HsaINT0185600 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056097 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:17277]
Coordinates
chr5:32419926-32444434:-
Coord C1 exon
chr5:32444335-32444434
Coord A exon
chr5:32420209-32444334
Coord C2 exon
chr5:32419926-32420208
Length
24126 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACG
5' ss Score
7.74
3' ss Seq
TCTTGTACTCCACAATGTAGCCA
3' ss Score
3.11
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCAGCCGGCTGGGGGAAGATGCCAAAATGGCGACCGGCAACTACTTTGGATTCACCCACAGCGGGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCGGCCCAATATAG
Seq A exon
GTAACGGCATCCTGCCTTCTCTCTGTTCGCCCCTTGCTCTCCCCTCGGTCCGGATCCTGTCGATGCGACGCCCCCGCGCCCGTCCCCAGCCATCCCAGAGCCCCGGCCCGCTGCAGGCCTGGCCCGGCCCAGCCCGGCGGCCTCTCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCTTGCCCGGCCCGGCCCGGCCCGCGGCGGGGAGCGGCCCCCAGTAGGGGGGAGGTAGAGACGGCGGAGGTGTAGGGACGTGGAGGCCTCAGGGCCCTTCAGCGGCCCCTTAACTAAAATGGCCTCCTGCGGCCGCCGAGCGGAGCCGCCACCGCCGCCCGGCAGGCCCCCCAGTCCCCGCCTCCGCGCGTCCAGCCCCCACCTCCCATCTTCTTCCCACTTGGGGGATGGAGAGGGTGGCTGAAGGGACCTCACGGGGAGTGCCGTGTCGCAGGTCCACTGGCTTCTCGTGCGACGCCTCTCTGCGTCGTCGCCTGGTGCTTCAACCCCCGGAGCCCAGATAACGTGTCGTTGTCTCGGGTACCTTTTCCTCCGCCGTGGGGCTTCTTCCCCAGACGCTCCATCGCTAGCGAGTCCTGCTGACAAACTGCGGGTGTCACTGTGTTCATCGGGTTCCTTTAGTTTTTCCTGCAAGGAGAGAGATTCACATACCAACCACCTGTAAATTGTGTAGTTCTTAGACTGGAAAAGATGTGCGAAGTTTCTAGTGCTGATAAATGAGTGCCCAGCCTTGTTTGAGCTATGGAGTTTAGGCCCCAGGTGGGCCTGTCATTCTCCTTGCGGGGGTCTTTCCCCTGCGGGGAATGGTGGGGAGGGAAGAAGATGCAAGTGAGATTGTACTGAGTCATTGTAATGCACCGGATGAAATCCCTGCTTTAAGGGAAGCTCTCATTTCTGAAGTCTGTAGTTCATTATACATCTTACCAAAGACAAACACAACAGTGGATTGTTAAATTGTTACTTTTGAGTCAATCTGAGACTTTTGATTCAGGCCATAAGCGCACACGGCTCCTGCGTGATATGCTTTTTATGTATGTTAGATGTTGGTTAAACCCAGGCAGTTTTTTTCATTTGATTTACTTCAGGAGGCACGGTGTTTAATGGAAAGGGCATCATTGGGAGCCAGAAGACCCGAGTTCAGTCTCTTTTGCTCTTGATTTTTTTTTTTTGAATAAATAATTTTTCTTAGAGAGAAAGGACCTATGTTGCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGGCAGAGTCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTAGGATTACCGGCATGAGCCACCACACCTGGCCTCTTTTGCTCTTGATTTTATGACGTTGGGAACATCATATAGTTGGGTTTTCATGTTCATCATCTGTAAAATGAGATGCTGGGCAAACTATCTTTTTGGGCTGAAACTTGTGGTTTTGAGAAACCAAGTTACTGTTTTCCATGGCATCCTAAGATGCCATTTGTTGTAAAAGGTACCATTATTGTATGTAGCACTAAAAAAAAATGCTGCCAGTTAAGACACTGCTTAAGACTCCATTAAGAGATGTCAAAATGTATAAATGTGCATCATATTGGTGAAACTAGATTTTACTAATTGTTGAATGCCATGTGGCATTTTACAAGTGTTTTTTCATGAGGCCTGCATTCCAGAAAAAGCACTGAGATGACAAATTATTACAGCAAAATCTTGGGGGCATTTCAAGTATTAGCAAATCGTTTGCTTATAATTTTTGATAATTAGACAAAAAAAGTTTCAGCTACTTTGATAAAACTTTTTAGGACTTTTAAAAAATTCAACAGCTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGGTTACGTGGACTAATTATATAGTGAATTCTGAGATTTTAGTAGGGCTAATAATTTTCAAGGAGAGGAAAAAACCATCTTTTTCTCAGAAGAGATAGCTAATCAGCATCTGTGCCATAAATCTGCTGGCAATTACTAGTATTCCGTCTAGAAAAGATTGTGTTTAACCATTAAAATTTTACTTGTTTTACTCAGGTTTTTTCTGTTTTCCTCATATGGGCTGAGTGATAAGATTTGTTGAATTACTAACTTTATTTACTGTAAAGTGGTGGGTTCTTTGTGGCACTTCTGAAATGTTTTTCCTAAATGCAGACCTACAGATAGAAATGAAGAAAGGAAATGCTGATTTAAAGATAATTAATAATTTTTTGATAAAATATTTATGTGATTGTTTTATCCCAGTATAGGGAACTGTGACAGAATTTCTGTTTCTAATAATTTTTTTTTTGGCCTTGAAACTGAAAAGTTTAAACTGTAACAACAATCCAGGTTACTAAATTGATTAAGTGTACATCTGATGAGAAAAGACTAGTCTTTTGACATTACTTATATTGCTAAAACTTAGGCACTCTTGTACATAAGGCCTTGTATATAAACATAGTACATGAAAAGTGTTTGCATTTAATGGCAAGAAATCAGGCCCAATAATACTGGGAATTTTGGCAAGGAAGATGAATGAATAACATTAATAACAAAAGCACATGCAAAAAGTGTGGTGGTGATGCTAATTTTTCTTCCTGGCTGGAAATAATTATAATGGAACTTTTAGAGATGGAAGACCAAGGTCTACTTTACTAATATTTTTTCAAATTTGAAGATCTCAAACTCAGGAAAATCTTAAGTACAGTTCACGCCTGAAAACATATGCAGTTTTTTTTTTTTTCCAATCAAATTTGGATAGAAAATAGAGTATTCATGGAGGGCCAACTTTTTGTATTCGCAGGTTCCACAGGGCCTACTGTGGGACTTTATGTATGGATTTTTGTATACGTAGCGGTCCTGGAACCAATCCCCTGCTTATATGGAGGGATGACTGTATTTATGTGTGAATGATGTGATTGAATTGCTTCACCTATCATTGAATACAGATAAAGTAAACATCCTACACCTAAATGTAATTCCAGAGGCCAGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACATTGGGAGGCTAAGGCGGGTGTATCACCTGAGGTCAGGGGTATGAGATCAGCCTGACCAACATGGCGAAACCCGGTCTCTACTACTAAAAATACAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCGGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCGATTACACTCTGGCTGGGCAACAGAGACAGACTCCGTCTCAAAATAAAATACAATAAAAGTAATTCCAGCTCTTAGTTTTCTTGATTACAGTTCTGTAAGATATTTGATTAAATTTATTTTAGATTTAGACTTTTTAGCTTGTTAATATTTGAGATTCATAATGGCACACTAAAGATCAGATTCTTTAAGATGTAAAGACCTGTAATAATGAATTTGTCAAGTATGGCTACTAGTAACTTGTAGATTAGTTACCACATTTTTCATTTGTGTTCATGCATATTAGACAATTTTGTGGTAAGCGTTTCTCAGTCTTGTGTTCTAAGTCCCATAAACTATGGAATTTTTTTTTTCCTGTTTTGTATTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCCTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCTCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAGTTTTTGTATTTTTAGTACAGACGAGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCCGAACTCCGGTCCTCCGCCCGCCTCAGCCTCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCAACCTTGTTTTGCATTTTTTTAAGTCAAGTAAATAATGTCAGTTAAGTATTCGTTTGTATGTGTTTACATGTGTACGTTTCTGATAGCATGTTAATTTGAGGGTGCACAGGATAAAGCAGATTTCAGACATGGTGAAAATGTAAGGATGGCTTCATGGCCAAAAGGGAACTTGGTTAGGTAGATAACCTGTTAAGAGTAGAGTACCTTTTTTGTTTGAGGAAATGCACTTACATAAATCTAGTTTTATTTTTAAATAAATCTTGCGGAGAGAACTATTATGACAGTTCTAAGGACTTTAGGATAGCAAAGAATATGAGGAAAGGTAATTCTCAGTAGAAAAAACTTCCTAATAGTTTCATAGGATCAAAAATCATTTTTTTTAACTTCTTCATTGTCAAAGATAGAGAAGTTCTGATAGGAATTCTTCAGTTTTTGAGGAGAATTCGTGGCATATACATTTATAAAAGCATATGTAATAAACGTTATAAAATAATCCCATTATATCCCACAATTAATGAGACATAACCATTTCTTTGAGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACATGGTCTCGCTCTCTCACCCAGGCTGCAGTGTAGTGGTGATCATAGCTCACTGCAGCCTTGAACCCCTGAGCTCAAGTGATCCTCCTGCAATGGGCTTCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTACGCCCAGCCTCATTGAGAGTTGTAAACAGCCACTTTTTCTTTATTTATACTTTAGAAAAACCTTGGACATAGCAGTAAGTGGATTTTGACTATTGCTGTACCTTAAGCATCTGCCAGTCAAAAGAAGGCATCTCATCTAATGATTTTGAGATGTCTTAGGGACTTCCGTTCCTAAAGGATGAGATAACTCGGGTAGGGTAACAGTAGCTTGGATAGGCTGATAAGCTAATGAGTTTTCCTTTTTTCCTTTCTCTTTTTTACTTTTTATTTGAAAGTAGTGTTAAGAATATTGTGTCTTGAATTCAGGAAAGAATAAAAGTAACACTAGTAAGGTAGAAAAGGATTAAACACTGAGAAAGTAAAAAAACCAGGTGAACAGGTTTTTGAAACCAACCTTGGTGATGGAAATTTACTGGCTTTACAAGAAAAAGAAATATTG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VastDB Features
Vast-tools module Information
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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A:
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Main Inclusion Isoform:
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)