DreINT0177936 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000027109 | zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-378]
Coordinates
chr5:40538504-40542343:-
Coord C1 exon
chr5:40542262-40542343
Coord A exon
chr5:40538787-40542261
Coord C2 exon
chr5:40538504-40538786
Length
3475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTTTGTCCTGTCTCCTGCAGTCA
3' ss Score
10.91
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCAGCCGGCTAGGTGAAGATGCCAAAATGGCCACCGGCAACTACTTTGGATTTACCCATGGTGCTGGGGCCCAGTACAG
Seq A exon
GTAAGGGCCGTGATGTTTAATGGGGACTGCAGTGCTGGTGGTGGTACAGTAATGGTGGGATTTGGCCCCGATGCCTTTGTTGCTGGGTCCGGGTGGGGGCAGGGGGAGGGAGGCGATGGGCAACGCTTTAAACCTTGAGATGAACGTTTGGTAAGGAAATGATGCATTAAACGACGTTTTAGTTTAAATATGGCGATTAATGTGTTGTTTTTATGTATATATGACATTTGTTTTTTGATTTGCTAGGCAGATATATTGACACACACAGGATGTCATTGCATAGTACTTTGGGCCTTTTTAGGGAAATTATTTTAATTCGTGGATAAAATGCATGAGATGTTGTTATATTGTTTAAAGCAGTCTGCTTAACGTTACGTTATGTAAACATCCGACGTGACGATGGCTAGCAGGTGCACTTTTAAATTTTATGTTAAAATAAAGATAAGAATCTCAATACGTTTAAAAAATAATTAAAATGTTACAAAAGCAATAGGTTAAAAGTAATAGTCAAGATTTGAAGTTAGTAACTTTCATTCAGTTTACATTAACAGGGCGGTTTACCTTATAAGTAGACCCTTATCTCAGTTGGCTTCTGTTTATTTGATCCAAAGCATTTAATGATATAACACCATTCTGAAACTCTTTGTTGGTGTTCACGTGTGTATAAACGGTGATTTTTATCCCGAGCTGACGTGATAAAAGTGAACCGCGCGAGCGAGCACACTGCAGCTGTCATCTCTAGTTCTGCACCAGAGCAGATCTGCGCATGAGCGTCTCCGCGCTCTTCTTTAAGCTCCAGTGTTTTTAAGACGGAAGTGATGGAAAAATGTTGTAGTTCCACACTGTTAAAAACGTCGCCGTGACACTTTATCGTCTTTTTTATTACAAAATGTCGATTCTTGAGGAATGGCCGACGTATGTTGCGTCTGTAATATGTATGTGCGCGTTTGTGTTGTGAAGGGCGATGTCTTCACGGACGCCTCAAGGACTCCTTCAGTGTCCCTCTTGATTCGCCTTTTAAATGATCCTACTGTCACTATGTTGACGTTTTCAGTAATTTTAGTGCTCGTCCATTTTGTAATTGTGTACTGTGCTTTAAGAACTTATCCCAGGTTGTCAAGCTAGCAATGGTGTGATGATTTTCCTAAACTGGGATCATATTTCTAAGCAATTTGCCATTGGTTTAGTGTGTCATCATTTCACACAGTGTAGGATTTAGATTTCTATAATGCCTCAATTAGTTTTTTTTAATCAGCTGAAGGAAGAATTGGTAAACAAGCAAATCGGTTACAGATCTTTAAGCTGTTTTAACAAATGTGTACTCTACATAGGCATGGGGGACGATAAACGTTTAAGGTATACCTCGATTTGGAAAAGTCAAGGTTTTAAAACCGGCAATTTTTTTTCTAATACTGTTCCTAGGGTATGTGTAAGATTTTTTTTATTTTTTATTTATTTATTTTTTTACGTTTTTTAGGAGAACAGCATCTTCTGCAGAAAAGATATCTAAAAAAGCTGTTTCAAATTGTAAAGATCTGTGTTTTTGAATCAATGAAGACAGCAGAAGTCAATGATTCATTTGAATTTTTTAGTCTGACATGTTTACTGCTCCAAAATATTTTACATATTTCTCAAAATAAAATGTATTGGGTTAAAAGAGGAAAAAAATTGTTGTTTTTTACCCAGACATTTAAAAAGAATATATTTTAGAGCAGTAATCTCAATACTGTGAAATCGTGAAACCAAAATAATTTCATCATTGTGTCATTAACATTGTTATCATGCCAACAGAATCTTATACCGGCCCATGCCAAACTCTATAAAATCTATCAGTCACCCTGATTGGTGTTTTGAAGATGCAGAAAGCTAGAAAAGTAATGAACTTTCCTCTGAAGTGGATAAATCATCCAAAAATTAAGTTGCTGTTCTCTGTAATGCTTAATGCAAATCAATGGTGTTGTGCAATTTGACTCTCTATACAGCCAAAATAAATATAAATGCCTGAATATACATTTGGGTAATATGAAGTTAAGCAATCACTGCTGCATACTGAGAAACTTTTTTGAATTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTCATAATTTATCATTTATAATATGGTTGAGGTGTCCAGCAAAAGCACAAATACAGATTTGACTAACAATACCCTGCATATGTCTTCGCACTGTAGTAAACAAAGCACTTCAGCTCACATGTGAGATTTGTGCCTCTTCCATTTGGCAATGTCCATTAGAAGCGCAAGTGTTCAAAACTAAGGCCGAACTACCCTTTACCAGGAGCCATGGTGTTAACTTATTTTTTTTTAATACACTTTGACTTTCAAAGTGCCAGTAGCTGCAATTCAACTAGCGCCAAGGTTCTAGCAAAAATGTCTTGAATGGTTGAGGGCAAGTTCGTTGAATGCTGAATTTATTGTATGGCTGAACAATCGGTTTAATTTAATGCAAGATACTAAATGCAACCTTAAACAAAGTAAAATGGGAAGATTCCGGTAATGTCTTGGGAGTCGACTATACAAGGTAGTTCTAGCTTAGAGAGTCTGTCTCCCCCCCCCCCCCAAAGTTCTCTTTAATGAATGTTTGCACACTAATGTAGTTGAAAGGGAGTGTAAAATTTACACCTCATGTATTAAGTTGTTATATGCAATGTGACAGCCAATTTTTAGCAAAAAAGCTGTGAGAATGAGAGATGTGAGAATTTTTACTTGAGCTGTATCATAATTCTGGCCCATCTTTTCAATCAATTGATATTTGATCCTCACAATTTCAGCTTCCCACTAAAATTGATTGGCTTGTTTCAAAGTATTTAGATTTTATAATAAGTTAAGTATTTAGAGTCTAACCACTTAATTTATTAACTAAACTGTGCTAGATGGATGTTGAACAGGTTTCTGAAACTACATCGTTTAGATGGATTTGAGATTGGTGTGTGGAGGCTCAAGATTGTTGTCATGATTTTAAGCTTTTAATCTAATGGATAACAAGAGACCATATTTGCATGACATTTGTGTCTGCTTTTTCAAGTGAAAGCCACCCTAAGTCTTTTAATCCATTACTGATTGGGTTTCCTCCCTTGACGTGTATCTTCCCTTTCAAGCCAATGGATTTAGTGCATTAAATCCAGAAATCTATTATGAATCTAACTGAAAGATAATCTGCTGTAGCTTCAGTTGGACATTAACATGAACACAAAATTGCGTTGAAGGTCATAAGTATAATCTTCTTGTTGAATTCGACCAAATTGAAATCAGTAAGTTATTTTACTCCATGTGTAAGCATTATAATTGTATCATTAGTGTAGCCGAGTCCTGATGCCATGTTTTTTGAAGTACCTTTTTGGATGTAGTAATTATTTAATAATAGTATTTTTGCTCAATTTCAAACGCCACTGTTCAGCATTGGCATTTGTAACAATGTAAGCTGTCAATGTTGTAATCCAGGGATTTTTGTCCTGTCTCCTGCAG
Seq C2 exon
TCAACAGCCGGCCGCTGGGGTTGCATACACCCACCCCACTACAGTGGCCAGCTATACTGTACATCAAGCACCTGTGGCAGCGCACACAGTGGCAGCAGCCTATGCCCCTACAGCCGCCACGGTTGCTGTTGCAAGGCCTGCGCCAGTCGCTGTAGCGGCTGCGGCTAATGCTGCAGCTTTTGGGGGATATCAACCAGCCCATGCTGCCACGGATTATGGATATGCTCAGAGACAGCCAGAAGTACCCCCACCACCACCTCCAGTCACCTCACAAAACTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000027109:ENSDART00000074789:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.293
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]