RnoINT0168803 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011627 | Zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:RGD Symbol;Acc:1311890]
Coordinates
chr2:62150819-62170684:+
Coord C1 exon
chr2:62150819-62150918
Coord A exon
chr2:62150919-62170401
Coord C2 exon
chr2:62170402-62170684
Length
19483 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACG
5' ss Score
7.74
3' ss Seq
TCTTCTACTTCACAATATAGCCA
3' ss Score
4.29
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCAGCAGCCAGCTTCGGGTGTAGCCTATTCCCATCCAACTACTGTTGCTAGCTACACTGTCCATCAGGCTCCAGTAGCTGCTCACACAGTTACTGCTGCTTACGCACCAGCAGCCGCCACAGTTGCAGTTGCCAGGCCTGCTCCAGTTGCTGTTGCAGCTGCTGCAACAGCTGCTGCTTATGGAGGCTACCCCACTGCACACACAGCAACCGACTATGGTTACACCCAGAGGCAACAAGAAGCACCACCACCACCACCCCCAGCTACTACACAGAACTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011627:ENSRNOT00000016196:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.266
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]