCCACAGTGTTAGAGGCAGATGGTGGGATGGCAGTAGAGGATGAACCTTCCCACCAGATTTCTGTTACGTTTTGTTGCTGTGTGGCAGAAGACAGCAGAGGGGCAGTCTGACAGAGTGGTGTCTGGCATGAAAGTGCACGTGAAGGAAAGCCGTGTAAAAATGGCACCCATTGACGTTCACTGTCTCTTGCTGAATGTTTATGGAAACGAAACAGTTGATGTGAGCACAGTGAGGCATTGGGTGCTGTATTTTAGCAGTGGCAACAAGTGACAGCTGTTCACCTCTGCTGATGCATATTTCTATGAGTATGGCATGCAAATGCTTGCTCACTGCTGGCAAAAATGCATAGTGAATGGTGGCCACTATGCTGTAAAATGGTGTTTTGTAACTGAGAATTTGCTTTATTAAAGTGTTACTGTGCTCTTTGTATCTGCTACAGATTCTGTGGAAATAAATAGGAAGCATTCCTTTTGGAACAACCTATGTAATTTTATCTCGTGATGAATGTATCTACATCATGGAGTAAAAACTCCCGACTCTGCTTTTTTTTTGGTTTTTTTTGGGGGGTTTTTTTTTTGGCAGAAGTGACTTCTTGGTACGATTAACCTGCACGGTACTGATTCTCCTTTGCTCAGTCTATGCTAGTCTTAAGTGCTATCCTAAACATTCTGTTTTAGCTTATGAAATATACACGATAAACCTCTAATAAGCTACTGCTGCTTATGCAAACCAGTGACACGCTGCTCTCAGATGAGATATGCCAACATCAGGAAGGCACTAAGAAGCTCTGGGTTTGGTAATGCAGACCATGTAATGGTAGTGACAGGGAGTTAGAGAAGGTTGCTGGTAAAATGGGGGGGCAAGGTGCCTCTGTAATCAGAGGAGCCTTTGTTGTTTCTGAAAGGGAAGTCTGCCAACTTGTTTAAATTTGCAGCAGGATCATTTGTGCAAGAGCCAAGCACTTGGGGAAAGTTTTCTGTTATTGGTATAGTTAAGTTCTTTGTAGTTGTAGCCTCAGAATGGTTTGGTAGTTTAGGCTTAACTCTGGAATGTTACACGATAAGTGAAATTTTGTCCAGTGGTTAAATAAAAGAATGGTAAAGTGTGGTTGCATTGTTGGTACTTAGAAGAGCAAAGCAGTGACTAAAGTCAGGAAATAAAGAATGTCTGAAGAATTGAATACAGTTTTCCATGCTGGTGAAGTTTCTTTCCTCTAATACAAAACTTGCCCGTCTTAGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATGACAAGGAAGATGTTAGAATTGCTAGTTTTTTAGGCAGATGTTGCATCTCAACTTGTTCTTTTTGTTTTGTGCTATCATTGTGGATATGGCTTTAAGAAGACTCTTGAATAAAAGCAACATTTTGATAATGGAAGACTGTGTAGGCGATGAGCAGCCCATTGTATGCAACAGAGTACAGGGTGGTAGATACAGAGTATGTATTGCATCACTGGTTTAGACACTTCAGTTATGGTGTGATGTGAAGAGAGCTGCCAGATTTGATTGGTTTTAAAACAAGTAGTGAGGATAAAGGTGAAGATTAATTAAACGGG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Seq C2 exon
CCAGCAGCCAGCTTCGGGTGTAGCATATTCCCATCCAACTACAGTGGCTAGCTACACTGTCCACCAGGCACCAGTTGCTGCGCACACAGTTACTGCAGCCTACGCTCCAGCAGCAGCTACAGTTGCAGTAGCCAGGCCTGCTCCAGTGGCTGTTGCAGCTGCTGCAACAGCTGCTGCATATGGAGGCTATCCTACAGCGCACACAGCTACAGATTATGGTTATACACAGAGGCAACAAGAAGCTCCGCCACCACCACCTCCTGTCACTACGCAGAATTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003235:ENSGALT00000005121:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.263
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]