MmuINT0180095 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022201 | Zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1341890]
Coordinates
chr15:12047994-12066433:+
Coord C1 exon
chr15:12047994-12048093
Coord A exon
chr15:12048094-12066150
Coord C2 exon
chr15:12066151-12066433
Length
18057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACG
5' ss Score
7.74
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCAGCAGCCAGCTTCGGGTGTAGCCTATTCCCATCCAACTACAGTTGCTAGCTACACTGTCCATCAGGCTCCAGTAGCTGCTCACACAGTTACTGCTGCTTACGCACCAGCAGCCGCCACAGTTGCAGTTGCCAGGCCTGCTCCAGTTGCTGTTGCAGCTGCTGCAACAGCTGCTGCATATGGAGGCTACCCCACTGCACACACAGCAACCGACTATGGTTACACCCAGAGGCAACAAGAAGCACCACCACCACCACCCCCAGCTACTACACAGAACTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022201-Zfr:NM_011767:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.011 A=NA C2=0.261
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: