HsaINT0185600 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000056097 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17277]
Coordinates
chr5:32419821-32444328:-
Coord C1 exon
chr5:32444229-32444328
Coord A exon
chr5:32420104-32444228
Coord C2 exon
chr5:32419821-32420103
Length
24125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACG
5' ss Score
7.74
3' ss Seq
TCTTGTACTCCACAATGTAGCCA
3' ss Score
3.11
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCAGCCGGCTGGGGGAAGATGCCAAAATGGCGACCGGCAACTACTTTGGATTCACCCACAGCGGGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCGGCCCAATATAG
Seq A exon
GTAACGGCATCCTGCCTTCTCTCTGTTCGCCCCTTGCTCTCCCCTCGGTCCGGATCCTGTCGATGCGACGCCCCCGCGCCCGTCCCCAGCCATCCCAGAGCCCCGGCCCGCTGCAGGCCTGGCCCGGCCCAGCCCGGCGGCCTCTCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCTTGCCCGGCCCGGCCCGGCCCGCGGCGGGGAGCGGCCCCCAGTAGGGGGGAGGTAGAGACGGCGGAGGTGTAGGGACGTGGAGGCCTCAGGGCCCTTCAGCGGCCCCTTAACTAAAATGGCCTCCTGCGGCCGCCGAGCGGAGCCGCCACCGCCGCCCGGCAGGCCCCCCAGTCCCCGCCTCCGCGCGTCCAGCCCCCACCTCCCATCTTCTTCCCACTTGGGGGATGGAGAGGGTGGCTGAAGGGACCTCACGGGGAGTGCCGTGTCGCAGGTCCACTGGCTTCTCGTGCGACGCCTCTCTGCGTCGTCGCCTGGTGCTTCAACCCCCGGAGCCCAGATAACGTGTCGTTGTCTCGGGTACCTTTTCCTCCGCCGTGGGGCTTCTTCCCCAGACGCTCCATCGCTAGCGAGTCCTGCTGACAAACTGCGGGTGTCACTGTGTTCATCGGGTTCCTTTAGTTTTTCCTGCAAGGAGAGAGATTCACATACCAACCACCTGTAAATTGTGTAGTTCTTAGACTGGAAAAGATGTGCGAAGTTTCTAGTGCTGATAAATGAGTGCCCAGCCTTGTTTGAGCTATGGAGTTTAGGCCCCAGGTGGGCCTGTCATTCTCCTTGCGGGGGTCTTTCCCCTGCGGGGAATGGTGGGGAGGGAAGAAGATGCAAGTGAGATTGTACTGAGTCATTGTAATGCACCGGATGAAATCCCTGCTTTAAGGGAAGCTCTCATTTCTGAAGTCTGTAGTTCATTATACATCTTACCAAAGACAAACACAACAGTGGATTGTTAAATTGTTACTTTTGAGTCAATCTGAGACTTTTGATTCAGGCCATAAGCGCACACGGCTCCTGCGTGATATGCTTTTTATGTATGTTAGATGTTGGTTAAACCCAGGCAGTTTTTTTCATTTGATTTACTTCAGGAGGCACGGTGTTTAATGGAAAGGGCATCATTGGGAGCCAGAAGACCCGAGTTCAGTCTCTTTTGCTCTTGATTTTTTTTTTTTGAATAAATAATTTTTCTTAGAGAGAAAGGACCTATGTTGCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGGCAGAGTCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTAGGATTACCGGCATGAGCCACCACACCTGGCCTCTTTTGCTCTTGATTTTATGACGTTGGGAACATCATATAGTTGGGTTTTCATGTTCATCATCTGTAAAATGAGATGCTGGGCAAACTATCTTTTTGGGCTGAAACTTGTGGTTTTGAGAAACCAAGTTACTGTTTTCCATGGCATCCTAAGATGCCATTTGTTGTAAAAGGTACCATTATTGTATGTAGCACTAAAAAAAAATGCTGCCAGTTAAGACACTGCTTAAGACTCCATTAAGAGATGTCAAAATGTATAAATGTGCATCATATTGGTGAAACTAGATTTTACTAATTGTTGAATGCCATGTGGCATTTTACAAGTGTTTTTTCATGAGGCCTGCATTCCAGAAAAAGCACTGAGATGACAAATTATTACAGCAAAATCTTGGGGGCATTTCAAGTATTAGCAAATCGTTTGCTTATAATTTTTGATAATTAGACAAAAAAAGTTTCAGCTACTTTGATAAAACTTTTTAGGACTTTTAAAAAATTCAACAGCTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGGTTACGTGGACTAATTATATAGTGAATTCTGAGATTTTAGTAGGGCTAATAATTTTCAAGGAGAGGAAAAAACCATCTTTTTCTCAGAAGAGATAGCTAATCAGCATCTGTGCCATAAATCTGCTGGCAATTACTAGTATTCCGTCTAGAAAAGATTGTGTTTAACCATTAAAATTTTACTTGTTTTACTCAGGTTTTTTCTGTTTTCCTCATATGGGCTGAGTGATAAGATTTGTTGAATTACTAACTTTATTTACTGTAAAGTGGTGGGTTCTTTGTGGCACTTCTGAAATGTTTTTCCTAAATGCAGACCTACAGATAGAAATGAAGAAAGGAAATGCTGATTTAAAGATAATTAATAATTTTTTGATAAAATATTTATGTGATTGTTTTATCCCAGTATAGGGAACTGTGACAGAATTTCTGTTTCTAATAATTTTTTTTTTGGCCTTGAAACTGAAAAGTTTAAACTGTAACAACAATCCAGGTTACTAAATTGATTAAGTGTACATCTGATGAGAAAAGACTAGTCTTTTGACATTACTTATATTGCTAAAACTTAGGCACTCTTGTACATAAGGCCTTGTATATAAACATAGTACATGAAAAGTGTTTGCATTTAATGGCAAGAAATCAGGCCCAATAATACTGGGAATTTTGGCAAGGAAGATGAATGAATAACATTAATAACAAAAGCACATGCAAAAAGTGTGGTGGTGATGCTAATTTTTCTTCCTGGCTGGAAATAATTATAATGGAACTTTTAGAGATGGAAGACCAAGGTCTACTTTACTAATATTTTTTCAAATTTGAAGATCTCAAACTCAGGAAAATCTTAAGTACAGTTCACGCCTGAAAACATATGCAGTTTTTTTTTTTTTCCAATCAAATTTGGATAGAAAATAGAGTATTCATGGAGGGCCAACTTTTTGTATTCGCAGGTTCCACAGGGCCTACTGTGGGACTTTATGTATGGATTTTTGTATACGTAGCGGTCCTGGAACCAATCCCCTGCTTATATGGAGGGATGACTGTATTTATGTGTGAATGATGTGATTGAATTGCTTCACCTATCATTGAATACAGATAAAGTAAACATCCTACACCTAAATGTAATTCCAGAGGCCAGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACATTGGGAGGCTAAGGCGGGTGTATCACCTGAGGTCAGGGGTATGAGATCAGCCTGACCAACATGGCGAAACCCGGTCTCTACTACTAAAAATACAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCGGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCGATTACACTCTGGCTGGGCAACAGAGACAGACTCCGTCTCAAAATAAAATACAATAAAAGTAATTCCAGCTCTTAGTTTTCTTGATTACAGTTCTGTAAGATATTTGATTAAATTTATTTTAGATTTAGACTTTTTAGCTTGTTAATATTTGAGATTCATAATGGCACACTAAAGATCAGATTCTTTAAGATGTAAAGACCTGTAATAATGAATTTGTCAAGTATGGCTACTAGTAACTTGTAGATTAGTTACCACATTTTTCATTTGTGTTCATGCATATTAGACAATTTTGTGGTAAGCGTTTCTCAGTCTTGTGTTCTAAGTCCCATAAACTATGGAATTTTTTTTTTCCTGTTTTGTATTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCCTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCTCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAGTTTTTGTATTTTTAGTACAGACGAGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCCGAACTCCGGTCCTCCGCCCGCCTCAGCCTCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCAACCTTGTTTTGCATTTTTTTAAGTCAAGTAAATAATGTCAGTTAAGTATTCGTTTGTATGTGTTTACATGTGTACGTTTCTGATAGCATGTTAATTTGAGGGTGCACAGGATAAAGCAGATTTCAGACATGGTGAAAATGTAAGGATGGCTTCATGGCCAAAAGGGAACTTGGTTAGGTAGATAACCTGTTAAGAGTAGAGTACCTTTTTTGTTTGAGGAAATGCACTTACATAAATCTAGTTTTATTTTTAAATAAATCTTGCGGAGAGAACTATTATGACAGTTCTAAGGACTTTAGGATAGCAAAGAATATGAGGAAAGGTAATTCTCAGTAGAAAAAACTTCCTAATAGTTTCATAGGATCAAAAATCATTTTTTTTAACTTCTTCATTGTCAAAGATAGAGAAGTTCTGATAGGAATTCTTCAGTTTTTGAGGAGAATTCGTGGCATATACATTTATAAAAGCATATGTAATAAACGTTATAAAATAATCCCATTATATCCCACAATTAATGAGACATAACCATTTCTTTGAGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACATGGTCTCGCTCTCTCACCCAGGCTGCAGTGTAGTGGTGATCATAGCTCACTGCAGCCTTGAACCCCTGAGCTCAAGTGATCCTCCTGCAATGGGCTTCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTACGCCCAGCCTCATTGAGAGTTGTAAACAGCCACTTTTTCTTTATTTATACTTTAGAAAAACCTTGGACATAGCAGTAAGTGGATTTTGACTATTGCTGTACCTTAAGCATCTGCCAGTCAAAAGAAGGCATCTCATCTAATGATTTTGAGATGTCTTAGGGACTTCCGTTCCTAAAGGATGAGATAACTCGGGTAGGGTAACAGTAGCTTGGATAGGCTGATAAGCTAATGAGTTTTCCTTTTTTCCTTTCTCTTTTTTACTTTTTATTTGAAAGTAGTGTTAAGAATATTGTGTCTTGAATTCAGGAAAGAATAAAAGTAACACTAGTAAGGTAGAAAAGGATTAAACACTGAGAAAGTAAAAAAACCAGGTGAACAGGTTTTTGAAACCAACCTTGGTGATGGAAATTTACTGGCTTTACAAGAAAAAGAAATATTG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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
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Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains