HsaINT0185996 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121741 | ZMYM2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:12989]
Coordinates
chr13:20593687-20600902:+
Coord C1 exon
chr13:20593687-20593758
Coord A exon
chr13:20593759-20600751
Coord C2 exon
chr13:20600752-20600902
Length
6993 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
TTTTATGTTTCAAATTTTAGAAA
3' ss Score
8.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGGTAGCCATCCAAGCTTCCTGAAGGAGGTTCGAGATCACATGCAGGACTCTTTCTTAATGCAGCCTGAG
Seq A exon
GTAAGCAGGAATGTAAATGGAGTTCAAGGCCTTAACATTTTTGAGCACTGCTACTACTGTCATTAATATGTATCTGAAAAATCTTGTCCAATTTGAAATATATTAAAATTTCCAAACTTAAATTGTATCAAATGATGAATGTTTTATCTCTGAGACATAGATTTCTAATTTCACTAATTTTACATGTATTTTCTTGTGATATGCTCATTTGTCTTTAGTTATTTATGTTCTTAGGAAATTATTTTCAGATTTTTTTAGTGCACAATACCTTGTACACAGTAGGCATTTAATAAAGGGATATAAAAATCCTCTCTTTTGTGCCTACCTGAAAAGTTAAAAAAAAAACCCTTTCTTTCAAAAAAATTTCTAAGTCTGTGTTCCTGTTAATCCAGATAAATGAATTAGTAATGAGTAATAAGTGTTTAAAATTAGGAAGACTTTTAACTGTAGTACAGTTATCAAGATAATGAAATTTACATCAGTAAACTATTATTGTCAGGTTAGTCAATAGAGCGTATTCAAATTTTGTCTGTTAATGTCCCTTACAGCAAATGAAAAACAATTATTTCTTGTCTAGAATCCAGTACAGGATCATAGGCTATTATTATTCCTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGCACCATCTCGGCTCACCGCAACCTCCGCCCCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGTCATGCACCACCACACCCGGCTAATTTTGTATTTTTTTAGTAGAGATAGGGTTTCTCCATGTCGGTCAGGCTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAGTGTTGGCGTTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCATTATTTCTTTAAATATAGTTTTTAGGCCTTTTCCCAACTCTCTTCTTCTGAGACCCCAATTCCAGATAATTCCTGCCACTTTCCCACAGTCACTGAGGCTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGGTATTGTTTTGTATTGTTTTTGTACTGTTTTGTATTTATTTTGCATTGTGGTTTGTATTTGTATTGTTTTTCCCTAGTCTTTTTTTCCTTCTGTACTCCATTTTGGAAAGTTTCTATTGCTGTATCTTTAAGTTTGCTGATCTTTTAAAATCACCTGTGAATACCATGCAGCATATTTTTTCAGATGTTATGTTTTTCGTCTCTAAAAGTTCCATTTGTCTCTTTTGTATCTTCTATTTCCTGCCTAATTATGTTCATGTTTTCCTCTACTAATATTTTAATATATTAGCATATTTATAATAGTTCTTTTAACATCTTTGCCTACTGTTTACTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGCCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCTGCTCACTGCAAGCTCTGCCTTCCAGGTTAACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGACTGCAGGTGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCTTACTGTTTTCATATCTGCCATTTCTAGATCTGTTTCTATAGTTTGATTTTCTTTTTTTTTCTTCTTCTGGGTAATGAGTCATGTTTTCCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGCCTGTCATTTTTAAGTTTGATTCAGAATATTGTGAATTTCACATTATTGGTTGCTGGATTTTGTTGTATTATTTTAAATGTTTTGTTGGACTTTGTTCTGGCATCCTGTCAAATTAACCTCGAATTATTTGGATCCTTTTGAGGCTTGCTTTTAAGTTTTTGAAAAGACTTTGGTAGAGCAAACTTTAGCCTGGGGCTATTTATTCATACTACCGCGGTGATACCTGGAGAGATCTGAATCATCCCCCGTATTACAAGGTCATCCTACTCTTGAACAGGTAGCAATACAGAGTACTCCTGGCCATGTGTGTTCTTTGGGAATTGTTAGCCTAATGCTTTCTTGTGGTTCTGGGGTTCTTTCTCTGGCCACAGGTGCTTTCTTCTCATGAATGCACAGATCAGTTTTCAGCCAAAATATGTCTGTAGATGTAGTTTTAAGATCACAGATCAGTTTTCAGCCAAAATACGTCGGTAGATGTATTTTTAAGATCAGAGCTTTTTTGTGCAGCTCCATCATCATCAGTACTCTGTTTCCCAAATTCTAGCTGCCTTGAAAGACTTGTGTTTCCTCAACTCAGTGAAACTAGTAAGTAGGCTCTGTTAACCTCCCCTTCCCCCAGCTACTTCTAGGCCTCAAGCTTTGGCAGCCACAGGACTCACTTGATTTGTTTCCCTTTTGTTAGGTATACAGTTCTGTGCTACCTTGTGTGTAGAGTTTGAAAACCATTGTTTTTTTGTGTGTGTGTCTAATTTTCTAGTTGTTAAAGGTGGGTGGGAGGTTTAAATCTAATTTCTGTTAGTTGGGAGTGGAAGTTACCTCTGCTTTAATCTAAATAGTTCCCTAGTTTTTGTTTGTCTTTTATGACTTGACATTTTGAATACCACTTTGGAGAGCATCCCTCAATTCGTGTTTGTTTGATAGTTCCTCAAGATTAGATTGAGGTAATGCATTTTTGGCATGAATACCTCATAAGCGGTGTTGTGTCCCTCTTCGTGCACATCAGGAAGCACATGATGTCTATGTTTTCCATTATTGTGTGTTAACTTGTTTAAGGGGATGTCTGTCAGGTTTCTCCAGGGTAAAGTTGCTATTTTTCCCTCTGTATCTGTTTAAGTTAAGCAAACTTTTCACCCACTATTTTTAGCATCTGTTGTCAATTAGAAAAAAATCCTTAAATTACAAAGTTAGAATAAGTCTGCTAAAAGAAAAATTGTAAATTAAACAGTAATAGAGAAAAGTAAAACATGATGGTATATACATTTTTAAACCGTTTTTTCTCTGCACAGACAAATCTTGCAATATGAAGAGATGATTTCCAGGTTTTATTGAATAAATGAATTGTAATTTTTACTTGAAATTATCTTATTTAGTATAATAAATATTACAATATTATGTCATTGTTTGAGTTTTATTGCCACTTCTTCTAATCAAGGTTCTTCACTATTTCAGTGCTTTGGATTCCTTTGGTAATAAGGACAGATTCATTCTCAGAATGTTATTAAATGCATAAAATACCTATGATTACAAAGACAACCAATTATATCAAAATACAGTTACCAAAATATTTTTTAAATTTTTGAAATGTGCTGCTTTATTTTAATGTATTTAGGAATAAAATCCAGTGGTTAATAACTATAATTTTGAAGTAAAGTTGAATGTAATTGATATATTAAGGGATACTAAGAATGATATAAAAATTGGGAATTTTTATTTTTGACAGTCATAGGCCCTATTAAACTAATGAAGTAAGTTTGTTGCCTCCAATCAGAGTGAAAGAGAATGTTAAATTTCAGTTAGAGGTTAGTAAATATAAAGGTAATTTCTTTACTGTGCGATGTCACAGACTAAAGTTTATATTGTATTTGAATGTGGCTAGGAAAGTAGATAATATGCAGCCTATATCTTGGGGCGCCATTTCCTAAATTAGATTTGCAGCAGCAGGTACATCAAGCCATTCTTTCTTGATTACCTTCCCATGTGGTCTACTTGATTGGTCCAAATGTACCAAATGAAATATACTTCCTATATGTAGAAGGAAAATTTGGGAGAAGTTGTAAAATCGTGACAGTTTTGACATTCACGTGAAATTGGTTAAAATTAAAATATAAGGTACATCTTTTAAATGAGTAGACTGAAAATGAGCCAGTTTGTCATAAACTTACCCATCATATCTACGTTTTACCTTATCCATATCTTGTTTCACTTGGTTCTATCTCATTCTTTTTCACTGAAATTATACGTAGGCTTATTTTTCCCCATGCCCAAAAAGGGAATATTTTAATTCTGAATTTATTCCACAAAACTTTACATCACTAAATGTGTGTTTATAGGACGCATATAAATTTGTATGAAATTTAAATATGATTATTTTGATTGCTTACATATAAAGCTGAGTAAACATGGCATAAAATTATATTTCCCTTTTGGCTAATGTTCTTTCATTAATTGGTTCTTTGAGGCAGCGGTAGCTGTGCAAGTGGCAGTATTGAAATATTCTCAGTGATTCTGTCATTCTGATAGTACTTTCTCATTTTCTTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTGGAGGCAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCACGATCTTGGTTCACTGCAGCCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTTGTGCCTCAGCCTCTTGAATAGCTGGGACTACAGGCATGCACCACCACGCCTGGCTAACTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAACCTCATGATCTGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCGGCCTTCATTCTCTTTAGATAAAATTATTTGTCTGTATGAAACAGTTGCCTAACTCCATGTTTACTTGATGTCTTAAAACTGTTACTAATTATTTAATCATTCTGCCAATAAAATCAGCGTTGGGATCACAAATCCAAGGAATAGACTCACTCGGTCAGTTTGAAGAATGTTTCAAATAGAAATCAAATCCATGATTTGATTAGATGGTGGAACTTAATTTATATGAGTAAAAGAATTCTTTGTAGGTGCTGATACATGGAGGCCTTCTACAGACACCTAGTGGGAGCTGATTTTTCTGTCTTGCAAACTTGCAACATAGTGGCAGTTGTCCCGAATATTTTATAGCATTACTAATTTGTACTGTAGTTTCAAGTTTTAAACATTTTATA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Seq C2 exon
AAATATGGAAAACTGACAACTTGTACTGGTTGCCGAACACAGTGCAGGTTTTTTGATATGACTCAGTGTATAGGTCCTAATGGATATATGGAGCCATATTGTTCAACTGCTTGTATGAACAGTCACAAGACAAAATATGCAAAATCACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121741-ZMYM2:NM_003453:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(95.3=80.4),PF064679=zf-FCS=PU(7.3=5.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)