HsaINT0185987 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121741 | ZMYM2
Description
zinc finger MYM-type containing 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12989]
Coordinates
chr13:20067239-20082130:+
Coord C1 exon
chr13:20067239-20067390
Coord A exon
chr13:20067391-20082015
Coord C2 exon
chr13:20082016-20082130
Length
14625 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTAGT
5' ss Score
7.15
3' ss Seq
GGCTTTTTTTTTTTTTATAGTAT
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TATTTGTGTGGAAGTAATCGAAAAGACAACATATTTATTGATCCTGGATACCAAACATTTGAGCAAGAATTGAATAAAATACTGCGAAGCTGGCAACCAAGCATACTTCCAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121741:ENST00000382870:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120123=DUF3504=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains